Chastotasi (gen) - Frequency (gene)

Chastotali soat oqsili
Identifikatorlar
BelgilarFRQ
PfamPF09421
InterProIPR018554

The chastota (frq) gen da ishlaydigan oqsil chastotasini (FRQ) kodlaydi Neurospora crassa sirkadiyalik soat. FRQ oqsili sirkadiyali osilatorda muhim rol o'ynaydi va mas'ul bo'lgan avtomatik regulyatsiya transkripsiyasi-tarjima salbiy teskari aloqa (TTFL) tarkibidagi manfiy elementlar kompleksini yadrolashtirishga xizmat qiladi. sirkadiyalik ritmlar yilda N. crassa.[1] Shunga o'xshash ritmlar sutemizuvchilarda uchraydi, Drosophila va siyanobakteriyalar. Yaqinda FRQ gomologlar zamburug'larning boshqa bir nechta turlarida aniqlangan.[2] Frq ifodasi ikkitasi tomonidan boshqariladi transkripsiya omillari oq yoqa-1 (WC-1) va oq yoqa-2 (WC-2), ular birgalikda Oq yoqa kompleksi (WCC) vazifasini bajaradi va TTFLda ijobiy element bo'lib xizmat qiladi. Frq ifodasi, shuningdek, WCC ga bog'liq holda yorug'lik ta'sirida paydo bo'lishi mumkin. Oldinga genetika ning ko'plab allellarini hosil qilgan frq natijada sirkadiy soatlari davr uzunligi bo'yicha farq qiladigan shtammlarga olib keladi.

Kashfiyot

The frq Lokusni Jerri F. Feldman kashf etgan. Feldman Prinstonda Kolin Pittendrigh bilan aspirant bo'lgan va 1967 yilda CalTech-ga sirkadiyalik soat mutantlari uchun genetik ekranlarni boshlash uchun borgan. Ko'rgazmada ritmning ifodasini yaxshilagan so'nggi ish yordam berdi Neurospora.Kolin Pittendrigh va uning hamkasblari 1959 yilda jinssiz rivojlanishning kunlik tsikli tasvirlanganligini tasdiqladilar Neurospora crassa ilgari Brandt tomonidan,[3] aslida tomonidan tartibga solish tufayli edi a sirkadiyalik soat.[4] Feldman CalTech-ga kelishidan ancha oldin nashr etilgan ishda Malkolm L. Sarjent, Uinslov R. Briggs va Dov O. Vudvord Stenford universiteti da rivojlanish ritmining ochiq ifodasi haqida xabar berdi qo'shilish zo'riqishida yaxshilandi Neurospora deb nomlangan Timex.[5](Ushbu shtamm tarkibida a mutatsiya lokusda tasma (bd), keyinchalik engil giperaktiv allelini kodlash uchun ko'rsatilgan ras-1 shuning uchun shtammlar endi sifatida tanilgan ras-1 [bd].[6] O'z ichiga olgan shtammlardagi ritmlar ras-1 [bd] aniqlash osonroq, ras-1 [bd] ko'pincha sirkadiyalik biologiyani o'rganish uchun ishlatiladigan shtammlarga qo'shiladi Neurospora.[6]). Chiqish Neurospora sirkadiyalik soat kiradi karotenoid sintez va aseksual sport irqiy naychalarda ko'rinadigan shakllanish va so'nggi dalillar shuni ko'rsatadiki, minglab genlar sirkadiyaliklar nazorati ostida.[7][2]

Feldman mutagen sifatida nitrosoguanidindan foydalangan va mutagenezdan omon qolgan individual shtammlarni sirkadiy davri uzunligi bo'yicha skrining uchun naycha naychalarini ishlatgan. Irqiy naychalar - agar o'sish muhitini ushlab turish uchun ikkala uchida egilgan uzun ichi bo'sh shisha naychalar. Qachon Neurospora naychaning bir uchiga payvand qilinadi, u ikkinchi uchiga o'sadi va doimiy zulmatda kunlik o'sish va rivojlanish tsikli tsikli namoyon bo'ladi.[8] Feldman ekranlari muvaffaqiyatli bo'lsa ham, u mutant genlarning identifikatorini nashr etishda sust edi frq[1], frq[2] va frq[3] haqida 1973 yilgacha xabar berilmagan.[9] 1986 yilda, frq tomonidan klonlangan Jey Dunlap va uning hamkasblari uzoq xromosomalar yurishini o'z ichiga olgan strategiyani qo'llaydilar va xromosoma yurishidan kelib chiqadigan ekzogen DNKni o'zgartirish orqali aritmik xulq-atvor mutantini qutqarish bo'yicha o'sha paytgacha sinab ko'rilmagan strategiyasini muvaffaqiyatli qo'llashdi. Ushbu strategiyaning muvaffaqiyati va soat genini klonlash keyingi tadqiqotlar va tushunishga qiziqish uyg'otdi N. crassa sirkadiyalik soat.[10] Ning ifodasi frq keyinchalik ritmik ravishda aylanishiga ko'rsatildi; bundan tashqari, qachon Neurospora unda ishlab chiqilgan frq iborani rezidentdan farqli mintaqadan haydash mumkin yovvoyi turi gen, FRQ o'z ifodasini bostirganligi va har qanday doimiy ifoda darajasi sirkadiyalik soatni qo'llab-quvvatlay olmasligi aniqlandi.[11] Ushbu tajribalar soat genining ekspressionini o'zlariga ta'sir qilmaydigan vositalar yordamida manipulyatsiya qilgan birinchi bo'lib, tsiklli soat genlari ekspresiyasini keltirib chiqaradigan avtoregulyatsion salbiy teskari aloqa sirkadiyalik osilatorning asosini tashkil etdi.

Tuzilishi va funktsiyasi

Ning soddalashtirilgan vakili Neurospora Sirkadiyalik soat[12]

Uning asosiy soat oqsili sifatidagi rolini aks ettirish, frq gen aritmiklikka olib keladi va Neurospora, FRQ-ning yagona funktsiyasi sirkadiyalik soat. The frq gen o'z promouteridagi ikkita alohida cis-harakat sekansidan faollashtirilishi mumkin, distal sayt, soat regulyatori, tsirkadiy regulyatsiya sharoitida ishlatiladi va asosiy transkripsiyaning boshlanish joyiga yaqin, bu yorug'lik ta'sirida ekspresiya uchun ishlatiladi. (proksimal nurni tartibga soluvchi element yoki PLRE). Bular frq transkriptlar ikkala FRQ oqsilini kodlash imkoniyatiga ega, 989 uzun shakli aminokislotalar (lFRQ) va 890 aminokislotaning qisqa shakli (sFRQ); lFRQ ham, sFRQ ham kuchli ritmiklik uchun talab qilinadi, ammo soat ma'lum bir haroratda, zaifroq ritmiklik bilan davom etsa ham, oqsillardan bittasi mavjud.[13] Qaysi oqsilni tanlash birlamchi transkriptning haroratga bog'liq qo'shilishining natijasidir, chunki u lFRQ uchun ATG start kodonini o'z ichiga oladi yoki chiqarib tashlaydi.[14] FRQ ning ikkita shakli quyidagilarni ta'minlaydi Neurospora u eng maqbul ishlashi mumkin bo'lgan haroratning katta diapazonini soat. Haroratning oshishi lFRQ ekspressionining oshishiga olib keladi, sFRQ esa ta'sir qilmaydi. Issiqroq harorat samaraliroq bo'ladi biriktirish ning intron tarjimani boshlash saytida.[7] Chunki sFRQ lFRQ ga qaraganda uzoqroq muddatni qo'llab-quvvatlaydi, yovvoyi turda erkin yugurish ritmlari Neurospora harorat ko'tarilganda biroz pasayadi.[7]

FRQ shuningdek, boshqa bir qancha oqsillar bilan o'zaro ta'sirlashishi isbotlangan. U har doim FRH (FRQ bilan o'zaro ta'sir qiluvchi RNK) bilan o'zaro ta'sir qiladi helikaz; muhim O'lik quti tarkibida RNK helikaz mavjud Neurospora) FRQ / FRH kompleksini (FFC) shakllantirish uchun.[15][16] FRQ ham barqaror ravishda o'zaro ta'sir qiladi kazein kinaz 1 (CK1), o'zaro ta'sir kuchi kunning vaqtiga qarab o'zgarib turadi. Boshqa kinazalar bilan qo'shimcha ta'sir o'tkazish, shu jumladan PRD-4 (CHK2)[17] va kazein kinaz 2 (CKII) ma'lum.

Strukturaviy bashorat qilish dasturlari shuni ko'rsatadiki, FRQning faqat bir nechta mintaqalari barqaror tuzilmalarga aylanib ketishi mumkin va shunga mos ravishda turli xil eksperimental ma'lumotlar FRQ ning ichki tartibsiz oqsil.[18] FRH sherigi bo'lmagan taqdirda, FRQ juda beqaror. FRQni tavsiflovchi kunlik ko'p miqdordagi o'ziga xos fosforillanish ushbu tartibsiz oqsilning tuzilishini ta'minlashi taxmin qilinmoqda. Juda tartibsiz tuzilishi tufayli FRQ uchun ma'lum bo'lgan domen tuzilishi yo'q.

Odatda, oqsillar kodonlardan foydalanish tarafdorligini ko'rsatadilar, bu erda ular o'zlarida mavjud bo'lgan sinonim kodonlarni tanlashlari mumkin. tRNK basseyn Neurospora crassa bilan taqqoslaganda nisbatan kuchli kodondan foydalanish tarafkashligiga ega S. cerevisiae, kodon-optimallashtirish tahlili uchun tez-tez ishlatiladigan organizm. Biroq, FRQ ichki tartibsiz oqsil bo'lganligi sababli, u kodondan foydalanish tarafkashligini ko'rsatmaydi. Aslida, uning kodonlari optimallashtirilganda, oqsil o'z ishini yo'qotadi va soat buziladi. Bu shunday emas siyanobakterial soat genlari, kaiB va kaiC, bu ikkalasi ham soatning yanada ishonchli ishlashiga olib keldi.[19]

Tartibga solish

Ning nisbiy cho'qqilari frq mRNA, FRQ oqsili va WC-1 oqsili.[20] WC-1 ning keyingi transkripsiyasini qanday faollashtirayotganini namoyish etadi frq.

Tartibga solishning tavsifi frq va FRQ soat tsiklining tavsifini talab qiladi. Sirkadiyali osilatorning molekulyar asoslari Neurospora ikkita protein kompleksidan boshlanadi. Ulardan biri FFC, manfiy elementlar kompleksi, FRQ, FRH va Casein kinase 1 ning ikki nusxasidan, shuningdek, boshqa unchalik kuchli bog'lanmagan oqsillardan iborat.[16] Teskari aloqa tizimidagi ijobiy element vazifasini bajaradigan boshqa kompleksga WC-1 va WC-2 kiradi; ular GATA transkripsiyasi omillari birgalikda, ular orqali heterodimerik WCC hosil qiladi PAS domenlari.[21] WCC sub'ektiv tun davomida FFC salbiy elementlar majmuasidan chiqarilganda, u chastota doirasidagi soat qutisiga bog'lanadi (frq) gen targ'ibotchi va faollashtiradi frq transkripsiya.[22][23] Yaqinda histon H3 lizin 36 ekanligi ko'rsatildi Metiltransferaza, SET-2, metilasyon uchun javobgardir frq transkripsiyasiga imkon beradigan xromatin holatini o'rnatish uchun gen frq WCC tomonidan.[24]

Chastotali (FRQ) oqsil to'planib, asta-sekin CKI, CKII va a bilan fosforillanadi. kaltsiy / kalmodulinga bog'liq kinaz (CAMK-1) va qo'shimcha kinazlar, sub'ektiv kunning o'rtalarida eng yuqori darajasiga etgan.[25][26][27] Kinaz ingibitorlari fosforlanishni oldini olish orqali FRQ degradatsiyasini kamaytiradi.[28] FRQ asosidagi 100 dan ortiq joylarda fosforillanadi in vitro lFRQ peptidlarining mass-spektrometriyasi yordamida tahlil qiladi. Ushbu joylar oqsil ichida juda ko'p takrorlanadigan tarzda paydo bo'lib, fosforillanish vaqtining muhimligini ko'rsatadi. Bundan tashqari, saytlarning mutatsiyasi ularning domenlarda ishlashini ko'rsatadi, ba'zi fosforillanishlar davrni uzaytirishga, boshqalari esa muddatni qisqartirishga xizmat qiladi.[16]

FRQ yollovchilari kinazlar kabi kazein kinaz 1a (CK-1a) bu fosforilat WCC, garchi bu fosforillanishning funktsiyasi noaniq bo'lsa ham, giperfosforillangan WCC faol bo'lib qolmoqda. Oxir oqibat, FRQ shu qadar yuqori fosforillanganki, FFC endi WCC bilan o'zaro aloqada bo'lmaganda repressiya engillashadi. Ushbu jarayon doimiy sharoitda 22 soat atrofida davriylik bilan sodir bo'ladi.[29] Keyinchalik, va sirkadiy tsiklga ta'sir qilmaydigan kinetika bilan, bu giperfosforillangan FRQ ubikuitin / proteazom yo'li orqali parchalanadi. Kuchli fosforlangan FRQ konformatsion o'zgarishga uchraydi, bu SCF tipidagi E3 ligazning bir qismi bo'lgan FWD-1 oqsilida aniqlanadi.[30]

FRQ homodimerni N-terminali yaqinida joylashgan spiral-spiral domeni orqali hosil qiladi. Ushbu dimerizatsiya FRQ ning WCC bilan o'zaro aloqasi va o'z ifodasini bosishi uchun talab qilinadi.[31] WCC-ni o'chirib tashlash homodimerni hosil qila olmaslikka olib keladi frq endi FRQ kontsentratsiyasi bilan salbiy tartibga solinmaydi.[31] Bu aritmiklikka olib keladi.[31]

FRQ va WCC o'rtasida ijobiy qayta aloqa davri taklif qilingan, ammo tafsilotlar hali ma'lum emas. WCC transkripsiyaviy ravishda faol bo'lganda buziladi va FFC tomonidan kelib chiqadigan oldini olish WCC to'planishiga imkon beradi deb ishoniladi.[32] Ushbu taklif qilingan mexanizm, ehtimol FRQ WC-1 va WC-2 ni mustaqil ravishda tartibga solishi mumkinligi sababli yanada murakkabroq ekanligi ko'rsatilgan.[33] Yaqinda ADV-1 transkripsiyasi faktor soat chiqishi uchun zarur bo'lgan transduser, shu jumladan juda muhim bo'lgan genlarda sirkadiyalik ritmiklikni aniqladi. somatik hujayra birlashma.[34]

The frq qisqa vaqt davomida nur ta'sirida gen kuchli ta'sir ko'rsatadi. Chunki soat yadrosi ning ritmik ifodasiga asoslangan frq, o'tkir nurli induksiya soatni qayta tiklashning to'g'ri yo'lini beradi.[35] Sutemizuvchilar soatlari deyarli bir xil mexanizm yordamida nur bilan tiklanadi mPer1 transkriptlar sub'ektiv kundan tashqari qisqa vaqt ichida yorug'lik nurlari bilan chaqiriladi. The mPer1 sutemizuvchilar soatidagi mexanizm mexanizmga yaqin o'xshashliklarni keltirib chiqaradi Neurospora uning homolog mexanizmidan ko'ra Drosophila, per.[36]

Mutatsiyalar

Oldinga genetika yaratish uchun ishlatilgan Neurospora davrlari o'zgaruvchan soat mutantlari qo'shilish. To'qqiz allel old genetikadan kelib chiqqan deb ta'riflangan bo'lsa-da, klonlashdan keyin ketma-ketlik tahlili frq buni ko'rsatdi frq[2] ,frq[4] va frq[6] xuddi shu yagona bazaviy o'zgarishlarni baham ko'rdi va xuddi shunday frq[7] va frq[8] bir xil taglik o'zgarishiga ega edi, shuning uchun ortiqcha allellar tashlandi.[37] Turli xil davrlar frq old ekranlarda paydo bo'lgan mutantlar 25 ° C da o'lchanganida quyidagicha bo'ladi, chunki frq[3] va frq[7] harorat o'zgarishi o'zgargan soatlarga olib keladi, boshqa haroratlarda davrlar har xil bo'ladi:

Neurospora crassa, FRQ / WCC osilatorini o'rganish uchun ishlatiladigan organizm
Davr frq mutantlar 25˚C da
Mutantfrq[1]frq[2]frq[3frq[7]frq[9]
Davr (soat)16.519.324.029.0Aritmik

FRQsiz osilator (FLO)

FRQ / WCC tizimidan tashqarida aniqlanadigan bir qator aniq osilatorlar topildi; ammo, ushbu FRQsiz tebranishlarning hech biri (FLO) quyidagicha tasniflanadigan xususiyatlarni qondirmaydi sirkadiyalik osilatorlar.[38] Sirkadiy FRQ-WCC osilatori (FWO) namoyish etildi lusiferaza hisobot, FLO (xolin cheklash sharoitida konidatsiyani boshqaruvchi CDO yoki xolin etishmovchiligi osilatori) konidatsiyani boshqargan taqdirda ham ishlashni davom ettirish.[38] In frq [9] mutant Neurospora crassa, doimiy qorong'ilikda (DD) konidiospora rivojlanishining haroratsiz kompensatsiyalangan ritmi hanuzgacha kuzatilgan.[39] Uchun muddat frq nol mutantlar 12 dan 35 soatgacha o'zgargan, ammo qo'shilishi bilan barqarorlashishi mumkin farnesol yoki geraniol. Biroq, bu mexanizm yaxshi tushunilmagan.[40] Ushbu FRQsiz ritm haroratni qoplash kabi soat xususiyatlarini yo'qotgan bo'lsa ham, harorat impulslari soatni qayta tiklash uchun etarli edi.[41] Boshqa bir FLO - nitrat ochligi sharoitida paydo bo'lgan va nitratlarni assimilyatsiya qilish yo'lidagi teskari ko'chadan paydo bo'lgan deb hisoblangan NRO yoki Nitrat Reduktaza Osilatori; uning davri taxminan 24 soatni tashkil qiladi, ammo harorat qoplanmaydi.[42] Muxtasar qilib aytganda, FRQsiz osilatorlarni qo'llab-quvvatlovchi ko'plab dalillar mavjud Neurospora crassa. Buni ratsionalizatsiya qilishning usullaridan biri shundaki, ko'pchilik chastota / oq yoqali osilatorning "qullari"; ular sirkadiyalik soatning barcha xususiyatlariga o'zlari ega emaslar, chunki bu FWO tomonidan ta'minlanadi.[40] Biroq, soat bilan boshqariladigan gen-16 (ccg-16) ritmlari FWO bilan birlashtirilgan, ammo avtonom tarzda ishlaydi va buni namoyish etadi Neurospora crassa kamida 2 ta potentsial yurak stimulyatorini o'z ichiga oladi, ammo faqat bittasini harorat va kompensatsiyani saqlab turganda yorug'lik va harorat bilan tiklash mumkin.[40][43] FRQsiz osilator hech qachon haqiqiy sirkadiyalik soatga ta'sir qilishi isbotlanmagan.[43] FRQsiz osilatorlar (FLO) mexanizmi va ahamiyati hali ham o'rganilmoqda.

Evolyutsiya

FRQ oqsili tarkibida saqlanib qoladi Sordariacea ammo bu guruhdan tashqarida ajralib turadi.[2][44] Shunga qaramay, vijdonli FRQ asosidagi sirkadiyalik xo'rozlar boshqa organizmlarda topilgan Neurospora ichida ham Sordariacea, masalan, ko'zga ko'rinadigan qo'ziqorin qo'zg'atuvchisi Botrytis,[45] va Pironema qadar uzoqroq[46] Pezizomitsetlar ichida filamentli ascomitsetlarning erta ajralib turadigan nasl-nasabi. Frq hattoki Dikaryodan bo'lmagan qo'ziqorinlar guruhidan ham topilgan. Topilishi frq Dikaryodan tashqari saqlanib qolgan sirkadiy soat mexanizmi, Arbuskulyar mikorizal qo'ziqorinlar qo'ziqorin shohligida ushbu genning evolyutsion tarixini kengaytirdilar.[47] frq uning evolyutsiyasi jarayonida juda tez ajralib turadiganga o'xshaydi. FRQ ning birlamchi aminokislotalar ketma-ketligining tez ajralib chiqishining bir sababi, bu ichki tartibsiz oqsil bo'lib, natijada ketma-ketlik o'zgarishini cheklaydigan strukturaviy cheklovlar mavjud emas.[48][18] Beri kodon optimallashtirish frq gen natijada sirkadiyalik buziladi teskari aloqa davri funktsiyasi, frq optimal bo'lmagan ko'rsatkichlarni namoyish etadi kodondan foydalanish tarafkashligi uning bo'ylab ochiq o'qish doirasi aksariyat boshqa genlardan farqli o'laroq.[49] FRQ - bu ichki tartibsiz oqsil, u zamburug'lar orasida ham yaxshi saqlanmaydi.[50] FRQ-dan farqli o'laroq, WC-1 juda yaxshi saqlanadi. Bu zamburug'larning butun Qirolligida ishlatiladigan ko'k nurli fotoreseptorlar oilasining asoschisi. Bundan tashqari, u tuzilishi va funktsiyasi jihatidan o'xshashdir BMAL1. Kazein kinaz 2 o'simliklarning sirkadiyali osilatorlarida saqlanadi (Arabidopsis ) va chivinlar (Drosophila).[30] Degradatsiyasi uchun shunga o'xshash CKI shakli zarur davr (PER) oqsillari Drosophila va sutemizuvchilar.[30] Drosophila geni ingichka uchun ortologik hisoblanadi FWD1 yilda Neurospora, ikkalasi ham soat oqsili degradatsiyasi uchun juda muhimdir.[30] Umuman olganda, zamburug'lar va hayvonlarda uchraydigan TTFLlar xuddi shunday me'yoriy me'morchiligiga ega, bir bosqichli salbiy teskari aloqa davri, konservalangan PAS-PAS heterodimerik aktivatorlari va asosan tuzilishga ega bo'lmagan va unchalik yaxshi saqlanmagan manfiy element oqsillari. Shunga o'xshash kinazlar palitrasi barcha holatlarda soat oqsillarini o'zgartiradi.

Shuningdek qarang

Adabiyotlar

  1. ^ Baker CL, Loros JJ, Dunlap JC (yanvar 2012). "Neurospora crassa sirkadiy soati". FEMS Mikrobiologiya sharhlari. 36 (1): 95–110. doi:10.1111 / j.1574-6976.2011.00288.x. PMC  3203324. PMID  21707668.
  2. ^ a b v Chernogoriya-Montero A, Kanessa P, Larrondo LF (2015-01-01). "Qo'ziqorin soati atrofida: neyrospora va boshqa qo'ziqorinlarda sirkadiy soatlarni molekulyar o'rganishda so'nggi yutuqlar". Genetika fanining yutuqlari. 92: 107–84. doi:10.1016 / bs.adgen.2015.09.003. PMID  26639917.
  3. ^ Brandt WH (1953). "Neyrosporaning prolinelks shtammidagi zonalash". Mikologiya. 45 (2): 194–209. doi:10.1080/00275514.1953.12024261. JSTOR  4547688.
  4. ^ Pittendrigh CS, Bryus VG, Rosensweig NS, Rubin ML (1959 yil 18-iyul). "Neyrospordagi o'sish naqshlari: neyrospordagi biologik soat". Tabiat. 184 (4681): 169–170. doi:10.1038 / 184169a0.
  5. ^ Sargent ML, Briggs WR, Woodward DO (oktyabr 1966). "Neurospora crassa-ning teskari suzishi bilan ifodalangan ritmning sirkadiyalik tabiati". O'simliklar fiziologiyasi. 41 (8): 1343–9. doi:10.1104 / s.41.8.1343. PMC  550529. PMID  5978549.
  6. ^ a b Belden WJ, Larrondo LF, Froehlich AC, Shi M, Chen CH, Loros JJ, Dunlap JK (iyun 2007). "Neurospora crassa-dagi tasma mutatsiyasi ras-1 ning dominant alleli bo'lib, tsirkadiy chiqishda RAS signalizatsiyasini anglatadi". Genlar va rivojlanish. 21 (12): 1494–505. doi:10.1101 / gad.1551707. PMC  1891427. PMID  17575051.
  7. ^ a b v Diernfellner A, Colot HV, Dintsis O, Loros JJ, Dunlap JC, Brunner M (dekabr 2007). "Neurospora soat oqsili FRQ ning uzoq va qisqa izoformalari harorat bilan kompensatsiya qilingan sirkadiyalik ritmlarni qo'llab-quvvatlaydi". FEBS xatlari. 581 (30): 5759–64. doi:10.1016 / j.febslet.2007.11.043. PMC  2704016. PMID  18037381.
  8. ^ Nakashima H, Onai K (dekabr 1996). "Neurospora crassa-da sirkadiyalik konidiatsiya ritmi". Hujayra va rivojlanish biologiyasi bo'yicha seminarlar. 7 (6): 765–774. doi:10.1006 / scdb.1996.0094.
  9. ^ Feldman JF, Xoyl MN (1973 yil dekabr). "Neurospora crassa sirkadiyalik soat mutantlarini ajratish". Genetika. 75 (4): 605–13. PMC  1213033. PMID  4273217.
  10. ^ McClung CR, Fox BA, Dunlap JC (iyun 1989). "Neurospora soat geni chastotasi Drosophila soat geni davri bilan ketma-ketlik elementini bo'lishadi". Tabiat. 339 (6225): 558–62. doi:10.1038 / 339558a0. PMID  2525233.
  11. ^ Aronson BD, Jonson KA, Loros JJ, Dunlap JK (mart 1994). "Sirkadiyalik soatni belgilaydigan salbiy teskari aloqa: soat geni chastotasini autoregulyatsiyasi". Ilm-fan. 263 (5153): 1578–84. doi:10.1126 / science.8128244. PMID  8128244.
  12. ^ Tseng YY, Hunt SM, Heintzen C, Crosthwaite SK, Schwartz JM (2012). "Neurospora sirkadiyalik soatini kompleks modellashtirish va uning haroratini qoplash". PLOS hisoblash biologiyasi. 8 (3): e1002437. doi:10.1371 / journal.pcbi.1002437. PMC  3320131. PMID  22496627.
  13. ^ Liu Y, Garceau NY, Loros JJ, Dunlap JK (may 1997). "FRQ ning termal tartibga solinadigan tarjima nazorati neyrospora sirkadiy soatidagi harorat ta'sirining aspektlariga vositachilik qiladi". Hujayra. 89 (3): 477–86. doi:10.1016 / S0092-8674 (00) 80228-7. PMID  9150147.
  14. ^ Colot HV, Loros JJ, Dunlap JC (2005). "Sirkadiyalik soat geni chastotasida haroratni modulyatsiyalangan alternativ biriktirish va promotordan foydalanish". Hujayraning molekulyar biologiyasi. 16 (12): 5563–71. doi:10.1091 / mbc.E05-08-0756. PMC  1289402. PMID  16195340.
  15. ^ Cheng P, X Q, X Q, Vang L, Lyu Y (yanvar 2005). "Neurospora sirkadiy soatini RNK helikazasi bilan tartibga solish". Genlar va rivojlanish. 19 (2): 234–41. doi:10.1101 / gad.1266805. PMC  545885. PMID  15625191.
  16. ^ a b v Baker CL, Kettenbach AN, Loros JJ, Gerber SA, Dunlap JC (2009). "Miqdoriy proteomika Neurospora sirkadiyalik soatida dinamik interaktom va fazaga xos fosforillanishni aniqlaydi". Molekulyar hujayra. 34 (3): 354–63. doi:10.1016 / j.molcel.2009.04.023. PMC  2711022. PMID  19450533.
  17. ^ Pregueiro AM, Liu Q, Beyker CL, Dunlap JK, Loros JJ (2006). "Neurospora tekshiruv punkti kinaz 2: sirkadiyan va hujayra tsikllari o'rtasidagi tartibga solish aloqasi". Ilm-fan. 313 (5787): 644–9. doi:10.1126 / science.1121716. PMID  16809488. S2CID  36988859.
  18. ^ a b Hurli JM, Larrondo LF, Loros JJ, Dunlap JK (dekabr 2013). "Konservalangan RNK helikazasi FRH fermentativ bo'lmagan holda harakat qiladi, ichki tartibsiz neyrosora soat oqsili FRQni qo'llab-quvvatlaydi". Molekulyar hujayra. 52 (6): 832–43. doi:10.1016 / j.molcel.2013.11.005. PMC  3900029. PMID  24316221.
  19. ^ Chjou, Mian; Vang, Tao; Fu, Tszinjin; Syao, Guangxua; Liu, Yi (2017-04-27). "Kodonlardan maqbul bo'lmagan foydalanish ichki tartibsiz mintaqalarda oqsil tuzilishiga ta'sir qiladi". Molekulyar mikrobiologiya. 97 (5): 974–987. doi:10.1111 / mmi.13079. ISSN  0950-382X. PMC  4636118. PMID  26032251.
  20. ^ Dunlap JC, Loros JJ, Colot HV, Mehra A, Belden WJ, Shi M, Hong CI, Larrondo LF, Baker CL, Chen CH, Schwerdtfeger C, Collopy PD, Gamsby JJ, Lambreghts R (2007). "Neurosporadagi sirkadiyalik soat: genlar va oqsillar qanday qilib barqaror, entrainable va kompensatsiyalangan biologik osilatorni ishlab chiqarish uchun bir-biriga yaqinlashadi". Kantitativ biologiya bo'yicha sovuq bahor porti simpoziumlari. 72: 57–68. doi:10.1101 / sqb.2007.72.072. PMC  3683860. PMID  18522516.
  21. ^ Talora C, Franchi L, Linden H, Ballario P, Macino G (sentyabr 1999). "Oq yoqa-1-oq yoqa-2 kompleksining ko'k-nurli signal uzatilishidagi roli". EMBO jurnali. 18 (18): 4961–8. doi:10.1093 / emboj / 18.18.4961. PMC  1171567. PMID  10487748.
  22. ^ Froehlich AC, Liu Y, Loros JJ, Dunlap JK (2002). "Oq bo'yinbog '-1, chastotani oshiruvchi bilan bog'langan, sirkadiyalik ko'k nurli fotoregeptor" Ilm-fan. 297 (5582): 815–9. doi:10.1126 / science.1073681. PMID  12098706.
  23. ^ Denault DL, Loros JJ, Dunlap JC (yanvar 2001). "WC-2 Neurosporaning PAS oqsillari bilan bog'liq tsirkadiy geribildirim tsikli ichidagi WC-1-FRQ o'zaro ta'siriga vositachilik qiladi". EMBO jurnali. 20 (1–2): 109–17. doi:10.1093 / emboj / 20.1.109. PMC  140181. PMID  11226161.
  24. ^ Sun G, Chjou Z, Lyu X, Gay K, Lyu Q, Cha J, Kaleri FN, Vang Y, Xe Q (may 2016). "Oq OQ QO'LLIKdan mustaqil chastota transkripsiyasini bostirish, histon H3 lizin 36 metiltransferaza SET-2 tomonidan neyrospordagi soat ishlashi uchun zarur". Biologik kimyo jurnali. 291 (21): 11055–63. doi:10.1074 / jbc.M115.711333. PMC  4900255. PMID  27002152.
  25. ^ Garceau NY, Liu Y, Loros JJ, Dunlap JC (1997). "Tarjimaning muqobil boshlanishi va vaqtga xos fosforillanish asosiy soat oqsilining tezligi" ning ko'p shakllarini beradi. Hujayra. 89 (3): 469–76. doi:10.1016 / S0092-8674 (00) 80227-5. PMID  9150146.
  26. ^ Heintzen C, Liu Y (2007). "Neurospora crassa circadian soat". Genetika fanining yutuqlari. 58: 25–66. doi:10.1016 / s0065-2660 (06) 58002-2. ISBN  9780123738820. PMID  17452245.
  27. ^ Cha J, Chjou M, Lyu Y (yanvar 2015). "Neurospora sirkadiy soat mexanizmi, tezligi markazlashtirilgan ko'rinish". Biokimyo. 54 (2): 150–6. doi:10.1021 / bi5005624. PMC  4303299. PMID  25302868.
  28. ^ Liu Y, Loros J, Dunlap JK (yanvar 2000). "Neurospora soat oqsili fosforillanishi CHEKLIK uning degradatsiyasini belgilaydi va sirkadiyalik soatning davomiyligiga kuchli ta'sir qiladi". Amerika Qo'shma Shtatlari Milliy Fanlar Akademiyasi materiallari. 97 (1): 234–9. doi:10.1073 / pnas.97.1.234. PMC  26646. PMID  10618401.
  29. ^ Larrondo LF, Olivares-Yañez C, Beyker CL, Loros JJ, Dunlap JK (yanvar 2015). "Sirkadiyalik ritmlar. Sirkadiyalik davrni aniqlashdan sirkadiyalik soat oqsili aylanishini ajratish". Ilm-fan. 347 (6221): 1257277. doi:10.1126 / science.1257277. PMC  4432837. PMID  25635104.
  30. ^ a b v d He Q, Cheng P, Yang Y, He Q, Yu H, Liu Y (sentyabr 2003). "Neurosporada FWD1 vositachiligidagi FREQUENCY ning degradatsiyasi sirkadiyalik soat regulyatsiyasi uchun saqlanib qolgan mexanizmni yaratadi". EMBO jurnali. 22 (17): 4421–30. doi:10.1093 / emboj / cdg425. PMC  202367. PMID  12941694.
  31. ^ a b v Cheng P, Yang Y, Xayntsen S, Lyu Y (yanvar 2001). "Coil-coil domeni vositachiligidagi FRQ-FRQ o'zaro aloqasi uning neyrospordagi sirkadiy soat funktsiyasi uchun juda muhimdir". EMBO jurnali. 20 (1–2): 101–8. doi:10.1093 / emboj / 20.1.101. PMC  140186. PMID  11226160.
  32. ^ Shi M, Kollett M, Loros JJ, Dunlap JK (2010). "FRQ bilan o'zaro ta'sir qiluvchi RNK helikaz Neurospora sirkadiy soatida salbiy va ijobiy teskari aloqada vositachilik qiladi". Genetika. 184 (2): 351–61. doi:10.1534 / genetika.109.111393. PMC  2828717. PMID  19948888.
  33. ^ Lakin-Tomas PL, Bell-Pedersen D, Brodi S (2011-01-01). Brody S (tahrir). "Neurosporada sirkadiyalik ritmlarning genetikasi". Genetika fanining yutuqlari. Sirkadiyalik ritmlarning genetikasi. 74: 55–103. doi:10.1016 / b978-0-12-387690-4.00003-9. ISBN  9780123876904. PMC  5027897. PMID  21924975.
  34. ^ Dexang, Rigzin; Vu, Cheng; Smit, Kristina M.; Qo'zi, Tereza M.; Peterson, Metyu; Bredeweg, Erin L.; Ibarra, Oneida; Emerson, Jillian M.; Karunarathna, Nirmala (2017-01-05). "ADV-1 neyropora transkripsiyasi omili yorug'lik signallari va hujayra sintezida ishtirok etgan genlarning ritmik ekspresiyasini boshqarish uchun vaqtincha ma'lumot beradi". G3 (Bethesda, Md.). 7 (1): 129–142. doi:10.1534 / g3.116.034298. ISSN  2160-1836. PMC  5217103. PMID  27856696.
  35. ^ Crosthwaite SK, Loros JJ, Dunlap JC (1995). "Sirkadiyalik soatni yorug'lik bilan qayta tiklash chastota transkripsiyasining tez o'sishi bilan bog'liq". Hujayra. 81 (7): 1003–12. doi:10.1016 / S0092-8674 (05) 80005-4. PMID  7600569.
  36. ^ Shigeyoshi Y, Taguchi K, Yamamoto S, Takekida S, Yan L, Tei H, Moriya T, Shibata S, Loros JJ, Dunlap JK, Okamura H (dekabr 1997). "Sutemizuvchilarning sirkadiyalik soatini yorug'likni qayta tiklash mPer1 transkriptining tez induksiyasi bilan bog'liq". Hujayra. 91 (7): 1043–53. doi:10.1016 / s0092-8674 (00) 80494-8. PMID  9428526.
  37. ^ Aronson BD, Jonson KA, Dunlap JC (1994). "Sirkadiyalik soat lokus chastotasi: bitta ochiq o'qish doirasi bilan kodlangan oqsil davr davomiyligini va haroratni qoplashni belgilaydi". Amerika Qo'shma Shtatlari Milliy Fanlar Akademiyasi materiallari. 91 (16): 7683–7. doi:10.1073 / pnas.91.16.7683. PMC  44466. PMID  8052643.
  38. ^ a b Shi M, Larrondo LF, Loros JJ, Dunlap JK (dekabr 2007). "Neurosporada xolin etishmovchiligi sharoitida tsirkadiy osilatordan chiqadigan rivojlanish tsikli maskalari". Amerika Qo'shma Shtatlari Milliy Fanlar Akademiyasi materiallari. 104 (50): 20102–7. doi:10.1073 / pnas.0706631104. PMC  2148429. PMID  18056807.
  39. ^ Loros JJ, Richman A, Feldman JF (1986 yil dekabr). "Neurospora crassa ning fruktsiya joyidagi sirkadiyalik soat mutatsioni". Genetika. 114 (4): 1095–110. PMC  1203030. PMID  2948874.
  40. ^ a b v Bell-Pedersen D, Kasson VM, Earnest DJ, Golden SS, Hardin PE, Tomas TL, Zoran MJ (2005 yil iyul). "Ko'p osilatorlardan sirkadiyalik ritmlar: turli xil organizmlardan darslar". Genetika haqidagi sharhlar. 6 (7): 544–56. doi:10.1038 / nrg1633. PMC  2735866. PMID  15951747.
  41. ^ Granshaw T, Tsukamoto M, Brody S (2003 yil avgust). "Neurospora crassa-da sirkadiyalik ritmlar: farnesol yoki geraniol, aks holda frq10, wc-1 va wc-2 aritmik shtammlarida ritmiklikni ifodalashga imkon beradi". Biologik ritmlar jurnali. 18 (4): 287–96. doi:10.1177/0748730403255934. PMID  12932081.
  42. ^ Christensen MK, Falkeid G, Loros JJ, Dunlap JC, Lillo C, Ruoff P (2004). "Neurospora crassa-da nitrat bilan indikatsiyalangan frq-kam osilator". Biologik ritmlar jurnali. 19 (4): 280–6. doi:10.1177/0748730404265532. PMID  15245647.
  43. ^ a b Dunlap JK, Loros JJ (2004 yil oktyabr). "Nervospora tsirkadiy tizimi". Biologik ritmlar jurnali. 19 (5): 414–24. doi:10.1177/0748730404269116. PMID  15534321.
  44. ^ Salichos L, Rokas A (2010). "Qo'ziqorinlarda sirkadiyalik soat oqsillarining xilma-xilligi va rivojlanishi". Mikologiya. 102 (2): 269–78. doi:10.3852/09-073. JSTOR  27811038. PMID  20361495. S2CID  1856977.
  45. ^ Xeviya MA, Kanessa P, Myuller-Esparza H, Larrondo LF (2015). "Botrytis cinerea qo'ziqorinining sirkadiyali osilatori Arabidopsis thaliana-ni yuqtirganda virulentlikni tartibga soladi". Amerika Qo'shma Shtatlari Milliy Fanlar Akademiyasi materiallari. 112 (28): 8744–9. doi:10.1073 / pnas.1508432112. PMC  4507220. PMID  26124115.
  46. ^ Traeger S, Nowrousian M (2015). "Bazal filamentli askomitset pironemasi birikmalaridagi sirkadiyalik ritmlarni tahlil qilish". G3 (Bethesda, Md.). 5 (10): 2061–71. doi:10.1534 / g3.115.020461. PMC  4592989. PMID  26254031.
  47. ^ Lee, SJ., Kong, M., Morse, D. Hijri, M. (2018) Rhizoglomus irregulare mikroskopik qo'ziqorin qo'ziqorinidagi taxminiy sirkadiyalik soat tarkibiy qismlarining ifodasi. Mikoriza. https://doi.org/10.1007/s00572-018-0843-y
  48. ^ Dunlap JK, Loros JJ (2006 yil dekabr). "Qo'ziqorinlar vaqtni qanday ushlab turishadi: neyrospordagi tsirkadiy sistema va boshqa qo'ziqorinlar". Mikrobiologiyaning hozirgi fikri. 9 (6): 579–87. doi:10.1016 / j.mib.2006.10.008. PMID  17064954.
  49. ^ Zhou M, Guo J, Cha J, Chae M, Chen S, Barral JM, Sachs MS, Liu Y (mart 2013). "Optimal bo'lmagan kodondan foydalanish FRQ soat oqsilining ifodasi, tuzilishi va funktsiyasiga ta'sir qiladi". Tabiat. 495 (7439): 111–5. doi:10.1038 / tabiat11833. PMC  3629845. PMID  23417067.
  50. ^ Hurli JM, Larrondo LF, Loros JJ, Dunlap JK (dekabr 2013). "Konservalangan RNK helikazasi FRH fermentativ bo'lmagan holda harakat qiladi, ichki tartibsiz neyrosora soat oqsili FRQni qo'llab-quvvatlaydi". Molekulyar hujayra. 52 (6): 832–43. doi:10.1016 / j.molcel.2013.11.005. PMC  3900029. PMID  24316221.