JARID1B - JARID1B

KDM5B
Mavjud tuzilmalar
PDB	Ortholog qidiruvi: PDBe RCSB
PDB id kodlari ro'yxati
	2MA5, 2MNY, 2MNZ, 5A1F, 5A3N, 5A3P, 5A3T, 5A3W, 5FPL, 5FPU, 5FV3, 5FZ6, 5FUP, 5QIZIQ, 5FZK, 5FYZ, 5FZ7, 5FZ9, 5FYU, 5FZB, 5FZC, 5FYT, 5FZ0, 5FYY, 5FZ1, 5FZ3, 5FZL, 5FZA, 5FZ4
Identifikatorlar
Taxalluslar	KDM5B, CT31, JARID1B, PLU-1, PLU1, PPP1R98, PUT1, RBBP2H1A, RBP2-H1, lizin demetilaza 5B, MRT65
Tashqi identifikatorlar	OMIM: 605393 MGI: 1922855 HomoloGene: 48448 Generkartalar: KDM5B
Gen joylashuvi (odam)
Chr.	Xromosoma 1 (odam)
Oxiri	202,808,487 bp
Gen joylashuvi (Sichqoncha)
Chr.	Xromosoma 1 (sichqoncha)
Oxiri	134,635,285 bp
RNK ekspressioni naqsh
	; ; ; ;
	Qo'shimcha ma'lumotni ifodalash ma'lumotlari
Gen ontologiyasi
Molekulyar funktsiya	• DNK bilan bog'lanish; • giston demetilaza faolligi (o'ziga xos H3-dimetil-K4); • GO: 0001106 transkripsiyasi korepressor faoliyati; • GO: 0001131, GO: 0001151, GO: 0001130, GO: 0001204 DNK bilan bog'laydigan transkripsiya omilining faolligi; • dioksigenaza faolligi; • metall ionlari bilan bog'lanish; • GO: 0001948 oqsil bilan bog'lanish; • oksidoreduktaza faolligi; • giston demetilaza faolligi; • giston demetilaza faolligi (o'ziga xos H3-trimetil-K4); • ketma-ketlikka xos bo'lgan ikki zanjirli DNKning bog'lanishi; • histon demetilaza faolligi (o'ziga xos H3-K4); • histonni bog'lash; • rux ioni bilan bog'lash; • GO: 0001200, GO: 0001133, GO: 0001201 DNK bilan bog'laydigan transkripsiya omilining faolligi, RNK polimeraza II ga xos; • GO: 0001078, GO: 0001214, GO: 0001206 DNK bilan bog'langan transkripsiya repressor faoliyati, RNK polimeraza II ga xos; • xromatin bilan bog'lanish; • metil qilingan gistonni bog'lash;
Uyali komponent	• nukleoplazma; • hujayra yadrosi; • sitozol; • giston metiltransferaza kompleksi;
Biologik jarayon	• fungitsidga javob; • sut bezlari epiteliya hujayralarining ko'payishini ijobiy tartibga solish; • transkripsiyani tartibga solish, DNK-andozalari; • sut bezlari kanali morfogenezida ishtirok etadigan dallanma; • bachadon morfogenezi; • ritmik jarayon; • estradiol sekretsiyasini tartibga solish; • embriondan keyingi rivojlanish; • fibroblast o'sish omilining stimuliga uyali javob; • transkripsiya, DNK-andozali; • bitta o'g'itlash; • sut bezi kanali terminali tugunchasining o'sishi; • gen ekspressionining ijobiy regulyatsiyasi; • optikasi tola hujayralarining farqlanishi; • transkripsiyaning salbiy regulyatsiyasi, DNK-andozalari; • oksidlanish-qaytarilish jarayoni; • histon H3-K4 demetilatsiyasi, trimetil-H3-K4 ga xos; • RNK polimeraza II promotoridan transkripsiyani tartibga solish; • histon H3-K4 demetilatsiyasi; • leykemiya inhibitori omiliga uyali javob; • xromatin moddasi; • RNK polimeraza II promotoridan transkripsiyaning salbiy regulyatsiyasi; • xromatinni qayta qurish;
	Manbalar:Amigo / QuickGO
Ortologlar
	10765
	75605
	ENSG00000117139
	ENSMUSG00000042207
	Q9UGL1
	Q80Y84
	NM_001314042; NM_006618; NM_001347591
	NM_152895
	NP_001300971; NP_001334520; NP_006609
	NP_690855
	Vikidata
Insonni ko'rish / tahrirlash	Sichqonchani ko'rish / tahrirlash

Lizinga xos demetilaza 5B shuningdek, nomi bilan tanilgan histon demetilaza JARID1B a demetilaza ferment odamlarda kodlanganligi KDM5B gen.^[5]^[6]^[7] JARID1B ga tegishli alfa-ketoglutaratga bog'liq gidroksilaza superfamily.

Funktsiya

Jarid1B (KDM5B yoki PLU1 deb ham ataladi) JHDM genlari oilasida. Ular 3 va 4-giston pozitsiyasida tri-va-metilatlangan lizinlarni demetilatsiyalash uchun javobgardir (H3K4me3 va H3K4me2). Jarid1B - KDM5 subfamilasining bir qismi bo'lgan multidomenli ferment. Butun Jarid1 oilasi H3K4 giston demetilaza faolligiga ega bo'lgan oqsillar oilasidir.^[8]

Jarid1B prostata, ko'krak va teri saratoni rivojlanishida ishtirok etgan va melanomani saqlab qolish bilan bog'liq. Nokaut qilingan sichqonlar (Jarid1b - / -) yangi tug'ilgan chaqaloqlarda hayotga yaroqlidir. Ushbu sichqonlar erta o'lim fenotipini, ayol sichqonlarda tug'ilishning pasayishini, tana vaznining pasayishini va sut bezlari rivojlanishining buzilishini namoyish etadi. Shuningdek, u qon zardobidagi estrogen darajasini pasayishiga ta'sir qildi va balog'at yoshining dastlabki bosqichlarida sutemizuvchi epiteliya hujayralarining ko'payishini kamaytirdi. Ushbu Jarid1b - / - sichqonlari sut bezlari rivojlanishining ko'plab regulyatorlarida, masalan, FOXA1 va estrogen retseptorlari a kabi juda ta'sirlangan ko'rinadi.^[9] Ammo boshqalar, Jarid1B nokautli embrionlari odatda nafas olish tizimining ishlamay qolishi sababli yangi tug'ilgan chaqaloqlarda o'limga olib kelishini ko'rsatdi. Nokautli embrionlarda bir nechta turli xil asab nuqsonlari borligi aniqlandi, shu jumladan: kranial nervlarning uyushmaganligi, ekzensefaliya ko'payishi va ko'zning rivojlanishidagi nuqsonlar.^[10]

O'zaro aloqalar

JARID1B ko'rsatildi o'zaro ta'sir qilish bilan FOXG1^[11] va PAX9.^[11]

Adabiyotlar

^ ^a ^b ^v GRCh38: Ensembl relizi 89: ENSG00000117139 - Ansambl, 2017 yil may
^ ^a ^b ^v GRCm38: Ensembl relizi 89: ENSMUSG00000042207 - Ansambl, 2017 yil may
^ "Human PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.
^ "Sichqoncha PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.
^ Lahoud MH, Ristevski S, Venter DJ, Jermiin LS, Bertonchelo I, Zavarsek S, Xasthorpe S, Drago J, de Kretser D, Xertzog PJ, Kola I (avgust 2001). "ARID sinfiga mansub DNK bilan bog'langan yangi protein Desrtning genga yo'naltirilganligi reproduktiv organlarning o'sishining sustlashishiga va g'ayritabiiy rivojlanishiga sabab bo'ladi". Genom tadqiqotlari. 11 (8): 1327–34. doi:10.1101 / gr.168801. PMID 11483573.
^ Zhu L, Xu J, Lin D, Uitson R, Itakura K, Chen Y (avgust 2001). "Mrf-2 DNK bilan bog'lanish domenining dinamikasi va DNK bilan kompleks holda". Biokimyo. 40 (31): 9142–50. doi:10.1021 / bi010476a. PMID 11478881.
^ "Entrez Gen: JARID1B jumonji, AT 1B boy interaktiv domen".
^ Kristensen LH, Nielsen AL, Helgstrand C, Lees M, Cloos P, Kastrup JS, Helin K, Olsen L, Gajhede M (iyun 2012). "KDM5B / Jarid1B / PLU1 tomonidan H3K4me3 demetilatsiyasini o'rganish in vitro kuchli substrat tanishini aniqlaydi va 2,4-piridin-dikarboksilik kislotani in vitro va hujayra inhibitori sifatida aniqlaydi". FEBS jurnali. 279 (11): 1905–14. doi:10.1111 / j.1742-4658.2012.08567.x. PMID 22420752.
^ Zou MR, Cao J, Liu Z, Huh SJ, Polyak K, Yan Q (iyun 2014). "Histon demetilaza jumonji ATga boy bo'lgan 1B (JARID1B) interfaol domeni (JARID1B) rivojlanish va nasl-nasabning asosiy genlarini tartibga solish orqali sut bezlari rivojlanishini boshqaradi". Biologik kimyo jurnali. 289 (25): 17620–33. doi:10.1074 / jbc.M114.570853. PMC 4067197. PMID 24802759.
^ Albert M, Shmitz SU, Kooistra SM, Malatesta M, Morales Torres S, Rekling JK, Yoxansen QK, Abarrategui I, Helin K (aprel 2013). "Jarid1b histon demetilazasi rivojlanish genlarini buzilgan H3K4me3 dan himoya qilib, sichqonchaning ishonchli rivojlanishini ta'minlaydi". PLOS Genetika. 9 (4): e1003461. doi:10.1371 / journal.pgen.1003461. PMC 3630093. PMID 23637629.
^ ^a ^b Tan K, Shou AL, Madsen B, Jensen K, Teylor-Papadimitriou J, Freemont PS (iyun 2003). "Human PLU-1 transkripsiyaviy repressiya xususiyatiga ega va rivojlanish transkripsiyasi omillari BF-1 va PAX9 bilan o'zaro ta'sir qiladi". Biologik kimyo jurnali. 278 (23): 20507–13. doi:10.1074 / jbc.M301994200. PMID 12657635.

Qo'shimcha o'qish

Lu PJ, Sundquist K, Baeckstrom D, Poulsom R, Xanbi A, Meier-Ewert S, Jones T, Mitchell M, Pitha-Rowe P, Freemont P, Taylor-Papadimitriou J (may 1999). "Ko'krak bezi saratonida yuqori konservatsiyalangan taxminiy DNK / xromatinni bog'laydigan motiflarni o'z ichiga olgan yangi gen (PLU-1)". Biologik kimyo jurnali. 274 (22): 15633–45. doi:10.1074 / jbc.274.22.15633. PMID 10336460.
Kashuba V, Protopopov A, Podovski R, Gizatullin R, Li J, Klein G, Vahlestedt C, Zabarovskiy E (iyun 2000). "Yangi inson retinoblastomasini bog'laydigan oqsil 2 homolog 1a (RBBP2H1A) ning izolatsiyasi va xromosomal lokalizatsiyasi". Evropa inson genetikasi jurnali. 8 (6): 407–13. doi:10.1038 / sj.ejhg.5200474. PMID 10878660.
Barrett A, Madsen B, Fotokopi J, Lu PJ, Kuper L, Skibetta AG, Burchell J, Teylor-Papadimitriou J (oktyabr 2002). "Ko'krak bezi saratonida regulyatsiya qilingan PLU-1 yadro oqsili odamning kattalardagi normal to'qimalarida cheklangan ekspressionni ko'rsatadi: yangi saraton / moyak antigeni?". Xalqaro saraton jurnali. 101 (6): 581–8. doi:10.1002 / ijc.10644. PMID 12237901.
Tan K, Shou AL, Madsen B, Jensen K, Teylor-Papadimitriou J, Freemont PS (iyun 2003). "Human PLU-1 transkripsiyaviy repressiya xususiyatiga ega va rivojlanish transkripsiyasi omillari BF-1 va PAX9 bilan o'zaro ta'sir qiladi". Biologik kimyo jurnali. 278 (23): 20507–13. doi:10.1074 / jbc.M301994200. PMID 12657635.
Patsialu A, Uilsker D, Moran E (2005). "ARID oilaviy oqsillarining DNK bilan bog'lanish xususiyatlari". Nuklein kislotalarni tadqiq qilish. 33 (1): 66–80. doi:10.1093 / nar / gki145. PMC 546134. PMID 15640446.
Tzschach A, Lenzner S, Moser B, Reinhardt R, Chelly J, Fryns JP, Kleefstra T, Raynaud M, Turner G, Ropers HH, Kuss A, Jensen LR (2006 yil aprel). "X bilan bog'liq bo'lgan aqliy zaiflashuvi bo'lgan bemorlarda roman JARID1C / SMCX mutatsiyalari". Inson mutatsiyasi. 27 (4): 389. doi:10.1002 / humu.9420. PMID 16541399.
Yamane K, Tateishi K, Klose RJ, Fang J, Fabrizio LA, Erdjument-Bromage H, Taylor-Papadimitriou J, Tempst P, Zhang Y (mart 2007). "PLU-1 - bu transkripsiyaviy repressiya va ko'krak bezi saratoni hujayralarining ko'payishida ishtirok etgan H3K4 demetilaza". Molekulyar hujayra. 25 (6): 801–12. doi:10.1016 / j.molcel.2007.03.001. PMID 17363312.
Barrett A, Santangelo S, Tan K, Catchpole S, Roberts K, Spencer-Dene B, Hall D, Scibetta A, Burchell J, Verdin E, Freemont P, Taylor-Papadimitriou J (iyul 2007). "Ko'krak bezi saratoni bilan bog'liq transkripsiyali repressor PLU-1 / JARID1B to'g'ridan-to'g'ri histon deatsetilazlar bilan o'zaro ta'sir qiladi". Xalqaro saraton jurnali. 121 (2): 265–75. doi:10.1002 / ijc.22673. PMID 17373667.

Tashqi havolalar

JARID1B + oqsil, + odam AQSh Milliy tibbiyot kutubxonasida Tibbiy mavzu sarlavhalari (MeSH)

Ushbu maqolada Amerika Qo'shma Shtatlarining Milliy tibbiyot kutubxonasi ichida joylashgan jamoat mulki.

Ushbu maqola gen kuni inson xromosomasi 1 a naycha. Siz Vikipediyaga yordam berishingiz mumkin uni kengaytirish.

[refGRCh38Ensembl-1] v GRCh38: Ensembl relizi 89: ENSG00000117139 - Ansambl, 2017 yil may

[refGRCm38Ensembl-2] v GRCm38: Ensembl relizi 89: ENSMUSG00000042207 - Ansambl, 2017 yil may

[3] "Human PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.

[4] "Sichqoncha PubMed ma'lumotnomasi:". Milliy Biotexnologiya Axborot Markazi, AQSh Milliy Tibbiyot Kutubxonasi.

[pmid11483573-5] Lahoud MH, Ristevski S, Venter DJ, Jermiin LS, Bertonchelo I, Zavarsek S, Xasthorpe S, Drago J, de Kretser D, Xertzog PJ, Kola I (avgust 2001). "ARID sinfiga mansub DNK bilan bog'langan yangi protein Desrtning genga yo'naltirilganligi reproduktiv organlarning o'sishining sustlashishiga va g'ayritabiiy rivojlanishiga sabab bo'ladi". Genom tadqiqotlari. 11 (8): 1327–34. doi:10.1101 / gr.168801. PMID 11483573.

[pmid11478881-6] Zhu L, Xu J, Lin D, Uitson R, Itakura K, Chen Y (avgust 2001). "Mrf-2 DNK bilan bog'lanish domenining dinamikasi va DNK bilan kompleks holda". Biokimyo. 40 (31): 9142–50. doi:10.1021 / bi010476a. PMID 11478881.

[entrez-7] "Entrez Gen: JARID1B jumonji, AT 1B boy interaktiv domen".

[pmid22420752-8] Kristensen LH, Nielsen AL, Helgstrand C, Lees M, Cloos P, Kastrup JS, Helin K, Olsen L, Gajhede M (iyun 2012). "KDM5B / Jarid1B / PLU1 tomonidan H3K4me3 demetilatsiyasini o'rganish in vitro kuchli substrat tanishini aniqlaydi va 2,4-piridin-dikarboksilik kislotani in vitro va hujayra inhibitori sifatida aniqlaydi". FEBS jurnali. 279 (11): 1905–14. doi:10.1111 / j.1742-4658.2012.08567.x. PMID 22420752.

[pmid24802759-9] Zou MR, Cao J, Liu Z, Huh SJ, Polyak K, Yan Q (iyun 2014). "Histon demetilaza jumonji ATga boy bo'lgan 1B (JARID1B) interfaol domeni (JARID1B) rivojlanish va nasl-nasabning asosiy genlarini tartibga solish orqali sut bezlari rivojlanishini boshqaradi". Biologik kimyo jurnali. 289 (25): 17620–33. doi:10.1074 / jbc.M114.570853. PMC 4067197. PMID 24802759.

[pmid23637629-10] Albert M, Shmitz SU, Kooistra SM, Malatesta M, Morales Torres S, Rekling JK, Yoxansen QK, Abarrategui I, Helin K (aprel 2013). "Jarid1b histon demetilazasi rivojlanish genlarini buzilgan H3K4me3 dan himoya qilib, sichqonchaning ishonchli rivojlanishini ta'minlaydi". PLOS Genetika. 9 (4): e1003461. doi:10.1371 / journal.pgen.1003461. PMC 3630093. PMID 23637629.

[pmid12657635-11] Tan K, Shou AL, Madsen B, Jensen K, Teylor-Papadimitriou J, Freemont PS (iyun 2003). "Human PLU-1 transkripsiyaviy repressiya xususiyatiga ega va rivojlanish transkripsiyasi omillari BF-1 va PAX9 bilan o'zaro ta'sir qiladi". Biologik kimyo jurnali. 278 (23): 20507–13. doi:10.1074 / jbc.M301994200. PMID 12657635.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]

Oksidoreduktazalar: dioksigenazlar, shu jumladan steroid gidroksilazalar (EC 1.14)
1.14.11: 2-oksoglutarat	Prolil gidroksilaza HIF proil-gidroksilaza EGLN1 EGLN2 EGLN3 P4HTM Lisil gidroksilaza
1.14.13: NADH yoki NADPH	Flavin tarkibidagi monooksigenaza FMO1 FMO2 FMO3 FMO4 FMO5 Azot oksidi sintezi NOS1 NOS2 NOS3 Xolesterol 7 alfa-gidroksilaza Metan monooksigenaza 3A4 14a-demetilaza 24-gidroksixolesterol 7a-gidroksilaza
1.14.14: kamaytirilgan flavin yoki flavoprotein	19A1 2D6 2E1
1.14.15: kamaytirilgan temir-oltingugurt oqsili	11B1 11B2 11A1
1.14.16: kamaytirilgan pteridin (BH4 ga bog'liq )	Fenilalanin gidroksilaza Tirozin gidroksilaza Triptofan gidroksilaza
1.14.17: kamaytirilgan askorbat	Dopamin beta-gidroksilaza
1.14.18 -19: boshqa	Tirozinaza Stearoyl-CoA desaturaza-1
1.14.99 - turli xil	Siklooksigenaza Geme oksigenaz (HMOX1 ) Skvalen monooksigenaza 17A1 21A2 Ekdizon 20-monooksigenaza

Fermentlar
Faoliyat	Faol sayt Majburiy sayt Katalitik uchlik Oksiyan teshigi Fermentlarning buzilishi Katalitik jihatdan mukammal ferment Koenzim Kofaktor Fermentlar katalizi
Tartibga solish	Allosterik regulyatsiya Hamkorlik Ferment inhibitori Ferment aktivatori
Tasnifi	EC raqami Superfamily ferment Fermentlar oilasi Fermentlar ro'yxati
Kinetika	Fermentlar kinetikasi Eadi-Xofsti diagrammasi Xanlar-Vulf fitnasi Lineweaver - Burk fitnasi Michaelis-Menten kinetikasi
Turlari	EC1 Oksidoreduktazalar (ro'yxat ) EC2 Transferazalar (ro'yxat ) EC3 Gidrolazalar (ro'yxat ) EC4 Lizalar (ro'yxat ) EC5 Izomerazalar (ro'yxat ) EC6 Ligazlar (ro'yxat ) EC7 Translokaza (ro'yxat )