TEX9 - TEX9
| TEX9 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatorlar | |||||||||||||||||||||||||
| Taxalluslar | TEX9, moyaklar 9 ifodalangan | ||||||||||||||||||||||||
| Tashqi identifikatorlar | MGI: 1201610 HomoloGene: 32072 Generkartalar: TEX9 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortologlar | |||||||||||||||||||||||||
| Turlar | Inson | Sichqoncha | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ansambl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNA) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (oqsil) | |||||||||||||||||||||||||
| Joylashuv (UCSC) | Chr 15: 56.24 - 56.45 Mb | Chr 9: 72.45 - 72.49 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed qidirmoq | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Vikidata | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
Moyaklar bilan ifodalangan oqsil 9 a oqsil odamlarda TEX9 kodlanganligi gen. 391 uzunlikni kodlaydigan TEX9 aminokislota ikkitasini o'z ichiga olgan oqsil o'ralgan lasan mintaqalar.[5] Gen ko'plab turlarda saqlanadi va kodlaydi ortologik oqsillar eukarya, arxey va bir turi bakteriyalar.[6] TEX9 funktsiyasi hali to'liq tushunilmagan, ammo bunga ega bo'lish tavsiya etiladi ATP bilan bog'lanish imkoniyatlar.[5]
Gen
Lokus
TEX9 15q21.3 da joylashgan va 18 ga ega exons.[5] Biroq, ba'zi exonslar bir-birining ustiga chiqadi; Shuning uchun, faqat 13 ta ajralib turadigan ekzonlar mavjud inson genomi.[7] TEX9 sezgirlik va 56,365,573 bazasidan 56,428,441 gacha. TEX9 genlar mahallasida joylashgan CD24P2, RFX7, MNS1 va HMGB1P33.[5][8]
Transkripsiyani tartibga solish
The targ'ibotchi TEX9 uchun GXP_7531542 bo'lgan 19 ta qo'llab-quvvatlovchi transkriptlar yordamida aniqlandi, bu 56 x64.254 poydevordan 56 x65775 tagacha 15-xromosoma zanjiri.[9] Bir qator transkripsiya omillari bilan matritsaning o'xshashligi tartibga solinishi taxmin qilingan 0,780 dan katta yoki teng transkripsiya TEX9 ning tegishli qismlari bilan quyida keltirilgan majburiy sayt:
| Transkripsiya omili | Majburiy sayt | Strand |
|---|---|---|
| Estrogen ta'sir elementlari (ER alfa) | ATTGGTCAGGCTGGTCTTG | + |
| Retinoid retseptorlari bilan bog'liq moyaklar bilan bog'liq retseptorlari | CCGACCAGAACTTGAGGGT va TTGTAATTCAAGGTCATAA | - va + |
| Saraton kasalligida gipermetilatlangan 1 | CTCTGCCCAGCCT va CTTCACCCGTGAT | + va - |
| T-box TF TBX21, dimerik bog'lanish joyi | TACTGCTTTTGGTGTCATATCTAAG | + |
| Sine oculis homeobox homolog 4 | CTTTTGGTGTCATAT | + |
| Ekotrop virusli integratsiya uchastkasi 1 kodlangan omil, aminokerminal sink barmoq domeni | AAAACCACAGTATAGAT | - |
| Estrogen bilan bog'liq retseptorlari alfa | GAATTGTAATTCAAGGTCATAAA va AGTGATTTGCCCAAGG / CCATATA | + va + |
| X, 4 tartibga soluvchi omil | TTAGGTCTTTGATACATT va AGCCATTGGCGCAGCGTCA | + va - |
| Qalqonsimon bez gormoni retseptorlari, beta | TCGAGGATTCAAATCCAGAAACT va CTGGTATGTAGTATAGTGCCA | - va - |
| Homeodomain protein NKX3.2 | ACTGTGAAGTGGGCACTAT | + |
| Lentivirus LTR TATA qutisi | CCATATAACTGGTAAGT | + |
| Cdx-2 sutemizuvchilarning kaudal bilan bog'liq ichak TF | GTTCCGGTATATTGACCAT | - |
| GA bog'lovchi protein TF, alfa | CTCTCGCGGGAAGATGCGTCG | + |
| Olfaktor neyronga xos omil | ACCTTTGAGAGCGCCCTTCTACG | - |
| Buyrak bilan boyitilgan kruppelga o'xshash omil | GAAGATGGCGGGGCGAAGT | + |
Ifoda
Ning ifodasi TEX9 eng yuqori moyak, undan keyin qalqonsimon bez, o'n ikki barmoqli ichak va buyrak, garchi boshqa to'qimalar TEX9ni ifodalaganligi ko'rsatilgan.[5] TEX9 sitoplazmasi yoki yadrosida subcellular lokalizatsiyaga ega bo'lishi kutilmoqda.[10]
mRNA
Isoform 1 ning xususiyatlari
Isoform TEX9 ning 1-qismida a 5 'UTR 27 ta asosiy juftlik mintaqasi va a 3 'UTR 356 tayanch juftlik mintaqasi.[11] Stenogramma 1559 taglik juftlikdan iborat.[12]
Qo'shimcha Birlamchi ketma-ketlik va variantlar (Isoforms)
TEX9 ning kamroq tarqalgan izoformalariga izoformalar kiradi: 2, X1, X2, X3, X4, X5 va X6.[5]
Oqsil
Nazariy molekulyar og'irlik 391 aminokislotali TEX9 oqsilining 45kDa va nazariy pI 6 ga teng.[13] Ammo eksperimental molekulyar og'irligi ~ 55kDa ekanligi ko'rsatilgan.[14]
Domenlar, motivlar va Ikkilamchi tuzilish
Eng aniq domenlar TEX9 da 32-59 va 194-351 aminokislotalarni o'z ichiga olgan ikkita o'ralgan spiral mintaqalar mavjud.[15] Protein tarkibidagi takrorlanadigan domenlarga ALEE (34-37 va 302-305) va EKYK (251-254 va 307-310) kiradi.[16] TEX9-da yana ko'p narsalar mavjud glutamat, lizin va glutamin qoldiqlar va kamroq glitsin odatdagi odam oqsiliga nisbatan qoldiqlar.[16]
Tarjimadan keyingi o'zgartirishlar
TEX9 ko'rsatildi fosforillangan tirozin (Y) qoldiqlarida 85 va 264 va a ga ega hamma joyda o'xshashlik 159 da lizin (K) qoldig'idagi joy.[12] Boshqa bir qancha fosforillanish borligi taxmin qilinmoqda, glikatsiya, 0-beta-GlcNAc va SUMO oqsil biriktiriladigan joylar.[17][18][19][20]
Uchinchi darajali tuzilish
TEX9 ning ikkita o'ralgan spirali mintaqalari uchinchi darajali tuzilmani tashkil qiladi va Phyre2-dan taxmin qilingan struktura yordamida ingl.[10] Tuzilishda ma'lum bo'lgan ikkita fosforillangan joy va bitta hamma joyda joylashgan joy ko'rsatilgan.
To‘rtlamchi davr tuzilishi va oqsillarning o'zaro ta'siri
TEX9 eksperimental ravishda o'zaro ta'sirga ega ekanligi aniqlandi o'ralgan lasan tarkibida 112 (CCDC112), xromosoma 20 ochiq o'qish ramkasi 112 (C20orf112) va nukleolar oqsil 4 (NOL4 ).[21] Matnni maydalash TEX9 bilan ham o'zaro aloqada bo'lishni taklif qildi hid retseptorlari, 4 oilasi, C oilasi, 3 a'zosi, hidli retseptorlari (OR4C3 ).[21] Boshqa o'zaro ta'sirlarga inson genlarining gen mahsulotlari kiradi NOL4-2 (noma'lum joyda), GOGA2 (cis- daGolgi tarmoq membranasi, milning qutbi sitoskelet va ER-Golgi oraliq bo'linma membranasi), va KDM1A (ichida yadro ).[13] TEX9 o'rtasidagi yana bir taklif qilingan o'zaro ta'sir, molekulyar og'irligi 11kDa bo'lgan SUMO oqsiliga qo'shilishni o'z ichiga oladi.[20] TEX9 ning amalga oshirilgan MW 55kDa, ammo nazariy MW 45kDa ni tashkil qiladi, bu o'zaro ta'sirni isbotlaydi.[22]
Gomologiya va evolyutsiya
Paraloglar
Yo'q paraloglar odamlarda TEX9.[23]
Ortologlar
TEX9 bor gomologlar 260 dan ortiq boshqa organizmlarda, shu jumladan umurtqali hayvonlar, umurtqasizlar, arxey va bir turi bakteriyalar.[5] TEX9 quruqlikdagi o'simliklardan tashqari barcha organizmlarning qatlamlarida topilgan.[23]
| Turlarning turlari | Umumiy ism | Taksonomik guruh | Turli xillik (MYA) | Kirish raqami | Seq. Uzunlik (aa) | To'g'ri. HPga ID (%) | To'g'ri. Sim. HP ga (%) |
| Homo sapiens | Inson | Gominini | 0 | NP_940926.1 | 391 | 100 | 100 |
| Pan paniskus | Bonobo | Primate | 6.65 | XP_008951441.1 | 391 | 99 | 99 |
| Loxodonta africana | Afrikalik buta / savanna fili | Sutemizuvchi | 105 | XP_010596294.1 | 391 | 83 | 90 |
| Apteryx rowi | Okarito (jigarrang) kivi | Qush | 312 | XP_025916696.1 | 422 | 61 | 74 |
| Gekko japonicus | Gekkoni chaqirish | Sudralib yuruvchi | 312 | XP_015264647.1 | 359 | 49 | 63 |
| Ksenopus laevis | Afrika tirnoqli qurbaqa | Amfibiya | 352 | XP_018108534.1 | 434 | 60 | 76 |
| Astyanax meksikanusi | Meksika tetra / ko'r g'or baliqlari | Suyakli baliq | 432 | XP_007244936.2 | 394 | 51 | 68 |
| Apostichopus japonicus | Yapon (tikanli) dengiz bodringi | Ekinodermata | 684 | PIK45906.1 | 404 | 43 | 56 |
| Capitella teleta | Kapitella | Annelida | 797 | ELT92672.1 | 257 | 34 | 45 |
| Anoplofora glabripennis | Osiyo uzun shoxli qo'ng'izi | Molluska | 797 | XP_018561745.1 | 259 | 18 | 31 |
| Pocillopora damicornis | Gulkaram (dantelli) mercan | Knidariya | 824 | XP_027039795.1 | 387 | 42 | 60 |
| Clonorchis sinensis | Xitoy jigar jigarlari | Platyhelminthes | 824 | RJW72461.1 | 952 | 27 | 41 |
| Echinococcus multilocularis | Exinokokk | Platyhelminthes | 824 | CDS43228.1 | 299 | 18 | 33 |
| Trichoplax sp. H2 | Trichoplax | Plakozoa | 948 | RDD37208.1 | 451 | 30 | 44 |
| Amfimedon queenslandica | Amfimedon | Porifera | 951.8 | XP_003384031.2 | 339 | 27 | 41 |
| Spizellomyces punktatus DAOM BR117 | Spizellomitsalar | Chitrid (qo'ziqorinlar) | 1105 | XP_016611327.1 | 373 | 31 | 52 |
| Planoprotostelium fungivorum | Planoprotostelium | Amebozoa (protist) | 1480 | PRP73397.1 | 373 | 12 | 18 |
| Klebsormidium nitenslari | Klebsormidium | Charofit (yashil suv o'tlari) | 1496 | GAQ91967.1 | 345 | 29 | 45 |
| Hondaea fermentalgiana | Hondaea | Stramenopillar (protist) | 1768 | GBG25987.1 | 379 | 22 | 35 |
| Kamamonlar ATCC 50062-ni ushlab turadi | Kamonalar | Apusozoa (protist) | 2101 | XP_013753981.1 | 324 | 13 | 23 |
| Chlamydia trachomatis | Xlamidiya | Bakteriyalar | 4290 | CPS19605.1 | 72 | 14 | 14 |
TEX9 uchun nisbiy o'zgarish tezligi nisbatan sekin fibrinogen va beta-globin, lekin u qadar sekin emas sitoxrom v.[24]
Gomologik domenlar
Odamlar va boshqa organizmlar orasida eng ko'p saqlanib qolgan TEX9 ketma-ketligi ikkita aminokislotalar umurtqali hayvonlar, umurtqasizlar va mikroorganizmlarda saqlanadigan ikkita o'ralgan spiral mintaqada joylashgan. Bakterial ortolog umurtqasizlarga yoki mikroorganizmlarga qaraganda umurtqali hayvonlar bilan ko'proq o'xshashdir.
Filogeniya
TEX9 ning barcha ortologlari, topilgan gendan tashqari, bir xil umumiy ajdoddan olingan Xlamidiya, bu odamdan bakteriyaga o'tgan deb o'ylashadi.[25]
Klinik ahamiyati
Patologiya
Hech qanday kasallik TEX9 bilan to'g'ridan-to'g'ri bog'liqligi isbotlanmagan, ammo ba'zi bir korrelyatsiyalar topilgan estrogen retseptorlari nokdaun va TEX9 ifodasini oshirdi[26] shu qatorda; shu bilan birga kolorektal saraton TEX9 ekspressioni pasaygan hujayralar.[27]
Kasallik assotsiatsiyasi
Ning qisqartirilgan ifodasi TEX9 o'sishni kuchaytirishi ko'rsatilgan immunokompetent sichqonlar, lekin ichkarida emas immunitet tanqisligi sichqonlar.[28] Ushbu natija TEX9 ning a sifatida ishlashi mumkinligini ko'rsatdi o'simta antijeni ba'zi o'smalarda. TEX9 oqsilining mutatsiyalari ma'lum saraton kasalliklaridan olingan o'smalarning 1-2 foizida, shu jumladan topilgan endometrial, bosh va bo'yin, kolorektal va skuamoz o'pka.[29]
Adabiyotlar
- ^ a b v GRCh38: Ensembl relizi 89: ENSG00000151575 - Ansambl, 2017 yil may
- ^ a b v GRCm38: Ensembl relizi 89: ENSMUSG00000090626 - Ansambl, 2017 yil may
- ^ "Human PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.
- ^ "Sichqoncha PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.
- ^ a b v d e f g "TEX9 testisida 9 ta ifodalangan [Homo sapiens (odam)] - Gen - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Olingan 2019-02-08.
- ^ "BLAST: Mahalliy tekislash bo'yicha asosiy qidiruv vositasi". blast.ncbi.nlm.nih.gov. Olingan 2019-02-25.
- ^ "Foydalanuvchi ketma-ketligi va Genomik". genome.ucsc.edu. Olingan 2019-02-25.
- ^ "Insonni BLAT qidiruvi". genome.ucsc.edu. Olingan 2019-04-21.
- ^ "Genomatix: Kirish sahifasi". www.genomatix.de. Olingan 2019-05-05.
- ^ a b v "TEX9_____ ning phyre 2-ni c1ciiA_ bilan tekislashi". www.sbg.bio.ic.ac.uk. Olingan 2019-05-05.
- ^ "Ketma-ket yordam dasturlari". www.bioline.com. Olingan 2019-05-05.
- ^ a b "moyak bilan ifodalangan oqsil 9 izoform 1 [Homo sapiens] - Protein - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov. Olingan 2019-02-08.
- ^ a b "TEX9 - moyak bilan ifodalangan oqsil 9 - Homo sapiens (Inson) - TEX9 geni va oqsili". www.uniprot.org. Olingan 2019-02-08.
- ^ "TEX9 - Antikorlar - Inson oqsil atlasi". www.proteinatlas.org. Olingan 2019-05-05.
- ^ "COILS Server". embnet.vital-it.ch. Olingan 2019-04-21.
- ^ a b "SAPS
. www.ebi.ac.uk. Olingan 2019-04-21. - ^ "NetPhos 3.1 Server". www.cbs.dtu.dk. Olingan 2019-05-05.
- ^ "YinOYang 1.2 Server". www.cbs.dtu.dk. Olingan 2019-05-05.
- ^ "NetGlycate 1.0 Server". www.cbs.dtu.dk. Olingan 2019-05-05.
- ^ a b "SUMOplot ™ tahlil dasturi | Abgent". www.abgent.com. Olingan 2019-05-05.
- ^ a b "TEX9 oqsili (inson) - STRING o'zaro ta'sir tarmog'i". version-10-5.string-db.org. Olingan 2019-02-08.
- ^ "SUMO bashorati". Olingan 20 aprel 2019.
- ^ a b "Protein BLAST: oqsil so'rovi yordamida oqsillar bazalarini qidirish". blast.ncbi.nlm.nih.gov. Olingan 2019-04-21.
- ^ "TimeTree :: Hayotiy vaqt jadvali". timetree.org. Olingan 2019-05-05.
- ^ "Bakteriyalar va odamlar DNKni ming yilliklarga almashtirmoqdalar". The Scientist Magazine®. Olingan 2019-05-05.
- ^ "GDS4061 / 243198_at". www.ncbi.nlm.nih.gov. Olingan 2019-04-21.
- ^ "GDS4511 / 243198_at". www.ncbi.nlm.nih.gov. Olingan 2019-04-21.
- ^ Shuptrine CW, Ajina R, Fertig EJ, Jablonski SA, Kim Lyerly H, Hartman ZC, Weiner LM (dekabr 2017). "Sichqonlardagi in vivo jonli funktsional skrining yondashuvi immunitetni rad etishning o'sma hujayralari asosidagi yangi regulyatorlarini aniqlaydi". Saraton kasalligi immunologiyasi, immunoterapiya. 66 (12): 1529–1544. doi:10.1007 / s00262-017-2047-2. PMC 5854209. PMID 28770278.
- ^ "TEX9 (odam)". www.phosphosite.org. Olingan 2019-02-08.