Daftarlarni ochish - Open-notebook science

Daftarlarni ochish a-ning barcha asosiy yozuvlarini yaratish amaliyoti tadqiqot loyihasi yozilganidek, onlayn ravishda ommaga taqdim etiladi. Bu shaxsiy yoki laboratoriyani joylashtirishni o'z ichiga oladi daftar tadqiqotchining barcha xom va qayta ishlangan ma'lumotlari va har qanday tegishli materiallar bilan bir qatorda ushbu material yaratilganligi sababli onlayn ravishda. Ushbu yondashuvni "ichki ma'lumot yo'q" shiori bilan xulosa qilish mumkin. Bu mantiqiy haddan tashqari ning shaffof tadqiqotga yondashuvlar va aniq ravishda muvaffaqiyatsiz, unchalik ahamiyatli bo'lmagan va boshqacha tarzda nashr etilmagan tajribalarni amalga oshirishni o'z ichiga oladi; "qorong'u ma'lumotlar" deb nomlangan.[1] Ochiq daftarshunoslik amaliyoti, garchi akademik tadqiqotlari davomida yaqinda jamoatchilik e'tiborini qozondi[2][3] va umumiy[1][4] ommaviy axborot vositalari tadqiqot amaliyoti va nashriyotda yanada ochiq yondashuvlarga qaratilgan umumiy tendentsiyaning bir qismi sifatida. Shuning uchun ochiq daftar fanini targ'ib qilish va qabul qilishni o'z ichiga olgan kengroq ochiq ilmiy harakatning bir qismi sifatida tavsiflash mumkin ochiq kirish nashr, ochiq ma'lumotlar, kraudorsing ma'lumotlar va fuqarolik fani. Bu qisman muvaffaqiyatidan ilhomlangan ochiq manbali dasturiy ta'minot[5] va uning ko'plab g'oyalariga asoslanadi.

Tarix

"Ochiq daftar fanlari" atamasi[6] birinchi marta 2006 yilda blog postida ishlatilgan Jan-Klod Bredli, kimyo dotsenti Dreksel universiteti vaqtida. Bredli ochiq daftar haqidagi fanni quyidagicha ta'rifladi:[7]

... laboratoriya daftarining URL manzili mavjud bo'lib, u erkin foydalanish mumkin va umumiy qidiruv tizimlarida indekslangan. Bu qog'ozli daftarga o'xshash bo'lishi shart emas, ammo tadqiqotchilar xulosa qilishlari uchun mavjud bo'lgan barcha ma'lumotlar butun dunyoga bir xil darajada ega bo'lishi shart.

— Jan-Klod Bredli

Amaliyotchilar

Faol

Eksperimental (familiyasi bo'yicha alifbo)

"SGC-ning yangi tadqiqotchilar guruhi endi laboratoriya daftarlarini Internetda baham ko'rishmoqda".[11][12][13]

Nazariy

  • Tobias J. Osborne[22]
  • Karl Boettiger, ekologiya va evolyutsiyada nazariya va hisoblash modellashtirish.[23][24]
  • Dror Bar-Natan[25]
  • Andres G. Saravia,[26] fizika fanlari nomzodi talaba Cinvestav-Merida.
  • "Rephetio" loyihasini boshqargan Daniel Gemmelstayn - GitHub va Thinklab-dan real vaqtda ochiq daftarlarni o'rganish va hamkorlik qilish uchun foydalanilgan giyohvand moddalarni qayta tiklash bo'yicha tadqiqotlar.[27]

Arxivlangan (familiyasi bo'yicha alifbo)

  • Brigette Black[28]), fizika fanlari nomzodi Nyu-Meksiko Universitetining Koch laboratoriyasida talaba.
  • Jan-Klod Bredli[29]
  • Eremiyo Iymon[30]
  • Nadiezda Fernandez-Oropeza,[31] Biomedikal muhandislik fanlari nomzodi Nyu-Meksiko Universitetining Koch laboratoriyasida talaba.
  • Mayk Lourens
  • Linx Le,[32] Nyu-Meksiko Universitetining bakalavr fizikasi va Koch laboratoriyasining bitiruvchisi.
  • Endi Maloney,[33] Texas universiteti Smit laboratoriyasida doktorlikdan keyingi tadqiqotchi. Ph.D. Nyu-Meksiko Universitetining Koch laboratoriyasida (2011)[34][35]
  • Kameron Neylon[36]
  • Alejandro Tamayo[37]
  • Grippning kelib chiqishi va evolyutsiyasi[38]

Takroriy (ta'lim)

Qisman ochiq / pseudo-ochiq daftarlar

Bular an'anaviy laboratoriya daftarlariga qaraganda ochiqroq, ammo to'liq Open Notebook Science uchun asosiy tarkibiy qismga ega emas. Odatda daftar qisman o'rtoqlashadi yoki sezilarli kechikish bilan bo'lishiladi.[40]

  • Open Notebook Science Network [41] shaxsiy / laboratoriya daftarlarini yaratish va saqlash uchun foydalanishga mo'ljallangan WordPress blog tarmog'i. 2018 yil yanvar holatiga ko'ra, hozirda ushbu guruhning 126 faol a'zosi mavjud.[42]
  • Protokolpediya laboratoriya protokollarini almashish va saqlashga imkon beradi.
  • Ilmiy Mate foydalanuvchilarga kirish huquqlarini aniqlashga imkon beradi, ammo ochiq daftar vositasi sifatida foydalanish mumkin.
  • Vinod Skariya[43]
  • OpenWetWare (ko'plab laboratoriyalarga ega va har bir tadqiqot guruhiga tegishli ma'lumotlarni tanlab almashish imkonini beradi)
  • Kaleb Mors[44]
  • Gus Rozaniya[45]
  • Antoni Garrett Lisi[46]
  • Rozi Redfild,[47] Britaniya Kolumbiyasi Universitetining mikrobiologi; barcha natijalar muhokama qilingan, ammo eksperimental daftar oshkor qilinmagan.
  • Martin Jonson,[48] dengiz kimyogari Sharqiy Angliya universiteti.[49]
  • Greg Lang,[50] Princeton Universitetidagi Devid Botshteyn laboratoriyasida post doc.[51] - taxminan haftalik ravishda taqsimlanadi

Foyda

Ommaviy laboratoriya daftarchasi maqolalardagi dalillarni qo'llab-quvvatlash uchun ishlatiladigan eksperimentlarning aniq misollarini keltirishga qulaydir. Masalan, a optimallashtirish bo'yicha maqolada Ugi reaktsiyasi,[52][53] tavsiflashda mahsulotning uch xil partiyasidan foydalaniladi va har bir spektr har bir partiya ishlatilgan maxsus tajribaga murojaat qiladi: EXP099,[54] EXP203[55] va EXP206.[56] Keyinchalik bu asar nashr etilgan Vizual eksperimentlar jurnali,[57] yaxlitlik ma'lumotlarini namoyish etish isbotlash laboratoriya daftaridan yakuniy nashrga qadar, peer-review jurnalida saqlanishi mumkin.

Qo'shimcha malakasiz, Open Notebook Science tadqiqotlari asossiz kechiktirmasdan yoki filtrlanmasdan doimiy ravishda hisobot berilishini nazarda tutadi. Bu boshqalarga tadqiqotlarning aniq bir sohada yoki aniq bir tadqiqot guruhida qanday sodir bo'lishini aniq tushunishga imkon beradi. Bunday ma'lumotlar hamkorlar, bo'lajak talabalar yoki kelajakda ish beruvchilar uchun muhim bo'lishi mumkin. Tanlangan daftar sahifalariga kirishni ta'minlash yoki embargo muddatini kiritish ushbu kontekstdagi "Ochiq" atamasining ma'nosiga mos kelmaydi. Xatolarni tuzatishlar, muvaffaqiyatsiz tajribalar va noaniq natijalar haqida xabar berilmasa, tashqi kuzatuvchi ilm-fan qanday amalga oshirilayotganini aniq tushunishi mumkin bo'lmaydi. Pseudo kabi atamalar[58] yoki qisman[40] laboratoriya daftarlari ma'lumotlarini selektiv tarzda yoki sezilarli kechikish bilan almashish uchun saralash sifatida ishlatilgan.

Kamchiliklari

Ochiq daftar fanini qabul qilishga qarshi dalillar asosan fanning turli sohalarida turlicha ahamiyatga ega bo'lgan uchta toifaga bo'linadi. Ayniqsa, biologiya va tibbiyot olimlari tomonidan bildirilgan asosiy tashvish 'ma'lumotlar o'g'irlanishi "yoki" skoped qilinmoqda ". Tadqiqot guruhlarining o'g'irlash darajasi yoki boshqalarning natijalarini moslashtirish darajasi munozara mavzusi bo'lib qolayotgan bo'lsa-da, birinchi bo'lib nashr etmaslik qo'rquvi ko'p xatti-harakatlarni keltirib chiqaradi, ayniqsa ba'zi sohalarda. Bu mansab muvaffaqiyatining asosiy o'lchovi bo'lgan nashr etilgan ekspertlar maqolasida ushbu sohalarga e'tibor berish bilan bog'liq.

Ikkinchi dalil ochiq daftar ilm-faniga qarshi ilgari nashr etilganligi va buni imkonsiz qilishidir Patent natijalarini an'anaviy ravishda nashr etish qiyin peer ko'rib chiqildi adabiyot. Patentga kelsak, Internetda nashr etish aniq oshkor qilish sifatida tasniflanadi. Shu sababli, patentlarning qiymati va ushbu muammoni hal qiladigan yondashuvlar to'g'risida tortishuvlar bo'lishi mumkin bo'lsa-da, ochiq-oydin daftarlar fani patent muhofazasi kutilgan va kerakli natijalar bo'lgan tadqiqotlar uchun mos emasligi aniq. Taqriz qilingan adabiyotlarda nashr etilishiga nisbatan ish unchalik aniq emas. Ilmiy jurnallarning aksariyat noshirlari ilgari anjumanda yoki oldindan chop etish shaklida taqdim etilgan materiallarni qabul qilishadi. Ilgari ushbu shakllarda chop etilgan materiallarni qabul qilgan noshirlar, odatda, veb-nashrdagi ma'lumotlar, shu jumladan ochiq daftarlar haqidagi ma'lumotlar ushbu toifaga kirishini norasmiy ravishda ko'rsatib berishgan. Ochiq daftar loyihalari yuqori darajada muvaffaqiyatli nashr etildi ta'sir qiluvchi omil peer review jurnallar[59][60] ammo bu keng noshirlar bilan sinovdan o'tkazilmagan. Ushbu oldindan nashr etish shakllarini aniq chiqarib tashlagan noshirlar ilgari ochiq daftarda e'lon qilingan materiallarni qabul qilmasliklarini kutish mumkin.

Yakuniy dalil "ma'lumotlar to'foni" muammosiga tegishli. Agar ekspertlar tomonidan ko'rib chiqilgan adabiyotlarning hozirgi hajmi biron bir odamni boshqarish uchun juda katta bo'lsa, unda kimdir potentsial ravishda mavjud bo'lishi mumkin bo'lgan juda ko'p miqdordagi ko'rib chiqilmagan materiallarga qarshi kurashishni kutishi mumkin, ayniqsa, ba'zilari, ehtimol , sifatsiz bo'larmidi? Bunga bog'liq dalil - bu mening daftarim boshqalarga qiziq bo'lishi uchun juda aniq. Yuqori sifatli va dolzarb materialni qanday kashf etish masalasi - bu bog'liq masala. Ma'lumotlarni va metodik sifatni aniqlash va tasdiqlash masalasi jiddiy masala bo'lib, shubhasiz ochiq daftar fanidan tashqari dolzarb masaladir, ammo bu erda alohida muammo hisoblanadi.

Moliyalashtirish va homiylik

The Open Notebook Science Challenge,[61] endi suvsiz erituvchida eruvchanlik o'lchovlari to'g'risida hisobot berishga yo'naltirilgan bo'lib, homiylik oldi Submeta,[62] Tabiat[63] va Sigma-Aldrich.[64] 2008 yil dekabr oyida o'tkazilgan tanlovning o'nta g'oliblaridan biri Jenni Xeyl edi.[65]

Logotiplar

Logotiplardan birgalikda foydalanish shartlarini ko'rsatish uchun daftarlarda foydalanish mumkin. To'liq ochilgan daftarlar "barcha tarkib" va "darhol" kirish sifatida belgilanadi. Qisman ochiq daftarlar "tanlangan tarkib" va / yoki "kechiktirilgan" deb belgilanishi mumkin.[66]

Shuningdek qarang

Adabiyotlar

  1. ^ a b Muvaffaqiyatsiz ilmiy tajribalarning quyuq ma'lumotlarini ozod qilish, Goetz, T., Simli jurnali, 2007 yil 25 sentyabr
  2. ^ Sanderson, K; Neylon, C (2008 yil sentyabr). "Ko'rsatilgan ma'lumotlar". Tabiat. 455 (7211): 273. doi:10.1038 / 455273a. PMID  18800097.
  3. ^ Singh, S. (2008 yil aprel). "Ko'rsatilgan ma'lumotlar". Hujayra. 133 (2): 201–3. doi:10.1016 / j.cell.2008.04.003. PMID  18423188.
  4. ^ Uilyams, A. (2008). "Kimyo bo'yicha aloqa va hamkorlik uchun Internetga asoslangan vositalar". Bugungi kunda giyohvand moddalarni kashf etish. 13 (11–12): 502–506. doi:10.1016 / j.drudis.2008.03.015. PMID  18549976.
  5. ^ "Kimyo va muhandislik yangiliklari - kimyo, hayot fanlari va laboratoriya olamiga xizmat ko'rsatish".
  6. ^ Bredli, JK (2007). "Bloglar va Vikilar yordamida daftarlarni ochish". Tabiat. doi:10.1038 / npre.2007.39.1.
  7. ^ Bredli, Jan-Klod (2006 yil 26 sentyabr). "Open Notebook Science". Drexel CoAS elektron ta'lim.
  8. ^ "Ochiq fan: Toronto universiteti tadqiqotchilari laboratoriya yozuvlarini real vaqtda nashr etishadi". Toronto universiteti yangiliklari. Olingan 2018-01-21.
  9. ^ "Tadqiqotchi - bu ochiq kitob: birinchi bo'lib laboratoriya qaydlarini real vaqtda almashish". 2016 yil 26-fevral. Arxivlandi asl nusxasidan 2016 yil 6 martda. Olingan 6 mart 2016.
  10. ^ Resnik, Brayan (2016 yil 3 mart). "Ilm-fan juda yashirin va sust. Shuning uchun bu tadqiqotchi o'z ishini jonli ravishda bloglaydi". Vox.com. Arxivlandi asl nusxasidan 2016 yil 4 martda. Olingan 6 mart 2016.
  11. ^ "SGC-da" Extreme Open Science - SGC-ning yangi olimlari jamoasi endi laboratoriya daftarlarini onlayn ravishda baham ko'rishmoqda ". opennotebook.thesgc.org. Olingan 2018-01-26.
  12. ^ SGC kanali (2018-01-24), Veb-nashr: Ochiq laboratoriya daftarlari: Ekstremal ochiq ilmiy tashabbus 19 Yanvar 2018, olingan 2018-01-26
  13. ^ "SGC-da" Extreme Open Science "haqida. opennotebook.thesgc.org. Olingan 2018-01-26.
  14. ^ "Nikolas J. LaSortening ochiq ilmiy daftarchasi".
  15. ^ "Tamara Mayuri". fhs.mcmaster.ca. Olingan 2018-01-22.
  16. ^ ContentMine (2015-11-03), 2014 yilgi ma'ruza: Piter Murray-Rust tomonidan ochiq daftar ilmiy, olingan 2018-01-21
  17. ^ "IheartAnthony's Research".
  18. ^ "Ochiq manbali bezgak". Arxivlandi asl nusxasidan 2016 yil 13 martda. Olingan 7 may 2016.
  19. ^ "Bizning tajribamiz - Ochiq manbali bezgak". Arxivlandi asl nusxasidan 2016 yil 14 martda. Olingan 7 may 2016.
  20. ^ Todd, Metyu (2016 yil 7-may). "Ochiq manbalar giyohvand moddalarni tadqiq qilishdagi maxfiylikni yo'q qiladi". Ilmiy shou (Suhbat). Suhbatdosh Elis Uilyamson. Avstraliya teleradioeshittirish korporatsiyasi. Arxivlandi asl nusxasidan 2016 yil 7 mayda.
  21. ^ "ONSchallenge - tajribalar ro'yxati".
  22. ^ "Tobias J. Osbornning tadqiqot yozuvlari".
  23. ^ Karl Boettiger. "Laboratoriya daftarchasi".
  24. ^ "daftarga kirish".
  25. ^ "Dror Bar-Natan: AcademicPensieve".
  26. ^ "Tadqiqot mexanizmi - Andres".
  27. ^ Ximmelshteyn, Doniyor; Liza, Antuan; Xanxanian, Pouya; Bryuegman, Leo; Chen, Sabrina; Xadli, Dekter; Gessler, Krissi; Baranzini, Serxio; Yashil, Ari (2015). "Rephetio: hetnet-da repurpozitsiya [loyihasi]". Thinklab. doi:10.15363 / thinklab.4.
  28. ^ "Foydalanuvchi: Brigette D. Black / Notebook / Brigettes Notebook".
  29. ^ "UsefulChem - barcha reaktsiyalar".
  30. ^ daftar 2008 yil 15 aprelda arxivlangan
  31. ^ "Foydalanuvchi: Nadiezda Fernandez-Oropeza / Notebook / Notebook".
  32. ^ "Foydalanuvchi: Linh N Le / Notebook".
  33. ^ "Endi Maloney".
  34. ^ "Foydalanuvchi: Andy Maloney / Notebook / Andy Maloney laboratoriyasining daftarchasi / Mundarija / Mundarija".
  35. ^ "Foydalanuvchi: Andy Maloney / dissertatsiyaga kirish so'zi".
  36. ^ daftar
  37. ^ Meva kompyuter laboratoriyasi daftar, blog
  38. ^ "Molekulyar evolyutsiya, filogenetik va epidemiologiya".
  39. ^ "Physics307L".
  40. ^ a b Bredli, Jan-Klod Pseudo Open Notebook Science-ga sharhmi? Kvant Pontifikidan 2008 yil 27 iyun
  41. ^ "Open Notebook Science Network".
  42. ^ "A'zolar". Notebook Science Network-ni oching. 2014-07-18. Olingan 2018-01-26.
  43. ^ "daftar, kirish kerak". Arxivlandi asl nusxasi 2008-11-01 kunlari. Olingan 2020-04-25.
  44. ^ "Foydalanuvchi: Cmorse / Notebook / MediaWiki for Open Science".
  45. ^ daftar
  46. ^ "Deferentsial geometriya -".
  47. ^ "RRResearch".
  48. ^ daftar)
  49. ^ "Tanlangan tarkib, tezkor almashish". Arxivlandi asl nusxasi 2012-05-28 da. Olingan 2009-02-26.
  50. ^ "Lang laboratoriyasining veb-sayti".
  51. ^ "Barcha tarkib, kechiktirilgan almashish". Arxivlandi asl nusxasi 2012-05-28 da. Olingan 2009-02-26.
  52. ^ Bredli, Jan-Klod; Mirza, Xolid; Ouens, Kevin; Osborne, Tom va Uilyams, Antoni (2008 yil avgust). "Parallel sintez va avtomatlashtirilgan suyuqlik bilan ishlov berish yordamida Ugi reaktsiyasini optimallashtirish". Tabiat. doi:10.1038 / npre.2008.2237.1. hdl:10101 / npre.2008.2237.1.
  53. ^ "UsefulChem - paper03".
  54. ^ "UsefulChem - EXP099".
  55. ^ "UsefulChem - EXP203".
  56. ^ "UsefulChem - EXP206".
  57. ^ Bredli, Jan-Klod; Mirza, Xolid; Ouens, Kevin; Osborne, Tom va Uilyams, Antoni (2008 yil noyabr). "Parallel sintez va avtomatlashtirilgan suyuqlik bilan ishlov berish yordamida Ugi reaktsiyasini optimallashtirish". Vizual eksperimentlar jurnali (21): 942. doi:10.3791/942. PMC  2762777. PMID  19066532.
  58. ^ Bekon, Devid Pseudo Open Notebook Science? Kvant Pontifikidan 2008 yil 26 iyun
  59. ^ Vofl, Maykl; Zerden, Jan-Pol; de Gooijer, Xessi; Pouver, Kis; Olliaro, Piero; Todd, Metyu H. (19 sentyabr 2011). Geary, Timoti G. (tahrir). "Praziquantel qarori". PLOS tropik kasalliklarni e'tiborsiz qoldirdi. 5 (9): e1260. doi:10.1371 / journal.pntd.0001260. PMC  3176743. PMID  21949890.
  60. ^ Vofl, Maykl; Olliaro, Piero; Todd, Metyu H. (22 sentyabr 2011). "Ochiq fan - bu tadqiqot tezlashtiruvchisi". Tabiat kimyosi. 3 (10): 745–748. Bibcode:2011 yil NatCh ... 3..745W. doi:10.1038 / nchem.1149. PMID  21941234.
  61. ^ Open Notebook Science Challenge
  62. ^ "Foydali kimyo".
  63. ^ "Foydali kimyo".
  64. ^ "Foydali kimyo".
  65. ^ "Foydali kimyo".
  66. ^ Ochiq daftar ilmiy da'volar sahifasi