Pseudo K-tuple nukleotid tarkibi - Pseudo K-tuple nucleotide composition - Wikipedia
 | Ushbu maqolada bir nechta muammolar mavjud. Iltimos yordam bering uni yaxshilang yoki ushbu masalalarni muhokama qiling munozara sahifasi. (Ushbu shablon xabarlarini qanday va qachon olib tashlashni bilib oling) (Ushbu shablon xabarini qanday va qachon olib tashlashni bilib oling)
|
The Pseudo K-tuple nukleotid tarkibi yoki PseKNC, Chou'dan uzaytirildi Soxta amino kislotalar tarkibi (PseAAC).[1] PseAAC va PseKNC ikkalasi ham vektor tavsiflovchisidir, ammo birinchisi oqsil yoki peptid ketma-ketlik, ikkinchisi esa ifodalaydi DNK yoki RNK ketma-ketliklar.
Protein va peptidlar ketma-ketligi haqidagi ketma-ketlik ma'lumotlarini to'liq yo'qotmaslik uchun, PseAAC[1] tomonidan taklif qilingan Kuo-Chen Chou. DNK va RNK sekanslari muammosini hal qilish uchun K-tuple psevdosi nukleotid tarkibi yoki PseKNC taklif qilindi.[2][3][4] Ilmiy hamjamiyat uchun qulay veb-server deb nomlangan PseKNC[2] va ochiq manbali paket deb nomlangan PseKNC-umumiy[3] mos ravishda 2013 va 2014 yillarda ishlab chiqilgan bo'lib, ular keng ko'lamli ketma-ketlikdagi ma'lumotlar to'plamini fizik-kimyoviy xususiyatlar kombinatsiyasining ko'plab tanlovlari bilan psevdo nukleotid kompozitsiyalariga aylantirishi mumkin. PseKNC-umumiy psevdo nukleotid kompozitsiyalarining bir nechta rejimlarini, shu jumladan an'anaviy k-tuple nukleotid kompozitsiyalarini, Moreau-Broto avtokorrelyatsiya koeffitsientini, Moran avtokorrelyatsiya koeffitsientini, Gear avtokorrelyatsiya koeffitsientini, I turdagi PseKNC va II turdagi PseKNC ni yaratishi mumkin.
Hisoblashda PseAAC kabi proteomika va proteom tahlil qilishda, PseKNC ham hisoblashda tobora ko'proq foydalanilmoqda genomika va turli xil ijro etish genom tahlil qiladi.
Adabiyotlar
- ^ a b Chou, Kuo-Chen (2001). "Psevdo-aminokislota tarkibidan foydalangan holda oqsil hujayralari atributlarini bashorat qilish". Oqsillar: tuzilishi, funktsiyasi va genetikasi. 43 (3): 246–55. doi:10.1002 / prot.1035. PMID 11288174.
- ^ a b Chen, Vey; Ley, Tian-Yu; Jin, Dian-Chuan; Lin, Xao; Chou, Kuo-Chen (2014). "PseKNC: psevdo K-tuple nukleotid tarkibini yaratish uchun moslashuvchan veb-server". Analitik biokimyo. 456: 53–60. doi:10.1016 / j.ab.2014.04.001. PMID 24732113.
- ^ a b Chen, Vey; Chjan, Xitong; Bruker, Iordaniya; Lin, Xao; Chjan, liging; Chou, Kuo-Chen (2015). "PseKNC-General: psevdo nukleotidli kompozitsiyalarning turli rejimlarini yaratish uchun o'zaro faoliyat platformalar to'plami". Bioinformatika. 31 (1): 119–20. doi:10.1093 / bioinformatika / btu602. PMID 25231908.
- ^ Chen, Vey; Lin, Xao; Chou, Kuo-Chen (2015). "Pseudo nukleotid tarkibi yoki PseKNC: Genomik ketma-ketlikni tahlil qilish uchun samarali formulalar". Molekulyar biosistemalar. 11 (10): 2620–34. doi:10.1039 / c5mb00155b. PMID 26099739.