DDX42 - DDX42

DDX42
Identifikatorlar
Taxalluslar	DDX42, DDX42P, RHELP, RNAHP, SF3B8, SF3b125, DEAD-box helicase 42
Tashqi identifikatorlar	OMIM: 613369 MGI: 1919297 HomoloGene: 49137 Generkartalar: DDX42
Gen joylashuvi (odam)
Chr.	17-xromosoma (odam)
Oxiri	63,819,317 bp
Gen joylashuvi (Sichqoncha)
Chr.	Xromosoma 11 (sichqoncha)
Oxiri	106,249,139 bp
RNK ekspressioni naqsh
	Qo'shimcha ma'lumotni ifodalash ma'lumotlari
Gen ontologiyasi
Molekulyar funktsiya	• nukleotid bilan bog'lanish; • GO: 0001948 oqsil bilan bog'lanish; • gidrolaza faolligi; • ATP majburiy; • GO: 0008026 helikaz faoliyati; • nuklein kislota bilan bog'lanish; • RNK bilan bog'lanish;
Uyali komponent	• sitoplazma; • Kajal tanasi; • membrana; • hujayra yadrosi; • nukleoplazma; • sitozol; • yadro zarrasi; • nukleus;
Biologik jarayon	• oqsillarni lokalizatsiya qilish; • RNKning ikkinchi darajali tuzilishi; • mRNK qo'shilishi, splitseozoma orqali; • apoptotik jarayonni tartibga solish;
	Manbalar:Amigo / QuickGO
Ortologlar
	11325
	72047
	ENSG00000198231
	ENSMUSG00000020705
	Q86XP3
	Q810A7
	NM_007372; NM_203499
	NM_028074
	NP_031398; NP_987095
	NP_082350; NP_001348569; NP_001348571; NP_001348572; NP_001348573
	Vikidata
Insonni ko'rish / tahrirlash	Sichqonchani ko'rish / tahrirlash

ATP ga bog'liq bo'lgan RNK helikaz DDX42 bu ferment odamlarda kodlanganligi DDX42 gen.^[5]^[6]

Funktsiya

Ushbu gen Asp-Glu-Ala-Asp (DEAD) qutisi oqsillari oilasining a'zosini kodlaydi. Ushbu oqsil oilasi a'zolari taxminiy RNK-helikazlardir va ular RNKning ikkilamchi tuzilishini o'zgartirishni o'z ichiga olgan bir qator hujayrali jarayonlarga, masalan, tarjimani boshlash, yadro va mitoxondriyali qo'shilish, ribosoma va splitsozomalar birikmalariga aloqador. Ushbu oila a'zolari embriogenez, spermatogenez va hujayra o'sishi va bo'linishida ishtirok etgan deb ishonishadi. Ushbu gen uchun bir xil oqsilni kodlovchi ikkita transkript variantlari aniqlandi.^[6]

O'zaro aloqalar

DDX42 ga ko'rsatildi o'zaro ta'sir qilish bilan SF3B1.^[7]

Model organizmlar

Model organizmlar DDX42 funktsiyasini o'rganishda ishlatilgan. Shartli sichqoncha chiziq chaqirildi Dxx42^{tm1b (EUCOMM) Wtsi} da hosil bo'lgan Wellcome Trust Sanger instituti.^[8] Erkak va urg'ochi hayvonlar standartlashtirildi fenotipik ekran^[9] o'chirish ta'sirini aniqlash uchun.^[10]^[11]^[12]^[13] Qo'shimcha ekranlar amalga oshirildi: - chuqur immunologik fenotiplash^[14]

*Dxx42* sichqonchani fenotipini nokaut qilish
Xarakterli	Fenotip
Barcha ma'lumotlar mavjud.^[9]^[14]
Periferik qon leykotsitlari 6 hafta	Oddiy
Insulin	Oddiy
Gematologiya 6 hafta	Oddiy
P14 da gomozigot hayotiyligi	Anormal
Retsessiv halokatli o'rganish	Anormal
Tana vazni	Oddiy
Nevrologik baholash	Oddiy
Qo'l kuchi	Oddiy
Dismorfologiya	Oddiy
Bilvosita kalorimetriya	Oddiy
Glyukoza bardoshlik testi	Oddiy
Eshituvchi miya sopi javobi	Oddiy
DEXA	Oddiy
Radiografiya	Oddiy
Ko'z morfologiyasi	Oddiy
Klinik kimyo	Oddiy
Gematologiya 16 hafta	Oddiy
Periferik qon leykotsitlari 16 hafta	Oddiy
Yurakning og'irligi	Oddiy
Salmonella infektsiya	Oddiy
Sitotoksik T hujayralarining funktsiyasi	Oddiy
Dalakni immunofenotiplash	Oddiy
Mezenterik limfa tugunini immunofenotiplash	Oddiy
Suyak iligi immunofenotipini yaratish	Oddiy
Epidermal immunitet tarkibi	Oddiy

Adabiyotlar

^ ^a ^b ^v GRCh38: Ensembl versiyasi 89: ENSG00000198231 - Ansambl, 2017 yil may
^ ^a ^b ^v GRCm38: Ensembl relizi 89: ENSMUSG00000020705 - Ansambl, 2017 yil may
^ "Human PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.
^ "Sichqoncha PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.
^ Suk K, Kim S, Kim YH, Oh SH, Li MK, Kim KV, Kim HD, Seo YS (2000 yil aprel). "DEAD box protein oilasining yangi odam a'zosini aniqlash". Biochimica et Biofhysica Acta (BBA) - Kasallikning molekulyar asoslari. 1501 (1): 63–9. doi:10.1016 / S0925-4439 (00) 00010-7. PMID 10727850.
^ ^a ^b "Entrez Gen: DDX42 DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) qutisi polipeptidi 42".
^ Will CL, Urlaub H, Achsel T, Gentzel M, Wilm M, Lührmann R (2002 yil sentyabr). "Yangi SF3b va 17S U2 snRNP oqsillarining xarakteristikasi, shu jumladan inson Prp5p gomologi va SF3b DEAD-box oqsillari". EMBO jurnali. 21 (18): 4978–88. doi:10.1093 / emboj / cdf480. PMC 126279. PMID 12234937.
^ Gerdin AK (2010). "Sanger Mouse Genetics Program: nokaut sichqonlarining yuqori samaradorligi". Acta Oftalmologica. 88: 925–7. doi:10.1111 / j.1755-3768.2010.4142.x. S2CID 85911512.
^ ^a ^b "Xalqaro sichqoncha fenotiplarini konsortsiumi".
^ Skarnes WC, Rozen B, West AP, Koutsourakis M, Bushell V, Iyer V, Mujica AO, Thomas M, Harrow J, Cox T, Jackson D, Severin J, Biggs P, Fu J, Nefedov M, de Jong PJ, Stewart AF, Bredli A (iyun 2011). "Sichqon geni funktsiyasini genom bo'yicha o'rganish uchun shartli nokaut manbai". Tabiat. 474 (7351): 337–42. doi:10.1038 / tabiat10163. PMC 3572410. PMID 21677750.
^ Dolgin E (iyun 2011). "Sichqoncha kutubxonasi nokautga uchradi". Tabiat. 474 (7351): 262–3. doi:10.1038 / 474262a. PMID 21677718.
^ Kollinz FS, Rossant J, Vurst V (yanvar 2007). "Barcha sabablarga ko'ra sichqoncha". Hujayra. 128 (1): 9–13. doi:10.1016 / j.cell.2006.12.018. PMID 17218247. S2CID 18872015.
^ White JK, Gerdin AK, Karp NA, Ryder E, Buljan M, Bussell JN, Solsbury J, Clare S, Ingham NJ, Podrini C, Houghton R, Estabel J, Bottomley JR, Melvin DG, Sunter D, Adams NC, Tannahill D , Logan DW, Macarthur DG, Flint J, Mahajan VB, Tsang SH, Smith I, Watt FM, Skarnes WC, Dougan G, Adams DJ, Ramirez-Solis R, Bradley A, Steel KP (Iyul 2013). "Genom bo'yicha avlod yaratish va nokaut sichqonlarini muntazam ravishda fenotiplash ko'plab genlar uchun yangi rollarni ochib beradi". Hujayra. 154 (2): 452–64. doi:10.1016 / j.cell.2013.06.022. PMC 3717207. PMID 23870131.
^ ^a ^b "Infektsiya va immunitetni immunofenotiplash (3i) konsortsiumi".

Qo'shimcha o'qish

Olsen QK, Blagoev B, Gnad F, Macek B, Kumar C, Mortensen P, Mann M (noyabr 2006). "Signalizatsiya tarmoqlarida global, in vivo jonli va saytga xos fosforillanish dinamikasi". Hujayra. 127 (3): 635–48. doi:10.1016 / j.cell.2006.09.026. PMID 17081983. S2CID 7827573.
Uhlmann-Schiffler H, Jalol C, Stahl H (2006). "Ddx42p - RNK shaperon faoliyati bilan insonning O'LGAN qutisi oqsili". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 34 (1): 10–22. doi:10.1093 / nar / gkj403. PMC 1325199. PMID 16397294.
Ballif BA, Villén J, Beausoleil SA, Shvarts D, Gygi SP (noyabr 2004). "Rivojlanayotgan sichqon miyasining fosfoproteomik tahlili". Molekulyar va uyali proteomika. 3 (11): 1093–101. doi:10.1074 / mcp.M400085-MCP200. PMID 15345747.
Will CL, Urlaub H, Achsel T, Gentzel M, Wilm M, Lührmann R (2002 yil sentyabr). "Yangi SF3b va 17S U2 snRNP oqsillarining xarakteristikasi, shu jumladan inson Prp5p gomologi va SF3b DEAD-box oqsillari". EMBO jurnali. 21 (18): 4978–88. doi:10.1093 / emboj / cdf480. PMC 126279. PMID 12234937.

Ushbu maqola gen kuni inson xromosomasi 17 a naycha. Siz Vikipediyaga yordam berishingiz mumkin uni kengaytirish.

[refGRCh38Ensembl-1] v GRCh38: Ensembl versiyasi 89: ENSG00000198231 - Ansambl, 2017 yil may

[refGRCm38Ensembl-2] v GRCm38: Ensembl relizi 89: ENSMUSG00000020705 - Ansambl, 2017 yil may

[3] "Human PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.

[4] "Sichqoncha PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.

[pmid10727850-5] Suk K, Kim S, Kim YH, Oh SH, Li MK, Kim KV, Kim HD, Seo YS (2000 yil aprel). "DEAD box protein oilasining yangi odam a'zosini aniqlash". Biochimica et Biofhysica Acta (BBA) - Kasallikning molekulyar asoslari. 1501 (1): 63–9. doi:10.1016 / S0925-4439 (00) 00010-7. PMID 10727850.

[entrez-6] "Entrez Gen: DDX42 DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) qutisi polipeptidi 42".

[pmid12234937-7] Will CL, Urlaub H, Achsel T, Gentzel M, Wilm M, Lührmann R (2002 yil sentyabr). "Yangi SF3b va 17S U2 snRNP oqsillarining xarakteristikasi, shu jumladan inson Prp5p gomologi va SF3b DEAD-box oqsillari". EMBO jurnali. 21 (18): 4978–88. doi:10.1093 / emboj / cdf480. PMC 126279. PMID 12234937.

[mgp_reference-8] Gerdin AK (2010). "Sanger Mouse Genetics Program: nokaut sichqonlarining yuqori samaradorligi". Acta Oftalmologica. 88: 925–7. doi:10.1111 / j.1755-3768.2010.4142.x. S2CID 85911512.

[IMPCsearch_ref-9] "Xalqaro sichqoncha fenotiplarini konsortsiumi".

[pmid21677750-10] Skarnes WC, Rozen B, West AP, Koutsourakis M, Bushell V, Iyer V, Mujica AO, Thomas M, Harrow J, Cox T, Jackson D, Severin J, Biggs P, Fu J, Nefedov M, de Jong PJ, Stewart AF, Bredli A (iyun 2011). "Sichqon geni funktsiyasini genom bo'yicha o'rganish uchun shartli nokaut manbai". Tabiat. 474 (7351): 337–42. doi:10.1038 / tabiat10163. PMC 3572410. PMID 21677750.

[mouse_library-11] Dolgin E (iyun 2011). "Sichqoncha kutubxonasi nokautga uchradi". Tabiat. 474 (7351): 262–3. doi:10.1038 / 474262a. PMID 21677718.

[mouse_for_all_reasons-12] Kollinz FS, Rossant J, Vurst V (yanvar 2007). "Barcha sabablarga ko'ra sichqoncha". Hujayra. 128 (1): 9–13. doi:10.1016 / j.cell.2006.12.018. PMID 17218247. S2CID 18872015.

[pmid23870131-13] White JK, Gerdin AK, Karp NA, Ryder E, Buljan M, Bussell JN, Solsbury J, Clare S, Ingham NJ, Podrini C, Houghton R, Estabel J, Bottomley JR, Melvin DG, Sunter D, Adams NC, Tannahill D , Logan DW, Macarthur DG, Flint J, Mahajan VB, Tsang SH, Smith I, Watt FM, Skarnes WC, Dougan G, Adams DJ, Ramirez-Solis R, Bradley A, Steel KP (Iyul 2013). "Genom bo'yicha avlod yaratish va nokaut sichqonlarini muntazam ravishda fenotiplash ko'plab genlar uchun yangi rollarni ochib beradi". Hujayra. 154 (2): 452–64. doi:10.1016 / j.cell.2013.06.022. PMC 3717207. PMID 23870131.

[iii_ref-14] "Infektsiya va immunitetni immunofenotiplash (3i) konsortsiumi".

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

[12]

[13]

[14]