Biologik ma'lumotlar bazalari ro'yxati - List of biological databases

Biologik ma'lumotlar bazalari biologik ma'lumot do'konlari.[1] Jurnal Nuklein kislotalarni tadqiq qilish biologik ma'lumotlar bazalarida muntazam ravishda maxsus sonlarni nashr etadi va bunday ma'lumotlar bazalarining ro'yxatiga ega. 2018 yilgi nashrda 180 ga yaqin bunday ma'lumotlar bazalari ro'yxati va ilgari tavsiflangan ma'lumotlar bazalariga yangilanishlar mavjud.[2]

Meta ma'lumotlar bazalari

Meta ma'lumotlar bazalari - bu yangi ma'lumotlar yaratish uchun ma'lumotlar haqidagi ma'lumotlarni to'playdigan ma'lumotlar bazalari ma'lumotlar bazalari. Ular turli xil manbalardan olingan ma'lumotlarni birlashtirishga va uni yangi va qulayroq shaklda yoki ma'lum bir kasallik yoki organizmga urg'u berib berishga qodir.

Namunaviy ma'lumotlar bazalari

Namunaviy ma'lumotlar bazalari intensiv o'rganilayotganlar uchun chuqur biologik ma'lumotlarni taqdim etish.

Nuklein kislota ma'lumotlar bazalari

DNK ma'lumotlar bazalari

Birlamchi ma'lumotlar bazalari
Xalqaro nukleotidlar ketma-ketligi ma'lumotlar bazasi (INSD) quyidagi ma'lumotlar bazalaridan iborat.

DDBJ (Yaponiya), GenBank (AQSh) va Evropalik nukleotidlar arxivi (Evropa) nukleotidlar omboridir. ketma-ketlik barchadan olingan ma'lumotlar organizmlar. Uchalasi ham nukleotidlar ketma-ketligini qabul qiladilar, so'ngra ular o'rtasida maqbul sinxronizatsiyaga erishish uchun har kuni yangi va yangilangan ma'lumotlarni almashadilar. Ushbu uchta ma'lumotlar bazasi dastlabki ma'lumotlar bazalari, chunki ular asl ketma-ketlik ma'lumotlarini joylashtiradilar. Ular bilan hamkorlik qiladi Ketma-ketlik arxivini o'qing (SRA), bu yuqori o'qiydigan ketma-ketlik asboblaridan xom o'qishni arxivlaydi.

Ikkilamchi ma'lumotlar bazalari

  • 23 va men ma'lumotlar bazasi
  • HapMap
  • OMIM (Insonda Onlayn Mendelian merosi): irsiy kasalliklar
  • RefSeq
  • 1000 genom loyihasi: turli xil etnik guruhlarning mingdan ortiq noma'lum ishtirokchilarining genomlari tahlil qilindi va ommaga ma'lum qilindi.
  • EggNOG ma'lumotlar bazasi: 5090 organizm va 2502 virusga asoslangan ierarxik, funktsional va filogenetik izohli ortologiya manbai. U bir nechta ketma-ketlikni moslashtirish va maksimal ehtimollik daraxtlarini hamda keng funktsional izohlarni taqdim etadi.[4][5]

Genlarni ekspresatsiya qilish uchun ma'lumotlar bazalari (asosan mikroarray ma'lumotlar)

Asosiy maqola: Mikroarray ma'lumotlar bazalari

Genom ma'lumotlar bazalari

Ushbu ma'lumotlar bazalari yig'iladi genom ketma-ketliklar, ularni izohlash va tahlil qilish va jamoatchilikka kirish imkoniyatini ta'minlash. Ba'zilar qo'shishadi kuratsiya hisoblangan izohlarni takomillashtirish bo'yicha eksperimental adabiyotlar. Ushbu ma'lumotlar bazalarida ko'plab turdagi genomlar yoki bitta bo'lishi mumkin model organizm genom.

Fenotip ma'lumotlar bazalari

  • PHI-bazasi: patogen-xostning o'zaro ta'siri ma'lumotlar bazasi. U genlar haqidagi ma'lumotni ularning egalarida joylashgan mikrob patogenlaridan fenotipik ma'lumotlarga bog'laydi. Ma'lumotlar tanqidiy adabiyotlardan qo'lda tuziladi.
  • RGD Rat Genom ma'lumotlar bazasi: uchun genomik va fenotip ma'lumotlar Rattus norvegicus
  • PomBase ma'lumotlar bazasi: xamirturush uchun qo'lda tuzilgan fenotipik ma'lumotlar Schizosaccharomyces pombe

RNK ma'lumotlar bazalari

Aminokislota / oqsil ma'lumotlar bazalari

Proteinlar ketma-ketligi ma'lumotlar bazalari

Protein tuzilishi ma'lumotlar bazalari

Ko'proq protein tuzilishi haqidagi ma'lumotlar bazalariga qarang Protein tuzilishi ma'lumotlar bazasi.

Protein modeli ma'lumotlar bazalari

  • ModBase: taqqoslangan protein tuzilishi modellari ma'lumotlar bazasi (Sali Laboratoriya, UCSF )
  • Proteinlarning o'xshashlik matritsasi (SIMAP ): yordamida hisoblangan oqsil o'xshashliklarining ma'lumotlar bazasi FASTA
  • Shveytsariya modeli: oqsil tuzilishi modellari uchun server va ombor
  • AAindex: aminokislota indekslari, aminokislotalar mutatsiyasining matritsalari va juftlik bilan aloqa qilish potentsiallari ma'lumotlar bazasi

Protein-oqsil va boshqa molekulyar o'zaro ta'sirlar

Proteinli ifoda ma'lumotlar bazalari

  • Inson oqsillari atlasi: hujayralar, to'qimalar va organlardagi barcha inson oqsillarini xaritalashga qaratilgan

Signalni uzatish yo'llari ma'lumotlar bazalari

Metabolik yo'l va oqsil funktsiyasi ma'lumotlar bazalari

Qo'shimcha ma'lumotlar bazalari

Ekzosomal ma'lumotlar bazalari

  • ExoCarta
  • Hujayra tashqari RNK atlasi: odam va sichqon biofluidlaridan kichik RNK-seq va qPCR asosida hosil bo'lgan ekzRNK profillarining ombori.

Matematik model ma'lumotlar bazalari

Taksonomik ma'lumotlar bazalari

Asosiy maqola: Biologik xilma-xillik ma'lumotlar bazalari ro'yxati
  • BacDive: bakterial meta-ma'lumotlar bazasi, bakterial va arxeologik biologik xilma-xillik, shu jumladan taksonomiya haqidagi ma'lumotlar
  • EzTaxon-e: 16S ribosomal RNK genlar sekanslari asosida prokaryotlarni aniqlash uchun ma'lumotlar bazasi

Radiologik ma'lumotlar bazalari

Antimikrobiyal qarshilik ma'lumotlar bazalari

Wiki uslubidagi ma'lumotlar bazalari

Ixtisoslashgan ma'lumotlar bazalari

Adabiyotlar

  1. ^ Wren JD, Bateman A (oktyabr 2008). "Ma'lumotlar bazalari, ma'lumotlar qabrlari va shamoldagi chang". Bioinformatika. 24 (19): 2127–8. doi:10.1093 / bioinformatics / btn464. PMID  18819940.
  2. ^ "46-jild D1 soni | Nuklein kislotalarni tadqiq qilish | Oksford akademik". akademik.oup.com. Olingan 2018-09-04.
  3. ^ Qulf, A; Rezerford, K; Xarris, MA; Xeylz, J; Oliver, SG; Beyler, J; Wood, V (2018 yil 13 oktyabr). "PomBase 2018: bo'linadigan xamirturush ma'lumotlar bazasini foydalanuvchi tomonidan qayta tatbiq etilishi turli xil, o'zaro bog'liq bo'lgan ma'lumotlarga tezkor va intuitiv ravishda kirish imkonini beradi". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 47 (D1): D821-D827. doi:10.1093 / nar / gky961. PMC  6324063. PMID  30321395.
  4. ^ Pauell, Shon; Forslund, Kristoffer; Shklarchik, Damian; Trachana, Kalliopi; Rot, Aleksandr; Huerta-Cepas, Xayme; Gabaldon, Toni; Rattei, Tomas; Krivey, Kris; Kun, Maykl; Jensen, Lars J. (2013-12-01). "eggNOG v4.0: 3686 organizmlar bo'yicha ichki ortelogiya xulosasi". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 42 (D1): D231-D239. doi:10.1093 / nar / gkt1253. ISSN  0305-1048. PMC  3964997. PMID  24297252.
  5. ^ Huerta-Cepas, Xayme; Shklarchik, Damian; Xeller, Devide; Ernandes-Plaza, Ana; Forslund, Sofiya K; Kuk, Xelen; Mende, Daniel R; Letunik, Ivitsa; Rattei, Tomas; Jensen, Lars J; fon Mering, xristian (2018-11-12). "eggNOG 5.0: 5090 organizm va 2502 virusga asoslangan ierarxik, funktsional va filogenetik izohli orlogiya manbai". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 47 (D1): D309-D314. doi:10.1093 / nar / gky1085. ISSN  0305-1048. PMC  6324079. PMID  30418610.
  6. ^ ArrayExpress
  7. ^ GEO
  8. ^ "Odam oqsil atlasi". www.proteinatlas.org. Olingan 2019-05-27.
  9. ^ Dash S, Kempbell JD, Cannon EK, Cleary AM, Huang V, Kalberer SR, Karingula V, Rays AG, Singh J, Umale PE, Weeks NT, Wilkey AP, Farmer AD, Cannon SB (yanvar 2016). "Dukkakli o'simliklar tizimi (LegumeInfo.org): dukkaklilar oilasi uchun federatsiya qilingan ma'lumotlar manbalari to'plamining asosiy komponenti". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 44 (D1): D1181-8. doi:10.1093 / nar / gkv1159. PMC  4702835. PMID  26546515.
  10. ^ "Saccharomyces Genome Database | SGD". www.yeastgenome.org. Olingan 2018-09-04.
  11. ^ Grant, Devid; Nelson, Reks T.; Kannon, Stiven B.; Poyafzal, Rendi C. (2010). "SoyBase, USDA-ARS soya genetikasi va genomikasi ma'lumotlar bazasi". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 38 (qo'shimcha 1) (ma'lumotlar bazasi muammosi): D843-D846. doi:10.1093 / nar / gkp798. PMC  2808871. PMID  20008513.
  12. ^ Mir S, Alhroub Y, Anyango S, Armstrong DR, Berrisford JM, Klark AR, Conroy MJ, Dana JM, Deshpande M, Gupta D, Gutmanas A, Haslam P, Mak L, Mukhopadhyay A, Nadzirin N, Paysan-Lafosse T, Sehnal D, Sen S, Smart OS, Varadi M, Kleywegt GJ, Velankar S (yanvar 2018). "PDBe: Evropada protein ma'lumotlar bankida qayta foydalanish mumkin bo'lgan ma'lumotlarni etkazib berish infratuzilmasi tomon". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 46 (D1): D486-D492. doi:10.1093 / nar / gkx1070. PMC  5753225. PMID  29126160.
  13. ^ Kinjo AR, Bekker GJ, Suzuki H, Tsuchiya Y, Kawabata T, Ikegawa Y, Nakamura H (yanvar 2017). "Protein Data Bank Japan (PDBj): yangilangan foydalanuvchi interfeyslari, resurslarni tavsiflash doirasi, katta tuzilmalar uchun tahlil vositalari". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 45 (D1): D282-D288. doi:10.1093 / nar / gkw962. PMC  5210648. PMID  27789697.
  14. ^ Rose PW, Prlić A, Altunkaya A, Bi C, Bredli AR, Christie CH va boshq. (2017 yil yanvar). "RCSB oqsil ma'lumotlari banki: protein, gen va 3D strukturaviy ma'lumotlarning integral ko'rinishi". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 45 (D1): D271-D281. doi:10.1093 / nar / gkw1000. PMC  5210513. PMID  27794042.
  15. ^ Hermjakob, H., Montekki-Palazzi, L., Levington, C., Mudali, S., Kerrien, S., Orchard, S., Vingron, M., Roechert, B., Roepstorff, P., Valensiya, A ., Margalit, H., Armstrong, J., Bairoch, A., Cesareni, G., Sherman, D., & Apweiler, R. (2004). IntAct: ochiq manbali molekulyar ta'sir o'tkazish ma'lumotlar bazasi. Nuklein kislotalarni tadqiq qilish, 32 (Ma'lumotlar bazasi chiqarilishi), D452-D455. https://doi.org/10.1093/nar/gkh052
  16. ^ Kerrien, S., Aranda, B., Breuza, L., Brij, A., Brukes-Karter, F., Chen, S, Duesbury, M., Dyumso, M., Feyermann, M., Xinz, U. ., Jandrasits, C., Ximenes, RC, Xadake, J., Mahadevan, U., Masson, P., Pedruzzi, I., Pfeyfenberger, E., Porras, P., Ragunat, A., Roxert, B. ,… Hermjakob, H. (2012). 2012 yilda IntAct molekulyar ta'sir o'tkazish ma'lumotlar bazasi. Nuklein kislotalarni tadqiq qilish, 40 (Ma'lumotlar bazasi chiqarilishi), D841-D846. https://doi.org/10.1093/nar/gkr1088
  17. ^ Xounkpe, Bidossessi Uilfrid; Chenou, Fransin; de-Lima, Frantsiele; De-Paula, Erix Vinisius (2020-07-14). "HRT Atlas v1.0 ma'lumotlar bazasi: odam va sichqonchani uy sharoitida saqlash genlarini va nomzodlarning ma'lumotlarini transkriptlarini katta RNK-seq ma'lumotlari yordamida qayta aniqlash". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish: gkaa609. doi:10.1093 / nar / gkaa609. ISSN  0305-1048. PMID  32663312.
  18. ^ (IHEC) ma'lumotlar portali
  19. ^ CEEHRC
  20. ^ Blueprint
  21. ^ EGA
  22. ^ Chuqur
  23. ^ CREST
  24. ^ "Epigenomlarni global miqyosda bo'lishish". Tabiat usullari. 15 (3): 151. 2018. doi:10.1038 / nmeth.4630. ISSN  1548-7105.
  25. ^ Valverde, Ektor; Kanton, Fransisko R.; Aledo, Xuan Karlos (2019). "MetOSite: metionin qoldiqlarini sulfoksidlanishini o'rganish uchun integral manba". Bioinformatika. 35 (22): 4849–4850. doi:10.1093 / bioinformatika / btz462. PMC  6853639. PMID  31197322.

Tashqi havolalar