Popgenie - Popgenie
| Tarkib | |
|---|---|
| Tavsif | Uchun jamoat manbai Populus genom. |
| Organizmlar | Populus |
| Aloqa | |
| Ilmiy-tadqiqot markazi | Umeå o'simlik ilmiy markazi |
| Birlamchi iqtibos | Syodin va boshq. (2009)[1] |
| Ishlab chiqarilish sanasi | 2008 |
| Kirish | |
| Veb-sayt | http://popgenie.org |
| URLni yuklab olish | ftp://popgenie.org/popgenie/ |
| Veb-xizmat URL manzili | http://api.popgenie.org |
| Asboblar | |
| Internet | GBrowse, JBrowse, DigitalN Northern, efp, ePlant, BLAST, BLAT, Insilico PCR, ExPlot, GOgraph |
| Turli xil | |
| Litsenziya | MIT litsenziyasi |
| Versiyalar | Populus trichocarpa v1.0 / v2.0 / v3.0 |
| Versiya | Populus trichocarpa v3.0 |
PopGenIE (Populus Genome Integrative Explorer) - bu o'rganish uchun birlashtirilgan vositalar to'plami genom va transkriptom namunaviy o'simlik tizimining Populus.
PopGenie a model organizm ma'lumotlar bazasi (MOD), bu tobora kengayib borayotgan genetika to'plamini birlashtiradi genomika markaziy manbada ilmiy jamoatchilik tomonidan yaratilgan ma'lumotlar. Bunday MOD-lar, odatda, ushbu resurslarni o'rganish va so'rov qilish vositalarini o'z ichiga olgan model tizimida mavjud bo'lgan manbalar to'plamiga bitta kirish nuqtasini taklif qiladi. PopGenIE tarkibida genom, shu jumladan integral vositalar to'plami, sintez va miqdoriy xususiyat lokusi Genetik ma'lumotlarni o'rganish uchun (QTL) brauzerlar. Ko'rinish vositalariga elektron lyuminestsent piktograf (eFP) brauzer, ekspresion profil uchastkalari, birlashtirilgan tartibga solish kiradi transkriptomika ma'lumotlar to'plamlari va haddan tashqari ko'p namoyish etilgan funktsional toifalarni va genomik ulanish nuqtalarini aniqlash. EFP brauzerida gen funktsiyasini funktsional o'rganishni osonlashtirish uchun bir qator birlashtirilgan transkriptomika ma'lumotlari to'plami mavjud. Qo'shimcha gomologiya va ma'lumotlarni yig'ish vositalari taqdim etiladi. PopGenIE kirish imkoniyatini sezilarli darajada oshiradi Populus genomika manbalari va transkriptomika ma'lumotlarini o'rganishga yoki murakkab statistik tahlil usullarini tushunishga ehtiyoj sezmasdan o'rganishga imkon beradi.
Biologik ma'lumotlarni tahlil qilish uchun PopGenIE-da turli xil vositalar mavjud (ePlant.eXplot, PopNet ...). PopGenIE shuningdek, eski versiyalarini arxivladi. Barcha vositalar ostida MIT litsenziyasi.
Adabiyotlar
- ^ Syodin, A; Street, NR; Sandberg, G; Gustafsson, P; Jansson, S (iyun 2009). "Populus Genome Integrative Explorer (PopGenIE): Populus genomini o'rganish uchun yangi manba". Yangi fitolog. 182 (4): 1013–25. doi:10.1111 / j.1469-8137.2009.02807.x. PMID 19383103.