Oxytricha trifallax - Oxytricha trifallax - Wikipedia
| Oxytricha trifallax | |
|---|---|
 | |
Ilmiy tasnif  | |
| Klade: | SAR |
| Infrakingdom: | Alveolata |
| Filum: | Ciliophora |
| Sinf: | Spirotricheya |
| Oila: | Oxytrichidae |
| Tur: | Sterkiella |
| Turlar: | S. histriomuscorum |
| Binomial ism | |
| Sterkiella histriomuscorum | |
| Sinonimlar[1] | |
| |
Sterkiella histriomuscorum, avval Oxytricha trifallax, a kirpik jinsdagi turlar Sterkiella sifatida ishlatilgan juda parchalangan genomlari bilan tanilgan model siliat genetikasi uchun.
Genetika
Hammaga o'xshab kirpiklar, O. trifallax ikki xil yadro turiga ega: makronuklelar saytlari bo'lgan transkripsiya va gen ekspressioni va mikronuklealar, faqat jinsiy reproduktsiya paytida faol, ammo aks holda transkripsiyaviy ravishda faol emas. Makronuklelar mikronukleylarning differentsiatsiyasi bilan hosil bo'ladi, bu odatda ma'lum darajada RNK vositachiligida DNKni tahrir qilishni o'z ichiga oladi. O. trifallax makronukleer genomida juda yuqori darajada parchalanish bilan ketma-ket birinchi tur. Makronukleusga differentsiatsiya qilish jarayonida mikronadroviy genomning 96% gacha yo'q qilinadi; taqqoslaganda, shunga o'xshash boshqa silikatlar Parametsium faqat taxminan 30% yo'q qilinadi. Makronadroviy genomida a gaploid hajmi taxminan 50 Mb.[2]
The xromosomalar makronukleus ham juda qisqa. Makronadroviy genom 18500 ga yaqin genlarni kodlaydi, ammo ular 16000 ta xromosomalarga tarqaladi, ular uzunligiga qarab nanoxromosomalar deb ataladi.[2][3] Ularning ko'pchiligida faqat bitta gen mavjud bo'lgan g'ayrioddiy qisqa nanoxromosomalari tufayli ular o'rganish uchun namuna organizm sifatida ishlatilgan. telomerlar va kodlamaydigan RNK genlarini skrining qilish.[4]
Mikronadroviy genom ham ketma-ketlikda tuzilgan va tarkibida 3500 ga yaqin shifrlangan gen mavjud. Scrambled genlar - bu individual segmentlari mikronukleer genomining turli qismlarida joylashgan genlar va shuning uchun makronukleer genomidagi an'anaviy genga DNKni tahrirlash bosqichida "chigal" bo'lishi kerak. 225000 dan ortiq individual DNK segmentlari mikronadroviy kashfiyotchisidan makronukleer genomini yaratish jarayonida parchalanmagan bo'lishi kerak.[5]
The mitoxondrial genom ham sekvensiya qilingan va uzunligi 70 kbp bo'lgan, ma'lum bo'lgan eng yirik siliyali mitoxondriyal genomdir. Boshqa siliat mitoxondriyal genomlari singari O. trifallax chiziqli molekulalar bo'lib, bir qator bo'lingan genlarni o'z ichiga oladi. Ularning mitoxondriyalari ham ishtirok etgan bo'lishi mumkin bo'lgan alohida plazmidga ega gorizontal genlarning uzatilishi mitoxondrial genom evolyutsiyasi paytida.[6]
Taksonomiya va sistematikasi
Taksonomiyasi O. trifallax bahslashdi. Sifatida qayta tasniflangan Sterkiella histriomuscorum morfologik xususiyatlar asosida, lekin a molekulyar filogeniya ning bir turi sifatida asl tasnifini qo'llab-quvvatlaydi Oxytricha.[7]
Adabiyotlar
- ^ Uorren, A. (2019). Butunjahon Ciliophora ma'lumotlar bazasi. Sterkiella histriomuscorum (Foissner, Blatterer, Berger & Kohmann, 1991) Foissner, Blatterer, Berger & Kohmann, 1991. Kirish: Jahon dengiz turlari reestri: http://www.marinespecies.org/aphia.php?p=taxdetails&id=427777 2019-01-07 da
- ^ a b Svart, Estienne S.; Braxt, Jon R.; Magrini, Vinsent; Minx, Patrik; Chen, Xiao; Chjou, Yi; Xurana, Jasprit S.; Goldman, Aaron D.; Nowacki, Mariush (2013-01-29). "Oxytricha trifallax makronukleer genomi: 16000 ta mayda xromosomalarga ega bo'lgan murakkab eukaryotik genom". PLOS biologiyasi. 11 (1): e1001473. doi:10.1371 / journal.pbio.1001473. ISSN 1545-7885. PMC 3558436. PMID 23382650.
- ^ "Ushbu g'alati organizm har jinsiy aloqada o'zini yangi genomga aylantiradi". Simli. Olingan 2017-07-25.
- ^ Jung, S .; Svart, E. C .; Minx, P. J .; Magrini, V .; Mardis, E. R .; Landweber, L. F .; Eddi, S. R. (2011-09-01). "Oxytricha trifallax nanoxromosomalarini ekspluatatsiya qilish, kodlamaydigan RNK genlarini skrining qilish uchun". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 39 (17): 7529–7547. doi:10.1093 / nar / gkr501. ISSN 0305-1048. PMC 3177221. PMID 21715380.
- ^ Chen, Xiao; Braxt, Jon R.; Goldman, Aaron Devid; Dolzhenko, Egor; Gil, Derek M.; Svart, Estoniya S.; Perlman, Devid X.; Doak, Tomas G.; Styuart, Endryu (2014). "Shifrlangan genomning arxitekturasi rivojlanish jarayonida katta darajadagi genomik qayta tuzilish darajasini ochib beradi". Hujayra. 158 (5): 1187–1198. doi:10.1016 / j.cell.2014.07.034. PMC 4199391. PMID 25171416.
- ^ Svart, Estoniya S.; Nowacki, Mariush; Shum, Justin; Stil, Xezer; Xiggins, Brayan P.; Doak, Tomas G.; Shotanus, Klas; Magrini, Vinsent J.; Minx, Patrik (2012-01-01). "Oxytricha trifallax Mitoxondrial Genom". Genom biologiyasi va evolyutsiyasi. 4 (2): 136–154. doi:10.1093 / gbe / evr136. PMC 3318907. PMID 22179582.
- ^ Zoller, Stiven D.; Hammersmith, Robert L.; Svart, Estoniya S.; Xiggins, Brayan P.; Doak, Tomas G.; Herrik, Glen; Landweber, Laura F. (2012). "Ko'p sonli genlar ketma-ketligi asosida siliya oksitricha trifallaksining xarakteristikasi va taksonomik samaradorligi (Spirotricheya klassi).. Protist. 163 (4): 643–657. doi:10.1016 / j.protis.2011.12.006. PMC 3433844. PMID 22325790.