TopHat (bioinformatika) - TopHat (bioinformatics)

TopHat ochiq manba hisoblanadi bioinformatika ov miltig'ini cDNA o'qish ketma-ketligini o'qish qobiliyatini moslashtirish vositasi transkriptomika texnologiyalari (masalan, RNK-sek ) foydalanish Kapalak galstuk oldin va keyin xaritalash mos yozuvlar genomi RNK qo'shilish joylarini kashf qilish de novo.[1] TopHat RNK-Seq o'qishini sutemizuvchilar kattaligidagi genomlarga moslashtiradi.[2]

Tarix

TopHat dastlab 2009 yilda ishlab chiqilgan Koul Trapnell, Lior Pachter va Stiven Zalsberg Matematika kafedrasida, Berkli va Bioinformatika va hisoblash biologiyasi markazi Merilend universiteti, kollej parki.[1] Keyinchalik Trapnell Genom Fanlar bo'limiga ko'chib o'tdi Vashington universiteti. TopHat - Vashingtondagi Koul Trapnell va Daehwan Kim va Stiven Salsberg o'rtasidagi hisoblash biologiyasi markazidagi hamkorlikdagi ish. Jons Xopkins universiteti ular birgalikda 2013 yilda TopHat2 bilan kelishib oldilar, ular to'g'ri tekislashni amalga oshiradilar transkriptomlar qo'shimchalar, o'chirishlar va genlarni birlashtirish mavjud bo'lganda.[3]

Foydalanadi

TopHat RNK-Seq eksperimentidan o'qishlarni tekislash uchun ishlatiladi. Bu o'qish-xaritalash algoritmi va u o'qishni mos yozuvlar genomiga moslashtiradi. Bu foydalidir, chunki ma'lum splice saytlariga ishonishning hojati yo'q.[1] TopHat-dan foydalanish mumkin Smokin quvuri va tez-tez ishlatiladi Kapalak galstuk.

Afzalliklari / Kamchiliklari

Afzalliklari

TopHat birinchi bo'lib chiqqanda, avvalgi tizimlarga qaraganda tezroq edi. U protsessor soatiga 2,2 milliondan ortiq o'qishni xaritaga tushirdi. Ushbu tezlik foydalanuvchiga bir kundan kam vaqt ichida, hatto standart statsionar kompyuterda ham RNA-Seq tajribasini qayta ishlashga va to'liq ishlashga imkon berdi.[1] Tophat o'qishni tahlil qilish uchun boshida Bowtie-dan foydalanadi, ammo keyin ekzon-exon birikmalarini qamrab olgan o'qishlarni tahlil qilish uchun ko'proq ishlaydi. Agar siz RHN-Seq ma'lumotlari uchun TopHat dan foydalansangiz, mos yozuvlar genomiga mos ravishda ko'proq o'qiysiz.[4]

TopHat-ning yana bir afzalligi shundaki, o'qishlarni mos yozuvlar genomiga moslashtirishda ma'lum qo'shilish saytlariga ishonishning hojati yo'q.[1]

Kamchiliklari

TopHat texnik xizmat ko'rsatishning past darajasida va qo'llab-quvvatlashning past bosqichida va uchinchi tomon qayta ishlashdan keyingi dasturiy ta'minotni tuzatishga sabab bo'lgan dasturiy ta'minot xatolarini o'z ichiga oladi.[5] U HISAT2 tomonidan almashtirildi, u yanada samarali va aniqroq va xuddi shu asosiy funktsiyani ta'minlaydi (RNK-Seq o'qishlarini birlashtirilishi).[2]

TopHat bilan taqqoslaganda, masalan, qo'l tugmalari, STAR va limma kabi yangi protokollar samaraliroq.

Bu STAR va Limma yordamida RNK-seq ish oqimi uchun quvur liniyasining misoli. Ushbu maxsus quvur liniyasi TopHat-dan ko'ra samaraliroq.

Shuningdek qarang

Adabiyotlar

  1. ^ a b v d e Trapnell C, Pachter L, Salzberg SL (may, 2009). "TopHat: RNK-Seq bilan birikma birikmalarini topish". Bioinformatika. 25 (9): 1105–11. doi:10.1093 / bioinformatika / btp120. PMC  2672628. PMID  19289445.
  2. ^ a b "TopHat". ccb.jhu.edu. Olingan 2018-04-17.
  3. ^ Kim D, Pertea G, Trapnell C, Pimentel H, Kelley R, Salzberg SL (aprel 2013). "TopHat2: qo'shimchalar, o'chirishlar va genlarni sintez qilish sharoitida transkriptomlarni to'g'ri tekislash". Genom biologiyasi. 14 (4): R36. doi:10.1186 / gb-2013-14-4-r36. PMC  4053844. PMID  23618408.
  4. ^ "Bowtie & Tophat". www.biostars.org. Olingan 2018-04-24.
  5. ^ Brueffer C, Saal LH (may 2016). "TopHat-Recondition: TopHat xaritasiz o'qish uchun post-protsessor". BMC Bioinformatika. 17 (1): 199. doi:10.1186 / s12859-016-1058-x. PMC  4855331. PMID  27142976.

Tashqi havolalar