Ksenofilus azovoranlar - Xenophilus azovorans

Ksenofilus azovoranlar
Ilmiy tasnif
Qirollik:
Bakteriyalar
Filum:
Proteobakteriyalar
Sinf:
Betaproteobakteriyalar
Buyurtma:
Burkholderiales
Oila:
Komamonadaceae
Tur:
Ksenofil
Turlar:
X. azovorans
Binomial ism
Ksenofilus azovoranlar
Blümel va boshq. 2001 yil[1]
Tuzilish turi
ATCC BAA-794, ATCCBAA-794, CCUG 47268, DSM 13620, KF46F, NCIMB 13707[2]

Ksenofilus azovoranlar a bakteriya jinsdan Ksenofil tuproqdan ajratib olingan Shveytsariya.[3][4]

Umumiy nuqtai

Ksenofilus azovoranlar a harakatchan, Gram-manfiy, bo'lmagansport shakllantirish novda shaklida bakteriya.[5] Tayoqchalar to‘g‘ri yoki ba’zan biroz kavisli bo‘lib, ular ostida 0,5-1 mkm dan 1-3 mkm gacha o‘lchangan yorug'lik mikroskopi.[5] Ular yakka yoki juftlikda mavjud.[5] 30 daraja o'sadi Selsiy ozuqaviy agarda u paydo bo'ladi shaffof emas, sariq rangli koloniyalar.[5] Ushbu koloniyalarni ba'zida shilimshiqligi sababli singular deb aniqlash qiyin bo'lishi mumkin hujayradan tashqari sekretsiyalar.[5] X. azovorans yuqori darajaga ega GK tarkibi 69,73 foizni tashkil etadi, bu uning turiga xosdir.[5] Uning eng diqqatga sazovor xususiyati - bu Orange II ni buzish qobiliyatidir azo bo'yoqlar.[5] Sintetik azo bo'yoqlar qurish uchun zarurdir kosmetika, charm buyumlar, to'qimachilik va qog'oz mahsulotlar.[5] Biroq, ular odatda odatdagidek buzilmaydi chiqindilarni qayta ishlash tizimlari va ekologlarni jiddiy tashvishga solmoqda.[5]

Nomenklatura

Jins Ksenofil yunoncha "xeno "begona yoki g'alati va"filiya "bu do'stlik yoki mehrga tarjima qilinadi.[5] Turlarning nomi azovoranlar uning tanazzulga uchrash qobiliyatidan kelib chiqadi azo bo'yoqlar va lotincha "vorare", ya'ni yutib yuborishni anglatadi.[5]

Kashfiyot va izolyatsiya

Ilgari sifatida tanilgan Pseudomonas sp. shtamm KF46F,[6] Ksenofilus azovoranlar birinchi bo'lib Kulla tomonidan ajratilgan va boshq. 1984 yilda tuproqdan emlash karboksi-apelsin II bilan boyitilgan (1- (4'-karboksifenilazo) -2-naftol)[7] yagona uglerod manbai sifatida.[8] Keyin aniqlik kiritishga urinib ko'rdim taksonomiya ning bakterial shtammlar olimlarning ta'kidlashicha, avvalgi birikmalarni yemirishga qodir X. azovorans KF46F shtamminiT bu asl madaniyatdan.[8] Ushbu shtamm KF46F ning mukoid bo'lmagan versiyasidir, u 25 yildan ortiq vaqt davomida muzlash orqali saqlanib kelmoqda.[8] Laboratoriyada shtamm ozuqaviy moddalarga boy o'sishi mumkin edi ommaviy axborot vositalari, ammo bunday sharoitda Orange II-ni yomonlashtira olmadi.[8] Yog 'kislotasi qazib olish Hewlett Packard modeli tomonidan tahlil qilingan gaz xromatografi va tomonidan tayyorlangan Mikrobial identifikatsiyalash tizimining protokoli. Izolyatsiya genomik DNK Ausubel tomonidan ijro etildi va boshq. 1996 yilda.[8] 16S ribosomal RNK ning kuchayishi va undan keyingi filogenetik tahlil ARB dasturi paket.[8] ARB dasturi bu ketma-ketlik ma'lumotlar bazasi bilan ishlash va ma'lumotlarni tahlil qilish uchun zarur bo'lgan vositalarni o'z ichiga olgan va fanlararo bioinformatika guruhini tashkil etishga olib keladigan grafik to'plamdir.[9] Ekstrakromosomal DNK ikkita katta shaklida plazmidlar tomonidan aniqlandi impulsli dala gel elektroforezi.[5]

Qo'shni shtammlar

16S ribosomal RNK genining ketma-ketligi aniqlandi filogenetik qarindoshlar 95,0 dan 96,1 foizgacha o'xshashlik.[5] O'sha qarindoshlar: Vodorod, Acidovorax, Komamonlar va Ksilofil.[5] Ksenofilus azovoranlar noyobligi asosida ushbu boshqa nasldan ajratilishi mumkin yog 'kislotasi tarkibi.[5] A filogenetik daraxt yordamida qurilgan maksimal-parsimonlik usuli va yaqin filiallar quyida keltirilgan.[5]

Acidovorax anthurii

Acidovorax anthurii, shuningdek, Oila a'zosi Komamonadaseya, sabablari bakterial barg-dog ' o'simlikda antoryum.[10]

Komamonalar testosteroni

Komamonalar testosteroni kamdan-kam uchraydi inson patogen o'tkir bilan bog'liq appenditsit.[11] Bu juda past ekanligi ma'lum zaharlanish va juda kamdan-kam hollarda kasallikka olib keladi. O'xshash X. azovorans, ilgari ichida tasniflangan Pseudomonas guruh.[11]

Hidrogenofaga flava

Loy va tuproqdan ajratilgan SSSR, Hidrogenofaga flava a Gram-manfiy fakultativ jihatdan avtotrofik vodorod bakteriyalari.[12]

Xenophilus aerolatus

Xenophilus aerolatus, shtamm belgisi 5516S-2T gram-manfiy, harakatchan, bacillus aerob.[13] Uning koloniyalari doira shaklida va bo'yalgan sariq rangda, butun chekkalari (silliq).[13] U birinchi marta 2005 yil 16 mayda shahar tashqarisidagi havodan ajratilgan edi Suvon, Koreya So-Jin Kim tomonidan. Optimal o'sish sharoitlari Selsiy bo'yicha 25 dan 35 darajagacha bo'ladi, a NaCl konsentratsiyasi 0-2 foizni tashkil qiladi va pH 5,0 dan 9,0 gacha.[13] Bu oksidaz va katalaza ijobiy. X. aerolatus bor GK tarkibi 69 foizni tashkil etadi, bu uning jinsi uchun normaldir.[13] Uning nomidan ko'rinib turibdiki, X. aerolatus birinchi bo'lib Koreyaning Suvon shahridan ajratilgan.[13] Bo'lishi ma'lum emasligiga qaramay patogen, Xenophilus aerolatus ning asoratlari sifatida qayd etilgan peritoneal diyaliz.[14]

Fiziologiya

X. azovorans bor Gram-manfiy hujayralari 0,0 dan 1 mkm gacha, uzunligi 1 dan 3 mk gacha bo'lgan bakteriyalar.[15] Organizm KF46F shtamm deb nomlanadiT va o'sgan ozuqaviy agar uch kun davomida 30 daraja issiqda.[15] O'sish uchun ishlatiladigan uglerod va energiya manbai karboksi-Orange II edi.[15] A boshchiligida yorug'lik mikroskopi, organizm aylana shaklida, sariq rangli pigmentli koloniyalarni keltirib chiqarishi aniqlandi.[15] Keyin etishtirish, X. azovorans bo'lishi aniqlandi aerob, harakatchan va bo'lmagansport shakllantirish.[15] X. azovorans 30 daraja optimal haroratda o'sadi.[15] Shuni ta'kidlash kerakki, KF46F shtammiT kabi turli xil ommaviy axborot vositalarida o'sishga qodir ozuqaviy bulon (Selsiy bo'yicha 30 daraja) va Luriya-Burtani, lekin odatda ushbu muhitda o'stirilganda karboksi-Orange II ni pasaytira olmaydi.[15] KF46F shtammT ustun ustunlikdan iborat lipidlar kabi fosfatidiletanolamin, difosfatidilgliserol, fosfatidilgliserol va noma'lum aminofosfolipidga ega.[15]

Genomika

Ning to'liq genomi X. azovorans DSM 13620T DOE tomonidan tartiblangan Qo'shma Genom instituti (JGI) asosiy tergovchi bilan Nikos Kirpides.[16] Genom yordamida tartiblangan Butun Genom ketma-ketligi.[16] Xususan, usullar o'z ichiga oladi Ilumina, Illumina HiSeq 2000 yil va Illumina HiSeq 2500 ketma-ketlik.[16] Bakteriyalar 6349 genga va 6280 ga ega oqsillarni kodlovchi genlar.[16] Bundan tashqari, 69 ga ega RNK genlari uning genomida.[16]

Ning 16-ribosomal RNK geni X. azovorans KF46FT yordamida kuchaytirildi polimeraza zanjiri reaktsiyasi (PCR) va tartiblangan.[15] Genning ketma-ketligi 1484 taglik juftiga teng.[15] Tadqiqotchilar amalga oshirdilar impuls maydonidagi gel elektroforezi, shunga o'xshash usul Barton tomonidan tasvirlangan va boshq.,[17] va shtamm ikkitasini o'z ichiga olganligini aniqladi plazmidlar hajmi 100 va 350 kb.[15] Per yuqori mahsuldor suyuq kromatografiya Mesbah va Uitman tomonidan tasvirlangan (HPLC) usullari,[18] GK tarkibi ning X. azovorans KF46FT taxminan 70 foiz ekanligi aniqlandi.[15]

Metabolizm

X. azovorans a ximoorganoheterotrof amalga oshiradi oksidlovchi fosforillanish va terminal sifatida kisloroddan foydalanadi elektron akseptor.[16] Organizmda prognoz qilingan gen ham mavjud nitratni kamaytirish.[16] Asosiy kinon izolyatsiya qilingan edi ubiquinone 8-savol.[15] Ushbu izolyatsiya B.J.Tindall tomonidan ta'riflangan HPLC usullari bilan amalga oshirildi.[19][15]

Blumel tomonidan olib borilgan tadqiqotlar asosida va boshq.,[5] organizmga turli xil uglerod manbalari va shakar o'sishi xarakterli edi fermentatsiya.[15] Xarakterizatsiya usullari Kampferdan olingan va boshq. [20][15] Organizm bir qator ishlatishga qodir aminokislotalar, shakar va karbon kislotalari uglerod va energiya manbai sifatida.[15] Bir nechta misollarga utilizatsiya kiradi D-fruktoza va D-Mannitol.[15] Ko'rsatilgan yo'llar asosida KEGG, 10,51 foiz X.azovoraniki genom - bu hissa qo'shadigan genlar aminokislotalar almashinuvi.[16] Qanchalik uglevod almashinuvi tushuniladi, organizm ham to'liq narsaga ega TCA tsikli va glikoliz KEGG yo'lidagi yo'l.[16] Organizm genlarining taxminan 6,79 foizi o'z hissasini qo'shadi Ksenobiotik biologik parchalanish va metabolizm.[16] Xususan, organizmda taxmin qilingan genlar mavjud aminobenzoat va benzoat tanazzul.[16]

Organizm ijobiy sinovlarni o'tkazadi oksidaz va katalaza, lekin ishlab chiqara olmaydi urease,[15] uning yaqin qarindoshidan farqli o'laroq Xenophilus aerolatus.[21]

Ekologiya

X. azovorans og'zaki ravishda o'stirildi mikrobiota ning uy itlari.[22] Tadqiqotchilar bakteriyalarni 16s rRNA taqqoslashning taqqoslash usuli yordamida aniqladilar.[22] Xususan, ishlov beriladigan ozgina foiz X. azovorans ichida topilgan tish blyashka itlarning.[22]

X. azovorans da topilgan kompost - qadoqlangan biofiltr.[23] Biofiltr bilan ishlov berildi benzol - ifloslangan havo.[23] Bakteriya mikrobial vositalar yordamida aniqlandi aholi barmoq izlari usullar va PCR orqali populyatsiyada parchalarning navbatdagi ketma-ketligi.[23] Filtrdagi benzol miqdori oshgani sayin, etishtiriladigan bakteriyalar miqdori ham oshdi.[23] Bu aniqlandi hujayra plitalarini hisoblash va ribosomal intergenik oraliq analizatori (RISA).[23]

Ilovalar

Aerobik azoreduktazalar aerobik davolanishga katta hissa qo'shadi chiqindi suvlar tomonidan ranglangan azo bo'yoqlar.[24] Azo bo'yoqlar ekanligi aniqlandi ksenobiotik birikmalar biodegradatsiyani kechiktiradigan xususiyatlarga ega.[24] Ushbu muhim foydalanish tufayli azoreduktaza geni X. azovorans KF46F shtamminiT yordamida tozalangan yaqinlik xromatografiyasi usullari va PCR yordamida klonlangan.[24] Xususan, gen quyidagi azo bo'yoqlar bilan yuqori faollikka ega ekanligi aniqlandi: Apelsin kislotasi 7, 1- (2-Piridilazo) -2-naftol, Solvent apelsin 7 va Qizil kislota 88.[24] Tozalanmagan chiqindi suvlar, ularning roli tufayli inson populyatsiyasi uchun zararli bo'lishi mumkin mutagen faollik.[25] Tadqiqotlar katta daryo va a yaqinidagi azo bo'yoqlarni qayta ishlash zavodida o'tkazildi ichimlik suvini tozalash inshooti.[25] Azo bo'yoqlarni qayta ishlash zavodidan chiqadigan chiqindilarning 3 foizi minglab odamlarni suv bilan ta'minlaydigan daryoga tushib qolganligi aniqlandi.[25] Bu o'ta xavfli holat, chunki shunday taklif qilingan CYP450 tarkibidagi fermentlar inson ichagi azo bo'yoqlarni faollashtiring.[25] Shunga qaramay, ichakning zararlanishi bilan bir qatorda zararlanishi aniqlandi DNK yo'g'on ichak hujayralarida.[25] Boshqa tadqiqotlar, masalan Myslak tomonidan olib borilgan tadqiqotlar va boshq.[26], uzoq vaqt davomida azo bo'yoqlar ta'sirida bo'lgan rassomlar rivojlanganligini aniqladi qovuq saratoni.[25] Umuman olganda, ko'proq tadqiqotlar o'tkazilishi muhimdir X. azovorans parchalanish qobiliyati tufayli azoredukataza geni kimyoviy moddalar chiqindi suvda va ko'plab odamlarning rivojlanishiga yo'l qo'ymaslik uchun ichak kasalliklari.[24]

Adabiyotlar

  1. ^ Parte, A.C. "Ksenofil". LPSN.
  2. ^ "Xenophilus azovorans taxon pasporti - StrainInfo". www.straininfo.net.
  3. ^ "Ksenofilus azovorans". www.uniprot.org.
  4. ^ "Tafsilotlar: DSM-13620". www.dsmz.de.
  5. ^ a b v d e f g h men j k l m n o p q Blumel, Silke (2001). "Xenophilus azovorans gen. Nov., Sp. Nov., Ilgari to'q sariq II tipdagi bo'yoqlarni parchalashga qodir tuproq bakteriyasi".. Xalqaro sistematik va evolyutsion mikrobiologiya jurnali. 51 (Pt 5): 1831-1837. doi:10.1099/00207713-51-5-1831. PMID  11594616.
  6. ^ Blumel, Silke (2002). "Ksenofilus azovorans KF46F dan aerobik azoreduktaza uchun gen kodlashning molekulyar klonlash va tavsifi". Amaliy va atrof-muhit mikrobiologiyasi. 68 (8): 3948–3955. doi:10.1128 / AEM.68.8.3948-3955.2002. PMC  123998. PMID  12147495.
  7. ^ Kulla, Xans G.; Klauzener, Frantsiska; Meyer, Ulrix; Lüdeke, Barbara; Leyzinger, Tomas (1983-08-01). "Aromatik sulfo guruhlarining Orange I va Orange II azo bo'yoqlari mikrobial parchalanishiga aralashuvi". Mikrobiologiya arxivi. 135 (1): 1–7. doi:10.1007 / BF00419473. ISSN  0302-8933.
  8. ^ a b v d e f Kulla, H (1984). "Bo'yoqni buzadigan bakteriyalarning eksperimental evolyutsiyasi". Mikrobial ekologiyaning hozirgi istiqbollari: 663–667.
  9. ^ Volfgang, Lyudvig; Strunk, Oliver (2004). "ARB". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 32 (4): 1363–1371. doi:10.1093 / nar / gkh293. PMC  390282. PMID  14985472.
  10. ^ Gardan, L (2000). "Acidovorax anthurii sp. Nov., Antoryumning bakterial barg-dog'ini keltirib chiqaradigan yangi fitopatogen bakteriya". Xalqaro sistematik va evolyutsion mikrobiologiya jurnali. 50: 235–246. doi:10.1099/00207713-50-1-235. PMID  10826809.
  11. ^ a b Bayhan, Gulsum (2013). "Comamonas testosteroni: O'tkir Appenditsit bilan bog'liq bo'lgan odatiy bo'lmagan bakteriyalar". Balkan Medical Journal. 30 (4): 447–448. doi:10.5152 / balkanmedj.2013.9135. PMC  4115943. PMID  25207159.
  12. ^ WILLEMS, A .; BUSSE, J .; GOOR, M .; POT, B.; Falsen, E .; JANTZEN, E .; XOSTE, B .; GILLIS, M.; KERSTERS, K. ​​(1989). "Hydrogenophaga, vodorod oksidlovchi bakteriyalarning yangi turi, tarkibiga flava tarağı kiradi. Nov. (Avval Pseudomonas flava), Hydrogenophaga palleronii (sobiq Pseudomonas palleronii), Hydrogenophaga pseudoflava (Oldingi Pseudomonas pseudoflava and" Pseudomonas and "Pseudomonas and" Pseudomonas and Ilgari Pseudomonas taeniospiralis) ". Xalqaro sistematik va evolyutsion mikrobiologiya jurnali. 39 (3): 319–333. doi:10.1099/00207713-39-3-319.
  13. ^ a b v d e Kim, So-Jin (2010). "Xenophilus aerolatus sp. Nov., Havodan ajratilgan". Xalqaro sistematik va evolyutsion mikrobiologiya jurnali. 60 (2): 237–330. doi:10.1099 / ijs.0.013185-0. PMID  19651735.
  14. ^ Tsampalieros, Anne; Gooden, Marsha (2011). "Ksenofilus aerolatus peritonit olti yoshli bolada peritoneal diyalizni saqlashda" (PDF). Peritoneal dializdagi yutuqlar. 27: 45–47.
  15. ^ a b v d e f g h men j k l m n o p q r s Blümel, S; Busse, H J; Stolz, A; Kämpfer, P (2001). "Xenophilus azovorans gen. Nov., Sp. Nov., Apelsin II tipidagi azo bo'yoqlarni parchalashga qodir tuproq bakteriyasi".. Xalqaro sistematik va evolyutsion mikrobiologiya jurnali. 51 (5): 1831–1837. doi:10.1099/00207713-51-5-1831. PMID  11594616.
  16. ^ a b v d e f g h men j k Markovits, V. M.; Chen, I.-M. A .; Palaniappan, K .; Chu, K .; Szeto, E .; Grechkin, Y .; Ratner, A .; Jeykob, B .; Huang, J. (2012-01-01). "IMG: o'rnatilgan mikrobial genomlar bazasi va qiyosiy tahlil tizimi". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 40 (D1): D115-D122. doi:10.1093 / nar / gkr1044. ISSN  0305-1048. PMC  3245086. PMID  22194640.
  17. ^ Barton, B. M.; Harding, G. P .; Zuccarelli, A. J. (1995-04-10). "Katta plazmidlarni aniqlash va o'lchamlarini umumiy usuli". Analitik biokimyo. 226 (2): 235–240. doi:10.1006 / abio.1995.1220. ISSN  0003-2697. PMID  7793624.
  18. ^ Mesbax, M .; Whitman, W. B. (1989-10-06). "Murakkab aralashmalarda deoksiguanozin / timidin nisbatlarini DNKning mol foizini guanin + sitozinini aniqlash uchun yuqori samarali suyuqlik xromatografiyasi bilan o'lchash". Xromatografiya jurnali. 479 (2): 297–306. doi:10.1016 / s0021-9673 (01) 83344-6. PMID  2509507.
  19. ^ Tindall, BJ (1990-01-01). "Halobacterium lacusprofundi ning lipid tarkibi". FEMS Mikrobiologiya xatlari. 66 (1–3): 199–202. doi:10.1111 / j.1574-6968.1990.tb03996.x. ISSN  0378-1097.
  20. ^ Kämpfer, Piter; Shtef, Martin; Dott, Volfgang (1991-12-01). "Mazut bilan ifloslangan joyning mikrobiologik xarakteristikasi, shu jumladan geterotrof suv va tuproq bakteriyalarining raqamli identifikatsiyasi". Mikrobial ekologiya. 21 (1): 227–251. doi:10.1007 / bf02539156. ISSN  0095-3628. PMID  24194213.
  21. ^ Kim, So-Jin; Kim, Yi-Seul; Von, Hang-Yeon; Anandxem, Rangasami; Noh, Xyon-Jun; Kvon, Yaqinda Vo (2010). "Xenophilus aerolatus sp. Nov., Havodan ajratilgan". Xalqaro sistematik va evolyutsion mikrobiologiya jurnali. 60 (2): 327–330. doi:10.1099 / ijs.0.013185-0. PMID  19651735.
  22. ^ a b v Elliott, Devid R.; Uilson, Maykl; Bakli, Ketrin M. F.; Spratt, Devid A. (2005-11-01). "Uy itlarining etishtiriladigan og'zaki mikrobioti". Klinik mikrobiologiya jurnali. 43 (11): 5470–5476. doi:10.1128 / jcm.43.11.5470-5476.2005. ISSN  0095-1137. PMC  1287777. PMID  16272472.
  23. ^ a b v d e Borin, Sara; Marzorati, Massimo; Brusetti, Lorenso; Zilli, Mario; Cherif, Xene; Xassen, Abdennasur; Konverti, Attilio; Sorlini, Klaudiya; Daffonchio, Daniele (2006-03-01). "Benzol bilan ifloslangan havoni davolaydigan kompostli biofiltrdagi mikroblarning ketma-ketligi". Biologik parchalanish. 17 (2): 79–89. doi:10.1007 / s10532-005-7565-5. ISSN  0923-9820. PMID  16502043.
  24. ^ a b v d e Blümel, Silke; Nakkmuss, Xans-Yoaxim; Stolz, Andreas (2002-08-01). "Ksenofilus azovorans KF46F dan aerobik azoreduktaza uchun gen kodlashning molekulyar klonlash va tavsifi". Amaliy va atrof-muhit mikrobiologiyasi. 68 (8): 3948–3955. doi:10.1128 / AEM.68.8.3948-3955.2002. ISSN  0099-2240. PMC  123998. PMID  12147495.
  25. ^ a b v d e f Alves De Lima, Rodrigo Otavio; Bazo, Ana Paula; Salvadori, Daisy Mariya Favero; Rech, Selia Mariya; De Palma Oliveira, Danielle; De Aragao Umbuzeyro, Jizela (2007-01-10). "To'qimachilik azo bo'yoqlarni qayta ishlash zavodining chiqindi suvining mutagen va kanserogen potentsiali ichimlik suvi manbasiga ta'sir qiladi". Mutatsion tadqiqotlar / Genetik toksikologiya va atrof-muhit mutagenezi. 626 (1–2): 53–60. doi:10.1016 / j.mrgentox.2006.08.002. ISSN  1383-5718. PMID  17027325.
  26. ^ Myslak, Z. V.; Bolt, H. M .; Brokmann, V. (1991). "Rassomlarda siydik pufagi o'smalari: vaziyatni nazorat qilish". Amerika sanoat tibbiyoti jurnali. 19 (6): 705–713. doi:10.1002 / ajim.4700190604. ISSN  0271-3586. PMID  1882850.

Tashqi havolalar