Epstein-Barr virusi barqaror intronik ketma-ketlikdagi RNKlar - Epstein–Barr virus stable intronic-sequence RNAs

Epstein-Barr virusi barqaror intronik ketma-ketlik RNK
Identifikatorlar
BelgilarEBVSIS
Boshqa ma'lumotlar
RNK turisisRNA
Domen (lar)Herpesviridae;
PDB tuzilmalarPDBe

Epstein-Barr virusi barqaror intronik ketma-ketlikdagi RNK (ebv-sisRNA) sinfidir kodlamaydigan RNKlar takrorlash natijasida hosil bo'ladi intronlar ichida Epstein-Barr virusi. Keyin EBER 1 va 2, ebv-sisRNA-1 yuqori darajada hosil bo'lgan uchinchi EBV RNK hisoblanadi. onkogen shakli virusning kechikishi (kechikish III). Ebv-sisRNA ketma-ketligini saqlash va ikkilamchi tuzilish EBV va boshqalar o'rtasida herpes viruslari yashirin infektsiyadagi umumiy funktsiyalarni taklif qilish.

Fon

The Epstein-Barr virusi (EBV) kattalarning 95% gacha yuqtiradi[1] va yuqumli kasallik uchun javobgar mononuklyoz ("mono"). EBV bilan yuqtirish butun umrga olib keladi. Yashirin yuqumli kasalliklar "harakatsiz", ya'ni faol bo'lmaydi virionlar ishlab chiqariladi, ammo virus hosil bo'ladi oqsillar va RNKlar yashirin infektsiyani saqlaydigan xost-virus o'zaro ta'sirini modulyatsiya qilish. Hali to'liq aniqlanmagan usullar bilan ushbu o'zaro ta'sirlar EBV-ni yuqtiradi B hujayralari saratonga ko'proq moyil (masalan, Xojkin limfomasi, Burkitt limfomasi va nazofarenks karsinomasi ). Kodlamaydigan RNKlar (ncRNA) bu jarayonda muhim rol o'ynaydi. Tuzilgan ncRNAlar juda ko'p qiziqish uyg'otadi, chunki ular ko'plab funktsiyalarni bajaradilar, bu kabi loyihalarni tavsiflash va arxivlash bo'yicha intensiv harakatlarning markazidir. Rfam.[2][3]

Yaqinda EBV-da ncRNA-larni o'rganish bioinformatika va RNK-sek funktsional RNKlarni o'z ichiga olishi mumkin bo'lgan genomida bir nechta mintaqalarni aniqladi.[4] Ushbu hududlarga kiritilgan EBER -1 va -2, v-snoRNA1, va ma'lum bo'lgan viruslarning aksariyati miRNAlar. Ushbu ma'lum EBV ncRNAlaridan tashqari, ushbu tahlil yangi RNKlarni, shu jumladan ikkita barqaror intronik ketma-ketlik (sis) RNKlarni aniqladi. Intronlar, odatda hujayrada tezda parchalanadi, ammo funktsional rolni bajarganda davom etishi va ko'p miqdorda to'planishi mumkin. Bunday sisRNKlar topilgan Ksenopus oositlar.[5] Barqaror intronlar boshqasida ham uchraydi herpes viruslari, masalan HHV kechikishi bilan bog'liq transkript, xizmat ko'rsatishda muhim rol o'ynaydi virusning kechikishi.[6]

Shakl 1. EBV W takrorlanadigan barqaror intronlarning joylashishini ko'rsatadigan EBV kechikish III transkripsiyasi.
Shakl 2. Ebv-sisRNA-1 ning ikkilamchi tuzilishi

EBVda sisRNKlar W takrorlanishlari deb ataladigan mintaqadan hosil bo'ladi. Ushbu mintaqa turi davomida transkripsiyalanadi virusli kechikish bu juda yuqori onkogen (III kechikish turi) va shuningdek, kam uchraydigan kechikish turida (Wp bilan cheklangan kechikish) endemikning ~ 15% da kuzatilgan Burkitt limfomasi.[7] Birlashtirish ushbu takroriy transkriptlardan qisqa intron va uzun intron hosil bo'ladi (1-rasm), ikkalasi ham EBV bilan kasallangan odamda ko'p miqdorda to'planadi. B hujayralari. Darhaqiqat, ebv-sisRNA-1 - EBV va EBER2 dan keyin eng ko'p hosil bo'lgan EBV RNK, bu EBV bilan kasallangan hujayralarda yuqori darajada namoyon bo'ladi.[8][9] Kechikishning patogen shaklida ushbu RNKlarning mavjudligi EBV bilan bog'liq bo'lgan saraton kasalliklarining rolini ko'rsatadi.[4]

ebv-sisRNA-1

Qisqa V takrorlanadigan intron birlashtirilib, tez degradatsiyaga uchraganidan ko'ra, qo'shilishdan keyin ham davom etadi va III kechikish davrida eng ko'p tarqalgan EBV tomonidan ishlab chiqarilgan kichik ncRNA hisoblanadi. Ebv-sisRNA-1 ning 4 dan 26 gacha bo'lgan nukleotidlari qisqa hosil qiladi soch tolasi taqdim etgan a Uridin - boyitilgan ketma-ketlik motifi (oqsillarning o'zaro ta'siri uchun mumkin bo'lgan platforma). Qolgan ketma-ketlikning barqaror bo'lishi ehtimoldan yiroq emas RNK tuzilishi. Ushbu o'zaro aloqalarni ta'minlash uchun ketma-ketlikning ushbu tuzilmagan qismi ta'sir qilishi mumkin nuklein kislotalar yoki boshqa oqsillar. SisRNA ketma-ketligi ~ 100% EBV shtammlarida saqlanadi va homologiya boshqasini ham qamrab oladi limfokriptoviruslar. Soch tolasi tuzilishi ham saqlanib qoladi va tuzilishni saqlaydi mutatsiyalar uning poyasida.[5]

ebv-sisRNA-2

Ebv-sisRNA-2 uzoq W takrorlanadigan introndan hosil bo'ladi. Barqaror va saqlanib qolgan RNK tuzilishining dalillari ushbu RNKning ~ 40% ini qamrab oladi va bir mintaqa juda uzun (586 nt) va termodinamik jihatdan barqaror soch tolasi halqasiga aylanishi mumkin (2-rasm). Soch tolasi ketma-ket ~ 100% saqlanib qolgan EBV shtammlaridan tashqari, bu tuzilish boshqa limfokripoviruslarda ham uchraydi. Ushbu gomologik RNKlar orasidagi ketma-ketlikning yuqori darajada farqlanishiga qaramay, uzun soch tolasi tuzilishi yaxshi saqlanib qolgan. Bu shuni ko'rsatadiki, ushbu RNK ebv-sisRNA-2da muhim funktsional rol o'ynaydi.[5] Ebv-sisRNA-2 (2,791 nt) ning kattaligi xuddi shunga o'xshash HHV kechikishi bilan bog'liq transkript ) va, ehtimol, shunga o'xshash rol o'ynashi mumkin virusning kechikishi.[6]

Shakl 3. Ebv-sisRNA-2 ichida katlanadigan ulkan soch tolasining sxemasi

Adabiyotlar

  1. ^ "Epstein-Barr virusi va yuqumli mononuklyoz". Arxivlandi asl nusxasi 2012 yil 20 aprelda. Olingan 11 noyabr 2013.
  2. ^ Heilman, J. M .; Kemmann, E .; Bonert, M .; Chatterji, A .; Ragar, B .; Soqollar, G. M .; Iberri, D. J .; Xarvi, M.; Tomas, B.; Stomp, V.; Martone, M. F.; Lodj, D. J .; Vondracek, A .; De Volf, J. F.; Liber, C .; Grover, S. C .; Vikers, T. J .; Mesko, B .; Laurent, M. L. R. (2011). "Vikipediya: Global sog'liqni saqlashni rivojlantirishning asosiy vositasi". Tibbiy Internet tadqiqotlari jurnali. 13 (1): e14. doi:10.2196 / jmir.1589. PMC  3221335. PMID  21282098.
  3. ^ Daub, J .; Gardner, P. P.; Teyt J.; Ramskold, D.; Manske, M.; Scott, W. G.; Vaynberg, Z.; Griffits-Jons, S.; Bateman, A. (2008). "RNK WikiProject: RNK oilalarining jamoaviy izohi". RNK. 14 (12): 2462–2464. doi:10.1261 / rna.1200508. PMC  2590952. PMID  18945806.
  4. ^ a b Moss WN, Steitz JA (2013 yil avgust). "Epstein-Barr virusini genom bo'yicha tahlil qilishda saqlanib qolgan RNK tuzilmalari va yangi barqaror intronik ketma-ketlik RNK aniqlandi". BMC Genomics. 14: 543. doi:10.1186/1471-2164-14-543. PMC  3751371. PMID  23937650.
  5. ^ a b v Gardner EJ, Nizomiy ZF, Talbot CC, Gall JG (2012). "Barqaror intronik ketma-ketlik RNK (sisRNA), Xenopus tropicalis oosit yadrosidan kodlanmaydigan RNKning yangi klassi". Genlar va rivojlanish. 26 (22): 2550. doi:10.1101 / gad.202184.112. PMC  3505824. PMID  23154985.
  6. ^ a b Farrell MJ, Dobson AT, Feldman LT (1991-02-01). "Herpes simplex virusining kechikishi bilan bog'liq transkript - bu barqaror intron". Milliy fanlar akademiyasi materiallari. 88 (3): 790–794. doi:10.1073 / pnas.88.3.790. PMC  50899. PMID  1846963. (Bepul to'liq matnli maqola: [1] )
  7. ^ Kelly, G. L .; Long, H. M.; Stilianu, J .; Tomas, V. A .; Liz, A .; Bell, A. I .; Bornkamm, G. V.; Mautner, J .; Rikkinson, A. B.; Rowe, M. (2009). Jung, Jae U (tahrir). "Transformatsiyalangan hujayralarda kontsentiv ravishda ifoda etilgan va Burkitt limfomageneziga taalluqli bo'lgan epstein-barr virusi anti-apoptotik oqsil: Wp / BHRF1 havolasi". PLoS patogenlari. 5 (3): e1000341. doi:10.1371 / journal.ppat.1000341. PMC  2652661. PMID  19283066.
  8. ^ Conrad NK, Fok V, Cazalla D, Borah S, Steits JA (2006). "Virusli snRNPlarning muammolari". Sovuq bahor harb. Simp. Miqdor. Biol. 71: 377–384. doi:10.1101 / sqb.2006.71.057. PMID  17381320. Olingan 2010-08-13.
  9. ^ Toczyski DP, Matera AG, Ward DC, Steitz JA (1994 yil aprel). "Epstein-Barr virusi (EBV) kichik RNK EBER1 EBV bilan kasallangan odamning B limfotsitlarida ribosomal oqsil L22 ni bog'laydi va qayta joylashtiradi". Proc. Natl. Akad. Ilmiy ish. AQSH. 91 (8): 3463–3467. doi:10.1073 / pnas.91.8.3463. PMC  43597. PMID  8159770. Olingan 2010-08-13.

Tashqi havolalar