Avtofagiya ma'lumotlar bazasi

Avtofagiya ma'lumotlar bazalari
AVTOFAGIYA MA'LUMOTLARI
Tarkib
Tavsif	Avtofagiyaga bog'liq genlar va oqsillarni turkumlash uchun ma'lumotlar bazalari
Aloqa
Ilmiy-tadqiqot markazi	Axborot biologiyasi markazi; Yaponiyaning DNK ma'lumotlar banki, Lyuksemburg sog'liqni saqlash instituti
Birlamchi iqtibos	Xomma va boshq., , Lyuksemburg sog'liqni saqlash instituti
Ishlab chiqarilish sanasi	2010
Kirish
Veb-sayt	tp-apg.genes.nig.ac.jp/ avtofagiya
Asboblar
Internet	avtofagiya.lu/indeks.html

Avtofagiya ma'lumotlar bazasi(lar) ning to'liq ro'yxatini taqdim etishga qaratilgan avtofagiya - ular bilan bog'liq bo'lgan genlar va oqsillar ortologlar yoki gomologlar potentsial bog'liq bo'lgan boshqa oqsillardan. Turli xil ma'lumotlarni, shu jumladan ketma-ketliklarni, funktsiyalarni va 3D tuzilmalarni saqlash mumkin, shuning uchun ularni qidirish formatida olish mumkin. Qidiriladigan formatdan foydalanib, bitta manbada mavjud bo'lgan ma'lumotlar kelajakdagi tadqiqotchilar uchun ishni soddalashtiradi. Ushbu manbalar ushbu maqsadga yaqinda nashr etilgan ma'lumotnomalarni taqdim etish orqali yordam beradi avtofagiya foydalanuvchi reytinglari, ma'lumotli sharhlar ro'yxati va original tahlil natijalari kabi toifalar bilan bir qatorda. Sifatida avtofagiya yurak, jigar va buyrak kabi ko'plab odam kasalliklarida rol o'ynashi mumkin, bu uning mexanizmlarini yanada chuqurroq anglash zarur. Tadqiqot jarayonini ba'zi ma'lumotlar bazasi bilan soddalashtirish, keyinchalik ilmiy foyda keltiradi.^[2]

Avtofagiya

Avtofagiya, hujayralarning o'z tarkibiy qismlarini parchalash jarayoni, lizozom bilan komponentlarni qadoqlash yo'li bilan amalga oshiriladi. Keyin buzilgan tarkibiy qismlardan boshqa uyali jarayonlarda foydalanish mumkin.

[To'liq ma'lumot uchun, iltimos, murojaat qiling Avtofagiya ].

Avtofagiya organizmdagi hujayralar funktsional bo'lmagan yoki keraksiz o'z-o'zini komponentlarini yo'q qilish jarayonidir.^[3] Xususan, avtofagiya a katabolik orqali hujayraning o'z tarkibiy qismlarining degradatsiyasini o'z ichiga olgan jarayon lizosomal texnika.^[1] Avtofagiya, shuningdek, ochlik holati va potentsial xavfli bo'lgan uyali materiallarni olib tashlash uchun juda muhimdir, bu uning hayotni saqlab qolish zarurligini ko'rsatadi.^[1] Tegishli rasmda ko'rinib turganidek Avtofagiya, hujayra mahsulotlari, hujayraning foydalanishi uchun yangi materiallar ishlab chiqarish uchun lizosomalar singari halokatli uyali komponentlar tomonidan parchalanadi. So'nggi yillarda avtofagiya va unga bog'liq jarayonlarni tadqiq etish jarayoni jadal rivojlanib bormoqda, ammo bu jarayonlarning aksariyati to'liq tushunilmagan va gomologlar Ushbu oqsillarning ko'pi uchun turli xil turlarda topilmagan.^[1] Bu sohadagi keskin yutuqlarga qaramay, uning molekulyar mexanizmlari to'liq ochib berilmagan, deb xabar berilgan otofagiya bilan bog'liq yuzlab genlar va oqsillar.^[1] Shunday qilib, inson autofagiyasining oqsillari va tarkibiy qismlari va / yoki ularning gomologlarini, shuningdek boshqa turlarda ortologlarni tavsiflovchi ma'lumotlar bazasiga ehtiyoj bor edi.

Avtofagiya ma'lumotlar bazasi ning mahsulotidir Milliy Genetika Instituti (NIG) ^[4] NIG 1949 yil iyun oyida Ta'lim, fan, sport va madaniyat vazirligi tomonidan tashkil etilgan bo'lib, birinchi direktor etib professor Kan Oguma saylandi.^[4] Vaqt o'tishi bilan turli xil ilovalar uchun ko'plab bo'limlar qo'shildi Genetika, Genomika, DNK Tadqiqot va, ayniqsa, bizning maqsadlarimiz uchun DNK Ma'lumotlar banki.^[4] NIG Yaponiyaning Axborot va tizimlar tadqiqot tashkilotining bo'limi bo'lib, hozirda uning to'qqizinchi direktori nazorati ostida.^[4] NIG axborotni soddalashtirishga qaratilgan yuqori darajadagi tadqiqotlarni, shuningdek, tadqiqotlardan olingan ma'lumotlarni ijtimoiy dasturga tarqatishni maqsad qilib qo'ygan.^[4] Ushbu maqsadlar uchun ushbu tashkilot tomonidan yaratilgan vosita Avtofagiya ma'lumotlar bazasi.

The Avtofagiya ma'lumotlar bazasi bilan bog'liq bo'lgan oqsillar ma'lumotlar bazasi avtofagiya. The Avtofagiya ma'lumotlar bazasi barcha kerakli ma'lumotlarni to'plash, tartibga solish va ommaga ommalashtirish maqsadida foydalanuvchilar o'zlarining zamonaviy bilimlarini osongina olishlari uchun. Xususan, Avtofagiya ma'lumotlar bazasi avtofagiyada qiziqishlari, tadqiqotlari va boshqalarga ega bo'lganlar uchun "bepul" vositasini taklif etadi.^[3] Ushbu maqsadni yaxshiroq bajarish uchun mavjud Avtofagiya ma'lumotlar bazasi NIG-dan ma'lumotlar bazasi foydalanuvchilariga ma'lumotni tarqatish va almashish uchun chaqiriladi, shuning uchun autofagiya bilan bog'liq ma'lumotlar kerak bo'lganlarning barchasi uchun bepul bo'lishi mumkin.^[1] Qiziqqan tadqiqot jamoalari uchun ushbu tadqiqotlarni tarqatishning modeli umid baxsh etadi. 2018 yil aprel oyidan boshlab; 2 yil oldin (2018-04), ushbu ma'lumotlar bazasida 582 ta ko'rib chiqilgan oqsil mavjud edi.^[3] In mavjud autophagic proteinlar HomoloGene, NCBI, jami 52000 dan ortiq oqsil mavjud.^[3] Avtofagiya ma'lumotlar bazasi yangi va eski otofagiyaga oid oqsillarni izlash uchun 41 xil turlar orasidagi gomologik oqsillarni taqqoslashni taklif qiladi, shu bilan hozirgi avtofagiya tadqiqotlari soddalashtirilishi mumkin.^[1] Ma'lumotlar bazasi 2010 yil mart oyida ommaga taqdim etilgan va hozirda 82 ta ökaryotda 7444 gen / oqsil mavjud.

Inson autofagiyasining ma'lumotlar bazasi

Inson autofagiyasining ma'lumotlar bazasi ning mahsulotidir Lyuksemburg sog'liqni saqlash instituti (LIH).^[5] LIHning Lyuksemburg bo'ylab bir nechta filiallari mavjud Biomonitoring, Infektsiya va Immunitet, Sog'liqni saqlash boshqarmasi, Onkologiya, Sport tibbiyoti va Biobank. Ushbu bo'limlarning har biri LIH missiyasining bayonotini qo'llab-quvvatlashga qaratilgan, ya'ni "tadqiqot bilimlarini yaratish va sog'liqni saqlash va shaxsiy tibbiyotning kelajakdagi muammolariga ta'sir ko'rsatadigan holda klinik qo'llanmalarga o'tkazish".^[5] Bu vositalarni taklif qildi.^[5] LIHning saraton kasalligini eksperimental tadqiqotlar laboratoriyasi ushbu vositalardan birini yaratishga yordam berdi, bu vosita ma'lumotlar bazasi sifatida tanilgan. Inson autofagiyasining ma'lumotlar bazasi.

Inson autofagiyasining ma'lumotlar bazasi (HADb) yana bir mavjud autophagy manbai. ^[2] Aksincha Avtofagiya ma'lumotlar bazasi, Inson autofagiyasining ma'lumotlar bazasi faqat odamlarda mavjud bo'lgan oqsillarni taqqoslaydi. HADb - bu faqat odamlarga tegishli bo'lgan birinchi autofagiya ma'lumotlar bazasi bo'lib, u erda tadqiqotchilar to'g'ridan-to'g'ri va bilvosita bog'liq bo'lgan otofagik oqsillarning yangilangan ro'yxatini topishlari mumkin, bunda avtofagiya tadqiqotlarida katta kengayishni qoplash uchun ilgari mavjud bo'lgan ma'lumotlar bazasi mavjud emas.^[2] HADb nafaqat qiziqish geni haqida ma'lumot beradi, balki qiziqish genini tahlil qilish uchun ishlatilishi mumkin bo'lgan ma'lumotlar bazasiga o'tishni ham maqsad qiladi.^[2] Shu maqsadda HADb avtofagiyaga bog'liq oqsillar nuqtai nazaridan iloji boricha to'liqlashtirildi, ammo yangi topilgan oqsillar va genlar turli foydalanuvchilar tomonidan turli xil foydalanuvchilar tomonidan taqdim etilishi mumkin. Yuborish Bo'lim. Tomonidan taqdim etilgan ma'lumotlar Inson autofagiyasining ma'lumotlar bazasi bioinformatika dasturlarida qo'shimcha ravishda foydalanish mumkin.

Bioinformatikada foydalaning

Ushbu ma'lumotlar bazalari biologik ma'lumotlarning katta ombori ekanligini hisobga olsak, ulardan ma'lumotlar yig'ish va tahlil qilishni soddalashtirish uchun bioinformatik dasturlarda foydalanish mumkin. Bioinformatika takomillashtirilgan ilmiy kashfiyotlarga yordam berish uchun biologik kashfiyotlarni katta ma'lumotlar bilan birlashtirishga qaratilgan. Avtofagik protein yoki qiziqish genini o'rganish uchun har bir ma'lumotlar bazasidan foydalanish mumkin, bu erda ma'lumotlar bazalari foydalanuvchi tomonidan taqdim etiladi. Har bir gen uchun ma'lumot kirish uchun ishlatilishi mumkin Entrez, Ansambl va PubMed. FASTA kabi saytlardan foydalangan holda ketma-ketlikni tahlil qilish uchun ketma-ketlik ham mavjud Portlash. Mavjud bo'lgan maxsus foydalanish Avtofagiya ma'lumotlar bazasi va Inson autofagiyasining ma'lumotlar bazasi quyida ko'rsatilgan.

Avtofagiya ma'lumotlar bazasi turli xil turlarda autofagiya bilan bog'liq oqsillarni izlash uchun bir nechta mavjud funktsiyalarga ega.

ADb uchun imkoniyatlar

Foydalanuvchi kirishi mumkin Avtofagiya ma'lumotlar bazasi da http://www.tanpaku.org/autophagy/index.html. "ADb uchun imkoniyatlar" berilgan rasm ushbu ma'lumotlar bazasi uchun mavjud bo'lgan turli xil variantlarni namoyish etadi. Barcha yoritilmagan yorliqlarda qo'shimcha ma'lumot va genlarni qidirish bilan bog'liq bo'lmagan aloqa ma'lumotlari mavjud. Foydalanuvchi quyidagilarga murojaat qilishi mumkin:

Avtofagiya ma'lumotlar bazasi - Proteinlar ro'yxati uchun bitta foydalanish

The Proteinlar ro'yxati, sariq rang bilan ajratilgan, bu erda foydalanuvchi organizmni tanlashi va qidirishi mumkin Sinonimlar, Gen identifikatoriva Proteinga qo'shilish, boshqa funktsiyalar qatorida. Ushbu funktsiya foydalanuvchiga qiziqish genlari to'g'risida ma'lumot qidirish bo'yicha bir nechta variantlarni taklif etadi. Mavjud variantlar Avtofagiya ma'lumotlar bazasi uchun Proteinlar ro'yxati o'ng tomonda berilgan misolda ko'rish mumkin Proteinlar ro'yxati o'ng tomonga berilgan. Kabi turli xil variantlarni tanlash Sinonimlar, foydalanuvchiga aniq so'rovlar yordamida qidirish imkoniyatini beradi.
ostidagi gomologlar va ortologlar orasida otofagiya bilan bog'liq oqsillarning o'yinlari Gomologlar yashil rang bilan belgilangan yorliq. Buni o'ngdagi rasmga muvofiq ishlatish mumkin, Gomologlar, bu erda ortologlar va gomologlarni kerakli katakchalarni tanlab, turli xil organizmlar va taksonlar o'rtasida taqqoslash mumkin.
ma'lum genlarni qidirish. Bu yordamida amalga oshirilishi mumkin Kalit so'zlarni qidirish, ko'k bilan ta'kidlangan va ma'lum bir turga qiziqish ma'lum bo'lgan genni moslashtirish uchun ham ishlatilishi mumkin. Bu potentsial ortologlarni aniqlashga yordam beradi.

Avtofagiya ma'lumotlar bazasi - Homologlar uchun bitta foydalanish

qiziqish geniga homologlar va ortologlar. Gomologik qidiruv, to'q sariq rang bilan ajratilgan, a qidirish uchun ishlatilishi mumkin FASTA yoki ma'lum bo'lgan genning formatlanmagan matnlar ketma-ketligi. Bu bog'liq bo'lgan autophagy bilan bog'liq oqsillarni topishda yoki gomolog yoki ortologlarni topishda yordam berishi mumkin. Gomologlar va ortologlar foydalanuvchi tomonidan turlar ichida yoki ular orasida taqqoslanishi mumkin.
ma'lumotlar bazasida mavjud bo'lgan bitta gen va autofagiya genlari o'rtasidagi aloqalarni tahlil qilish. Asl tahlillar, kul rangda ta'kidlangan, ma'lum gen bilan autofagiya bilan bog'liq potentsial genlarni topish uchun ishlatilishi mumkin. Ushbu funktsiyalardan maksimal darajada foydalanish uchun foydalanuvchi barcha gen fayllarini yuklab olish uchun "Yuklash" yorlig'iga murojaat qilishi kerak, shuning uchun Avtofagiya ma'lumotlar bazasi to'liq foydalanish mumkin.

Inson autofagiyasining ma'lumotlar bazasi uchun mavjud funktsiyalar mavjud Genni qidiring va Klasterlash.^[2]

Genni qidiring: HADb.

Kirish paytida http://autophagy.lu/index.html, ushbu parametrlarga kirish mumkin. Manfaatdor tomonlar ham mumkin Yuborish ma'lumotlar bazasiga yangi odam otofagiyasi oqsillari. Foydalanuvchi ma'lumotlar bazasidan quyidagi variantlarga muvofiq foydalanishi mumkin:

Foydalanuvchi genni nomi bo'yicha qidirishi mumkin Genni qidiring toifasi. Gen belgisidan foydalangan holda gen izlanishi mumkin, Ansambl kirish raqami, xromosoma joylashuvi yoki tegishli kalit so'z. Ushbu usul yordamida qiziqish geniga qanday kirish haqida oddiy ko'rsatmalar "Genni qidiring: HADb" rasmida keltirilgan. Qisqacha aytganda, foydalanuvchi veb-saytga kirishi, ajratilgan yorliqni tanlashi va tegishli rasmda berilgan yorliqlardan foydalangan holda o'zlarining qiziqish genlarini qidirishi kerak edi. Xususan, foydalanuvchi tegishli jadvalda qaysi variantni ishlatishini tanlaydi va kerakli yorliq uchun ma'lumotni to'ldiradi Ramz yoki sinonim, Xromosoma, Kirish raqami, yoki Kalit so'z. Yorliq tanlanganidan so'ng, har qanday bog'langan otofagiya bilan bog'liq oqsillarni aniqlash uchun ma'lumot kiritilishi va qidirilishi mumkin.

Klasterlash: HADb.

Foydalanuvchi ham murojaat qilishi mumkin Klasterlash bu erda genlarni alifbo tartibida ko'rish mumkin. Ushbu qidiruvni o'tkazish bo'yicha soddalashtirilgan xarita "Klasterlash: HADb" rasmida ko'rsatilgan. Avval foydalanuvchi murojaat qiladi http://autophagy.lu/index.html, shundan so'ng ular o'zlarining qiziqish genlariga kirish uchun "Klasterlash" rasmidagi ajratilgan yorliqni tanlaydilar. Keyinchalik foydalanuvchi qo'shimcha ma'lumot to'plash uchun o'zlarining qiziqish genlarini alifbo bo'yicha tanlashi mumkin. Ushbu ma'lumotlar bazasida faqat odamning autofagiyasi genlari mavjud bo'lsa ham, foydalanuvchi foydalanish uchun ma'lumotlar bazasini yuklab olishning hojati yo'q va murakkab autofagiya jarayonida ishtirok etadigan genlar va oqsillarni topishi mumkin.

Ma'lumotlar bazalarining cheklovlari

Har bir ma'lumotlar bazasi o'zining kuchli va zaif tomonlarini taqdim etadi.

Avtofagiya ma'lumotlar bazasi: Kontseptual ravishda, Avtofagiya ma'lumotlar bazasi autofagiya bilan bog'liq bo'lgan turli xil turdagi oqsillar haqidagi ma'lumotlarga osonlik bilan kirish imkoniyatini beradi.^[3] Biroq, ushbu ma'lumotlar bazasidan foydalanishda ba'zi muammolar mavjud. Foydalanuvchi mavjud yorliqlar variantlarini sinab ko'rishi mumkin ADb uchun imkoniyatlar, ammo ushbu parametrlardan tarkibni yuklab olmasdan foydalanish mumkin emas Avtofagiya ma'lumotlar bazasi. Garchi foydalanuvchi Yuklab olish yorlig'i ("Options for ADb" da oq rangda ko'rilgan), bu AQSh-da joylashgan Wi-Fi xizmatidan faqat matnli chiqishni taklif qiladi. Shunday qilib, foydalanuvchi yuqorida aytib o'tilgan turli xil variantlarga kira olmaydi a GUI format, lekin aksincha matnli chiqishni qidirish kerak. Foydalanuvchi yuklab olishi mumkin Avtofagiya ma'lumotlar bazasi, lekin ushbu fayllarga Apple OS yordamida kirish qiyin bo'lishi mumkin. Bu AQShda joylashgan foydalanuvchi uchun foydalanishni osonlashtiradi, kamaytiradi Avtofagiya ma'lumotlar bazasi 's yordam dasturi. Bu xalqaro miqyosda mavjud bo'lgan ma'lumotlar bazasining potentsial asorati bo'lib, ulardan foydalanish qulayligini qiyinlashtiradi.
Inson autofagiyasining ma'lumotlar bazasi: Shuningdek, xalqaro miqyosda mavjud bo'lgan ma'lumotlar bazasi, ulardan foydalanish qulayligi Inson autofagiyasining ma'lumotlar bazasi sezilarli darajada yaxshilandi. Cheklangan bo'lsa ham, mavjud bo'lgan barcha variantlarga AQSh-da joylashgan Wi-Fi xizmati yordamida kirish mumkin. Inson autofagiyasining ma'lumotlar bazasi ma'lumotlar yig'ish va tahlil qilish uchun mavjud bo'lgan variantlar qatorida cheklangan, chunki taklif qilayotganlarga qaraganda kamroq imkoniyatlar mavjud Avtofagiya ma'lumotlar bazasi. Ma'lumotlar bazasida faqat odamning autofagiyasi bilan bog'liq genlar va oqsillar saqlanadi,^[2] Holbuki Avtofagiya ma'lumotlar bazasi turli xil turlari uchun mavjud bo'lgan autofagiya bilan bog'liq genlar va oqsillar haqida ma'lumotga ega.

Ma'lumotlar bazalarining afzalliklari

Garchi har bir ma'lumotlar bazasi o'zining kuchli va zaif tomonlariga ega bo'lsa ham, ularning barchasi bo'shliqni to'ldirishga yordam beradi.^[3] Qo'shimcha qo'shimchalar kelajakda ushbu ma'lumotlar bazalarini yaxshilashga yordam beradi. Umumiy genlarni yoki oqsillarni izlash uchun to'liqroq ko'rinadigan ma'lumotlar bazalari mavjud bo'lishi mumkin, masalan NCBI, HADb va Avtofagiya ma'lumotlar bazasi autofagiya bilan bog'liq genlar va oqsillar haqida eng to'liq ma'lumotlarni taqdim eting. GUI har biri uchun to'liq tozalanmagan va unga kirish qiyinroq bo'lishi mumkin, ammo ushbu ma'lumotlar bazalarining har biri diqqat markazida avtofagiya, aksincha NCBI avtofagiyada bir xil yo'naltirilgan yondashuvdan foydalanmaydi. Shunday qilib, HADb va Avtofagiya ma'lumotlar bazasi autofagiyaga bog'liq genlar va oqsillarni o'rganish uchun qiziqarli marshrutni taklif qilishi mumkin.

Shuningdek qarang

Adabiyotlar

^ ^a ^b ^v ^d ^e ^f ^g Xomma, Keiichi; Suzuki Koji; Sugawara Hideaki (2011 yil yanvar). "Avtofagiya ma'lumotlar bazasi: tadqiqot uchun oziq beradigan avtofagiya bo'yicha hamma narsani qamrab oluvchi axborot resursi". Nuklein kislotalari rez. Angliya. 39 (Ma'lumotlar bazasi muammosi): D986-90. doi:10.1093 / nar / gkq995. PMC 3013813. PMID 20972215.
^ ^a ^b ^v ^d ^e ^f ^g Lyuksemburg sog'liqni saqlash instituti. (nd). HADb: Inson avtofagiyasi ma'lumotlar bazasi. 2018 yil 13 aprelda olingan http://autophagy.lu/index.html
^ ^a ^b ^v ^d ^e ^f Homma, K., Suzuki, K., & Sugawara, H. (nd). Avtofagiya ma'lumotlar bazasi. 2018 yil 13 aprelda olingan http://www.tanpaku.org/autophagy/index.html
^ ^a ^b ^v ^d ^e Milliy Genetika Instituti. (2018). Milliy Genetika Instituti. 23.04.2018 dan olingan https://www.nig.ac.jp/nig/
^ ^a ^b ^v Lyuksemburg sog'liqni saqlash instituti. (2015). Lyuksemburg sog'liqni saqlash instituti. 23.04.2018 dan olingan https://www.lih.lu/

Tashqi havolalar

https://web.archive.org/web/20110309173256/http://tp-apg.genes.nig.ac.jp/autophagy/
Inson autofagiyasiga ixtisoslashgan yana bir ma'lumotlar bazasi (http://autophagy.lu/ ) shuningdek, hammaga ma'lum.

[pmid20972215-1] v ^d ^e ^f ^g Xomma, Keiichi; Suzuki Koji; Sugawara Hideaki (2011 yil yanvar). "Avtofagiya ma'lumotlar bazasi: tadqiqot uchun oziq beradigan avtofagiya bo'yicha hamma narsani qamrab oluvchi axborot resursi". Nuklein kislotalari rez. Angliya. 39 (Ma'lumotlar bazasi muammosi): D986-90. doi:10.1093 / nar / gkq995. PMC 3013813. PMID 20972215.

[Human_Autophagy-2] v ^d ^e ^f ^g Lyuksemburg sog'liqni saqlash instituti. (nd). HADb: Inson avtofagiyasi ma'lumotlar bazasi. 2018 yil 13 aprelda olingan http://autophagy.lu/index.html

[JP_Autophagy-3] v ^d ^e ^f Homma, K., Suzuki, K., & Sugawara, H. (nd). Avtofagiya ma'lumotlar bazasi. 2018 yil 13 aprelda olingan http://www.tanpaku.org/autophagy/index.html

[NIG-4] v ^d ^e Milliy Genetika Instituti. (2018). Milliy Genetika Instituti. 23.04.2018 dan olingan https://www.nig.ac.jp/nig/

[LIH-5] v Lyuksemburg sog'liqni saqlash instituti. (2015). Lyuksemburg sog'liqni saqlash instituti. 23.04.2018 dan olingan https://www.lih.lu/

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]