MMP1 - MMP1

MMP1
Protein MMP1 PDB 1ayk.png
Mavjud tuzilmalar
PDBOrtholog qidiruvi: PDBe RCSB
Identifikatorlar
TaxalluslarMMP1, CLG, CLGN, matritsali metallopeptidaza 1
Tashqi identifikatorlarOMIM: 120353 MGI: 1933846 HomoloGene: 20544 Generkartalar: MMP1
Gen joylashuvi (odam)
Xromosoma 11 (odam)
Chr.Xromosoma 11 (odam)[1]
Xromosoma 11 (odam)
MMP1 uchun genomik joylashuv
MMP1 uchun genomik joylashuv
Band11q22.2Boshlang102,789,919 bp[1]
Oxiri102,798,160 bp[1]
RNK ekspressioni naqsh
Ps.Bng da PBB GE MMP1 204475
Qo'shimcha ma'lumotni ifodalash ma'lumotlari
Ortologlar
TurlarInsonSichqoncha
Entrez

4312

83995

Ansambl

ENSG00000196611

ENSMUSG00000043089

UniProt

P03956

Q9EPL5

RefSeq (mRNA)

NM_002421
NM_001145938

NM_032006

RefSeq (oqsil)

NP_001139410
NP_002412

NP_114395

Joylashuv (UCSC)Chr 11: 102.79 - 102.8 MbChr 9: 7.46 - 7.48 Mb
PubMed qidirmoq[3][4]
Vikidata
Insonni ko'rish / tahrirlashSichqonchani ko'rish / tahrirlash

Matritsali metalloproteinaza-1 (MMP-1) sifatida ham tanilgan interstitsial kollagenaza va fibroblast kollagenaza bu ferment odamlarda kodlanganligi MMP1 gen.[5][6][7] Ushbu gen MMP genlari klasterining bir qismidir, ular 11q22.3 xromosomalariga joylashadi.[5] MMP-1 oqsil sifatida bir hillikka qadar tozalangan va cDNA sifatida klonlangan birinchi umurtqali kollagenaza edi.[8][9]

Strukturaviy xususiyatlar

MMP-1 oldindan domen, pro-domen, katalitik domen, bog'lovchi mintaqadan va arxetipik tuzilishga ega. gemopeksin o'xshash domen.[10] MMP-1 ning asosiy tuzilishini birinchi bo'lib Goldberg, G I, va boshq.[9] Hozirgi vaqtda birlamchi tuzilish uchun ikkita asosiy nomenklatura qo'llanilmoqda, ulardan birinchisi birinchi aminokislota signal peptidi bilan boshlanadi, ikkinchisi esa birinchi aminokislota prodomaindan hisoblashni boshlaydi (proenzim nomenklaturasi).

Katalitik domen

MMPlarning katalitik domenlari juda o'xshash xususiyatlarga ega bo'lib, ularning diametri ~ 40 Å bo'lgan oblat ellipsoidning umumiy shakliga ega.[11] MMPlarning katalitik domenlarining o'xshashligiga qaramay, ushbu yozuv faqat MMP-1 katalitik domenining strukturaviy xususiyatlariga e'tibor qaratadi.

Umumiy tuzilish xususiyatlari

MMP-1 ning katalitik domeni beshta o'ta buralgan b-iplardan (sI-sV), uchta a-spiraldan (hA-hC) va jami sakkizta ilmoqdan iborat bo'lib, ular jami beshta metall ionlarini, uchta Ca ni o'z ichiga oladi.2+ va ikkita Zn2+, ulardan biri katalitik rolga ega.[12]

MMP-1 katalitik domeni (CAT) CAT domenining N-terminal tsiklining birinchi aminokislota sifatida F100 (kesilmagan CAT) bilan boshlanadi. CAT domenining birinchi nashr etilgan rentgen tuzilishi ushbu domenning qisqartirilgan shakli vakili bo'lib, u erda birinchi 7 ta aminokislotalar mavjud emas.[12]

Dastlabki tsikldan keyin ketma-ketliklar birinchi va eng uzun b-varaqqa (sI) to'g'ri keladi. Ikkinchi tsikl oqsil joyini uzunlamasına qamrab oladigan katta "amfipatik a-spiral" (hA) dan oldin. SII va sIII chiziqlar tegishli tsikllar bilan ajralib turadi, 4-tsikl odatda "qisqa halqa" sifatida belgilanadi, sII-sIII-ga ko'prik. SIII ipdan keyin ketma-ketlik peptid tuzilishi va katalitik faolligi uchun birinchi o'ringa ega bo'lgan "S shaklidagi qo'shaloq halqa" bilan to'qnashadi (qarang), chunki u yoriq tomonga "bo'rtma" tomon cho'zilib, yagona antiparallel g-ipga davom etadi. sIV, bu asosiy zanjir hosil qilib peptidli substratlar yoki ingibitorlarni bog'lash uchun juda muhimdir vodorod aloqasi. SIVdan keyin Gln186-Gly192 va b-strand sV oqsil tarkibidagi bir nechta metall ionlariga ko'plab ligandlar bilan qo'shilish uchun javobgardir (batafsil o'qing). Katta ochiq tsikl, MMPlar oilasida substratning o'ziga xosligi muhimligini isbotlagan sV-ni kuzatib boradi.[13] Kollagenolitik faollikni ifodalash uchun metalloproteinaza 1 matritsasining muhim segmenti sifatida ma'lum bir mintaqa (183) RWTNNFREY (191) aniqlandi.[14] CAT domenining C-terminal qismida "faol joy spirali" deb nomlanuvchi hB a-spiral "sink bog'lovchi konsensus ketma-ketligi" ning HEXXHXXGXXH qismini o'z ichiga oladi. Metzincin superfamily.[15][16] A-spiral hB domenning so'nggi tsikli boshlanadigan Gly225 da to'satdan tugaydi. Ushbu so'nggi tsiklda MMPlar oilasida eng qisqa bo'lgan "o'ziga xoslik davri" mavjud. Katalitik domen a-spiral hC bilan Gly261 da tugaydi.

Funktsiya

MMPlar buzilishida ishtirok etmoqda hujayradan tashqari matritsa normal fiziologik jarayonlarda, masalan, embrional rivojlanish, ko'payish va to'qimalarni qayta qurish, shuningdek artrit va metastaz kabi kasallik jarayonlarida. Xususan, MMP-1 interstitsialni buzadi kollagenlar, I, II va III turlari.

Matritsali metalloproteinaza induksiyasi 1 dyuym kalamush shox parda siprofloksatsin, ofloksatsin va levofloksatsin (b, c, d) bilan taqqoslaganda sun'iy ko'z yoshlar (a). Reviglio va boshq., 2003 y.

Tartibga solish

Mexanik kuch insonning periodontal ligament hujayralarida MMP1 ekspressionini oshirishi mumkin.[17]

O'zaro aloqalar

MMP1 ga ko'rsatildi o'zaro ta'sir qilish bilan CD49b.[18][19]

Adabiyotlar

  1. ^ a b v GRCh38: Ensembl relizi 89: ENSG00000196611 - Ansambl, 2017 yil may
  2. ^ a b v GRCm38: Ensembl relizi 89: ENSMUSG00000043089 - Ansambl, 2017 yil may
  3. ^ "Human PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.
  4. ^ "Sichqoncha PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.
  5. ^ a b EntrezGene 4312
  6. ^ Brinckerhoff CE, Ruby PL, Ostin SD, Fini ME, White HD (1987 yil fevral). "Odamning sinovial hujayra kollagenazini molekulyar klonlash va genomik DNKdan bitta genni tanlash". J. klinikasi. Investitsiya. 79 (2): 542–6. doi:10.1172 / JCI112845. PMC  424122. PMID  3027129.
  7. ^ Pendas AM, Santamariya I, Alvarez MV, Pritchard M, Lopes-Otin S (1996 yil oktyabr). "11q22.3 xromosomasida to'plangan inson matritsasi metalloproteinaza genlarining fizik xaritasini tuzish". Genomika. 37 (2): 266–8. doi:10.1006 / geno.1996.0557. PMID  8921407.
  8. ^ Gross J, Lapiere CM (iyun 1962). "Amfibiya to'qimalarida kollagenolitik faollik: to'qima madaniyatini tahlil qilish". Proc. Natl. Akad. Ilmiy ish. AQSH. 48 (6): 1014–22. doi:10.1073 / pnas.48.6.1014. PMC  220898. PMID  13902219.
  9. ^ a b Goldberg GI, Wilhelm SM, Kronberger A, Bauer EA, Grant GA, Eisen AZ (may 1986). "Inson fibroblast kollagenazasi. Onkogen transformatsiyasiga bog'liq bo'lgan kalamush oqsilining to'liq birlamchi tuzilishi va homologiyasi". J. Biol. Kimyoviy. 261 (14): 6600–5. PMID  3009463.
  10. ^ Li J, Brick P, O'Hare MC, Skarzinski T, Lloyd LF, Curry VA, Klark IM, Bigg HF, Hazleman BL, Cawston TE (iyun 1995). "To'liq cho'chqaning sinovial kollagenazining tuzilishida kaltsiy bilan bog'langan, to'rtta pichoqli beta-pervanni o'z ichiga olgan C-terminal domeni aniqlanadi". Tuzilishi. 3 (6): 541–9. doi:10.1016 / S0969-2126 (01) 00188-5. PMID  8590015.
  11. ^ Tallant C, Marrero A, Gomis-Rüth ​​FX (2010 yil yanvar). "Matritsali metalloproteinazlar: katlama va ularning katalitik domenlari funktsiyasi". Biokimyo. Biofiz. Acta. 1803 (1): 20–8. doi:10.1016 / j.bbamcr.2009.04.003. PMID  19374923.
  12. ^ a b Spurlino JC, Smallwood AM, Carlton DD, Banks TM, Vavra KJ, Johnson JS, Cook ER, Falvo J, Wahl RC, Pulvino TA (iyun 1994). "1.56 etuk kesilgan inson fibroblast kollagenaza tuzilishi". Oqsillar. 19 (2): 98–109. doi:10.1002 / prot.340190203. PMID  8090713. S2CID  23973090.
  13. ^ Maskos K, Bode V (2003 yil noyabr). "Matritsali metalloproteinazalar va metalloproteinazalarning to'qima inhibitörlerinin tuzilish asoslari". Mol. Biotexnol. 25 (3): 241–66. doi:10.1385 / MB: 25: 3: 241. PMID  14668538. S2CID  24110599.
  14. ^ Chung L, Shimokava K, Dinakarpandian D, Grams F, Fields GB, Nagase H (sentyabr 2000). "(183) RWTNNFREY (191) mintaqasini kollagenolitik faollikni ifodalash uchun metalloproteinaza 1 matritsasining muhim segmenti sifatida aniqlash". J. Biol. Kimyoviy. 275 (38): 29610–7. doi:10.1074 / jbc.M004039200. PMID  10871619.
  15. ^ Bode V, Gomis-Ryth FX, Stockler V (sentyabr 1993). "Astatsinlar, serralisinlar, ilon zahari va matritsali metalloproteinazalar bir xil rux bilan bog'lanish muhitini (HEXXHXXGXXH va Met-turn) namoyish etadi va ularni umumiy" metzintsinlar "oilasiga birlashtirish kerak.'". FEBS Lett. 331 (1–2): 134–40. doi:10.1016 / 0014-5793 (93) 80312-I. PMID  8405391. S2CID  27244239.
  16. ^ Stöcker V, Grams F, Baumann U, Reynemer P, Gomis-Ryth FX, McKay DB, Bode V (may 1995). "Metzintsinlar - astatsinlar, adamalizinlar, serralisinlar va matritsinlar (kollagenazalar) o'rtasidagi topologik va ketma-ket aloqalar sink-peptidazalarning superfamilasini belgilaydi". Protein ilmiy. 4 (5): 823–40. doi:10.1002 / pro.5560040502. PMC  2143131. PMID  7663339.
  17. ^ Xuang SF, Li YH, Ren YJ, Cao ZG, Long X (avgust 2008). "Matritsadagi metalloproteinaza-1 (MMP-1) promotoridagi bitta nukleotid polimorfizmining inson periodontal ligament hujayralarida kuch ta'sirida paydo bo'lgan MMP-1 ekspresiyasiga ta'siri". Yevro. J. Oral Sci. 116 (4): 319–23. doi:10.1111 / j.1600-0722.2008.00552.x. PMID  18705799.
  18. ^ Stricker TP, Dumin JA, Dikeson SK, Chung L, Nagase H, Parks WC, Santoro SA (avgust 2001). "Alfa (2) integralin I domeni / prokollagenaza-1 (matritsali metalloproteinaz-1) o'zaro ta'sirining strukturaviy tahlili". J. Biol. Kimyoviy. 276 (31): 29375–81. doi:10.1074 / jbc.M102217200. PMID  11359774.
  19. ^ Dyumin JA, Dikkson SK, Stricker TP, Bhattacharyya-Pakrasi M, Roby JD, Santoro SA, Parks WC (Avgust 2001). "Pro-kollagenaza-1 (matritsali metalloproteinaza-1) alfa (2) beta (1) integralni I turdagi kollagenga o'tuvchi keratinotsitlardan bo'shatilganda bog'laydi". J. Biol. Kimyoviy. 276 (31): 29368–74. doi:10.1074 / jbc.M104179200. PMID  11359786.

Qo'shimcha o'qish

Tashqi havolalar

  • The MEROPS peptidazalar va ularning inhibitorlari uchun onlayn ma'lumotlar bazasi: M10.001
  • Da mavjud bo'lgan barcha tarkibiy ma'lumotlarga umumiy nuqtai PDB uchun UniProt: P03956 (Interstitsial kollagenaza) da PDBe-KB.