RsaOG - RsaOG - Wikipedia
| rsaOG RNK | |
|---|---|
 Varnada yaratilgan psevdoknotni ko'rsatadigan RsaOG ning konsensusli ikkinchi darajali tuzilishi.[1] Chegaralar belgilandi RACE xaritasi yilda Staphylococcus aureus N315.[2] | |
| Identifikatorlar | |
| Belgilar | RsaOG |
| Rfam | RF01775 |
| Boshqa ma'lumotlar | |
| RNK turi | sRNK |
| Domen (lar) | Stafilokokk |
| PDB tuzilmalar | PDBe |
RsaOG (qisqartmasi RNK S. aureus Orsay G)[2] a kodlamaydigan RNK da topilgan patogen bakteriyalar Staphylococcus aureus N315 katta miqyosda hisoblash skriningi asoslangan filogenetik profil yaratish.[3] U birinchi marta 2005 yilda aniqlangan, ammo nomlanmagan.[4] O'shandan beri RsaOG boshqa shtammlarida aniqlangan Staphylococcus aureus nomi bilan RsaI,[5] boshqa a'zolarida ham topilgan Stafilokokk tur (kabi Staphylococcus carnosus ), ammo boshqa bakteriyalarda yo'q.[2]
RsaOG geni saqlanib qolgan barcha Staphylococcaceae-da genomlar, uning ikkilamchi tuzilish ikkita yuqori darajada saqlanib qolgan juftlashtirilmagan ketma-ketliklar shakllantirish qobiliyatiga ega bo'lgan a pseudoknot.[2] Shimoliy blot tajribalar shuni ko'rsatadiki, RsaOG bir nechta bilan ifodalangan S. aureus shtammlar.[3][5] RsaOG ni xaritalash hajmi 146 ni bildiradi nukleotidlar yilda S. aureus.[5] RsaOG ncRNA bor deb o'ylashadi trans-aktyorlik tartibga solish funktsiyalari, ehtimol nozik sozlashda toksin ishlab chiqarish yoki yordam berish bosqin.[2]
Shuningdek qarang
Adabiyotlar
- ^ Darti K, Denis A, Ponti Y (avgust 2009). "VARNA: interfaol chizish va RNK ikkilamchi tuzilishini tahrirlash". Bioinformatika. 25 (15): 1974–1975. doi:10.1093 / bioinformatika / btp250. PMC 2712331. PMID 19398448. Olingan 2010-07-12.
- ^ a b v d e Marchais A, Bohn C, Bouloc P, Gautheret D (mart 2010). "RsaOG, yangi stafilokokklar oilasi, yuqori transkripsiya qilingan kodlanmaydigan RNK". RNK Biol. 7 (2): 116–119. doi:10.4161 / rna.7.2.10925. PMID 20200491. Olingan 2010-07-12.
- ^ a b Marchais A, Naville M, Bohn C, Bouloc P, Gautheret D (iyun 2009). "Filogenetik profillar yordamida bakterial genomdagi barcha kodlash ketma-ketliklarining bir martalik tasnifi". Genom Res. 19 (6): 1084–1092. doi:10.1101 / gr.089714.108. PMC 2694484. PMID 19237465.
- ^ Pichon C, Felden B (oktyabr 2005). "Staphylococcus aureus genomik va patogenlik orollaridan ma'lum bo'lgan kichik RNK genlari patogen shtammlar orasida o'ziga xos ifoda bilan". Proc. Natl. Akad. Ilmiy ish. AQSH. 102 (40): 14249–14254. doi:10.1073 / pnas.0503838102. PMC 1242290. PMID 16183745.
- ^ a b v Geissmann T, Chevalier C, Cros MJ va boshq. (2009 yil noyabr). "Staphylococcus aureus-da kichik kodlamaydigan RNKlarni qidirishda regulyatsiya uchun saqlanib qolgan ketma-ketlik motifi aniqlandi". Nuklein kislotalari rez. 37 (21): 7239–7257. doi:10.1093 / nar / gkp668. PMC 2790875. PMID 19786493. Olingan 2010-07-12.