KOPASI - COPASI
| Dastlabki chiqarilish | 2004 yil 11 oktyabr |
|---|---|
| Barqaror chiqish | 4.25 (207-qurilish) / 2019 yil 15-mart |
| Ombor |  |
| Yozilgan | C ++ |
| Operatsion tizim | Linux, macOS va Microsoft Windows |
| Platforma | Qt |
| Litsenziya | Badiiy litsenziya |
| Veb-sayt | copasi.org |
KOPASI[1] (COmplex PAthway SImulator) bu metabolik tarmoqlar, hujayra signalizatsiyasi yo'llari, tartibga soluvchi tarmoqlar, yuqumli kasalliklar va boshqalar kabi biologik jarayonlarning matematik modellarini yaratish va hal qilish uchun ochiq manbali dasturiy ta'minot dasturi.
Tarix
COPASI Gepasi-ga asoslangan[2] tomonidan 1990-yillarning boshlarida ishlab chiqilgan simulyatsiya dasturi Pedro Mendes. COPASI ning dastlabki rivojlanishi moliyalashtirildi Virjiniya bioinformatika instituti, va Klaus Tschira jamg'armasi. Hozirgi rivojlanish harakatlari grantlar tomonidan qo'llab-quvvatlanmoqda Milliy sog'liqni saqlash institutlari, BBSRC va Germaniya Ta'lim vazirligi.
Rivojlanish guruhi
COPASI - bu xalqaro hamkorlik natijasidir Manchester universiteti (Buyuk Britaniya), Heidelberg universiteti (Germaniya) va Virjiniya bioinformatika instituti (AQSH). Loyihaning asosiy tergovchilari Pedro Mendes va Ursula Kummer. Dasturiy ta'minotning bosh me'morlari - Stefan Xops va Sven Sahl.
Xususiyatlari
COPASI tarkibiga biologik jarayonlarning modellarini aniqlash, ushbu modellarni simulyatsiya qilish va tahlil qilish, tahlil hisobotlarini yaratish va import / eksport modellarini kiritish xususiyatlari kiradi. SBML formati.
- Modelning ta'rifi: Modellar quyidagicha aniqlanadi kimyoviy reaktsiyalar molekulyar turlar orasida. Modelning dinamikasi quyidagicha aniqlanadi Stavka qonuni individual reaktsiyalar bilan bog'liq. Modellar, shuningdek, tizim dinamikasini aniqlashga yordam beradigan bo'linmalar, hodisalar va boshqa global o'zgaruvchilarni o'z ichiga olishi mumkin.
- Vazifalar: Vazifalar - bu model bo'yicha bajarilishi mumkin bo'lgan har xil tahlil turlari. Ular o'z ichiga oladi barqaror holatni tahlil qilish, stexiometrik tahlil, deterministik va stoxastik simulyatsiya algoritmlaridan foydalangan holda vaqtni simulyatsiya qilish, metabolik nazoratni tahlil qilish, hisoblash Lyapunov eksponenti, vaqt o'lchovini ajratish, parametrlarni skanerlash, optimallashtirish va parametrlarni baholash.
- Import va eksport: COPASI modellarni o'qiy oladi SBML formatida, shuningdek Gepasi formatida. COPASI turli xil formatdagi modellarni yozishi mumkin, jumladan SBML, manba kodi C dasturlash tili, Berkli Madonna fayllar va XPPAUT fayllar.
Adabiyotlar
- ^ Hoops, S .; Sahl, S .; Gauges, R .; Li, C .; Paxl, J .; Simus, N .; Singhal, M .; Xu, L .; Mendes, P .; Kummer, U. (2006). "COPASI - COmplex PAthway SImulator". Bioinformatika. 22 (24): 3067–3074. doi:10.1093 / bioinformatics / btl485. PMID 17032683.
- ^ Mendes, P. (1993). "GEPASI: dinamikani, barqaror holatini va biokimyoviy va boshqa tizimlarni boshqarishni modellashtirish uchun dasturiy ta'minot to'plami". Bioscience-da kompyuter dasturlari (CABIOS). 9 (5): 563–571. doi:10.1093 / bioinformatika / 9.5.563. PMID 8293329.