Glutamat dehidrogenaza - Glutamate dehydrogenase
| glutamat dehidrogenaza (GLDH) | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatorlar | |||||||||
| EC raqami | 1.4.1.2 | ||||||||
| CAS raqami | 9001-46-1 | ||||||||
| Ma'lumotlar bazalari | |||||||||
| IntEnz | IntEnz ko'rinishi | ||||||||
| BRENDA | BRENDA kirish | ||||||||
| ExPASy | NiceZyme ko'rinishi | ||||||||
| KEGG | KEGG-ga kirish | ||||||||
| MetaCyc | metabolik yo'l | ||||||||
| PRIAM | profil | ||||||||
| PDB tuzilmalar | RCSB PDB PDBe PDBsum | ||||||||
| Gen ontologiyasi | AmiGO / QuickGO | ||||||||
| |||||||||
| glutamat dehidrogenaza [NAD (P) +] | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatorlar | |||||||||
| EC raqami | 1.4.1.3 | ||||||||
| CAS raqami | 9029-12-3 | ||||||||
| Ma'lumotlar bazalari | |||||||||
| IntEnz | IntEnz ko'rinishi | ||||||||
| BRENDA | BRENDA kirish | ||||||||
| ExPASy | NiceZyme ko'rinishi | ||||||||
| KEGG | KEGG-ga kirish | ||||||||
| MetaCyc | metabolik yo'l | ||||||||
| PRIAM | profil | ||||||||
| PDB tuzilmalar | RCSB PDB PDBe PDBsum | ||||||||
| Gen ontologiyasi | AmiGO / QuickGO | ||||||||
| |||||||||
| glutamat dehidrogenaza (NADP +) | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatorlar | |||||||||
| EC raqami | 1.4.1.4 | ||||||||
| CAS raqami | 9029-11-2 | ||||||||
| Ma'lumotlar bazalari | |||||||||
| IntEnz | IntEnz ko'rinishi | ||||||||
| BRENDA | BRENDA kirish | ||||||||
| ExPASy | NiceZyme ko'rinishi | ||||||||
| KEGG | KEGG-ga kirish | ||||||||
| MetaCyc | metabolik yo'l | ||||||||
| PRIAM | profil | ||||||||
| PDB tuzilmalar | RCSB PDB PDBe PDBsum | ||||||||
| Gen ontologiyasi | AmiGO / QuickGO | ||||||||
| |||||||||
Glutamat dehidrogenaza (GLDH, GDH) - bu ferment ikkala prokaryotda ham, ökaryotikda ham kuzatiladi mitoxondriya. Yuqorida aytib o'tilgan reaksiya ammiakni ham hosil qiladi, u eukaryotlarda substrat sifatida kanonik ravishda qayta ishlanadi karbamid aylanishi. Odatda, a-ketoglutaratdan glutamat reaktsiyasiga o'tish sutemizuvchilardan bo'lmaydi, chunki glutamat dehidrogenaza muvozanati ammiak va a-ketoglutaratning ishlab chiqarilishini yoqtiradi. Glutamat dehidrogenaza ham ammiak uchun juda past yaqinlikka ega (yuqori Mayklis doimiy qariyb 1 mM), shuning uchun teskari reaktsiya (ya'ni a-ketoglutarat va ammiak glutamat va NAD (P) +) ga o'tish uchun tanada ammiakning toksik darajasi bo'lishi kerak edi. Shu bilan birga, miyada miya mitoxondriyasidagi NAD + / NADH nisbati oksidlovchi deaminatsiyani rag'batlantiradi (ya'ni glutamat a-ketoglutarat va ammiakgacha).[1] Bakteriyalarda ammiak glutamat va aminotransferazalar orqali aminokislotalarga singib ketadi.[2] O'simliklarda ferment atrof-muhit va stressga qarab har ikki yo'nalishda ham ishlashi mumkin.[3][4] Mikrobial GLDHlarni ifodalovchi transgen o'simliklar gerbitsid, suv tanqisligi va patogen infektsiyalarga chidamliligi yaxshilanadi.[5] Ular ko'proq oziqaviy ahamiyatga ega.[6]
Ferment o'rtasidagi asosiy aloqani anglatadi katabolik va anabolik yo'llar, va shuning uchun hamma joyda eukaryotlarda uchraydi. Odamlarda tegishli genlar deyiladi GLUD1 (glutamat dehidrogenaza 1) va GLUD2 (glutamat dehidrogenaza 2), shuningdek, kamida 8 GLDH mavjud pseudogenlar ichida inson genomi shuningdek, ehtimol ökaryot evolyutsiyasiga mikrob ta'sirini aks ettiradi.
Klinik qo'llanilishi
GLDH ni a bilan o'lchash mumkin tibbiy laboratoriya jigar faoliyatini baholash. Baland qon zardobi GLDH darajasi jigar shikastlanishini bildiradi va GLDH jigar kasalliklarini differentsial diagnostikasida, ayniqsa, ular bilan birgalikda muhim rol o'ynaydi aminotransferazlar. GLDH mahalliylashtirilgan mitoxondriya, shuning uchun virusli gepatitidlar kabi jigarning umumiy yallig'lanish kasalliklarida deyarli hech kim ozod bo'lmaydi. Gepatotsitlarning nekrozi ustun bo'lgan jigar kasalliklari, masalan, toksik jigar shikastlanishi yoki jigarning gipoksik kasalligi, yuqori qon zardobida GLDH darajasi bilan ajralib turadi. GLDH o'tkir virusli gepatit va o'tkir toksik jigar nekrozi yoki o'tkir gipoksik jigar kasalligini, ayniqsa juda yuqori aminotransferazlar bilan jigar shikastlanganda, ajratish uchun muhimdir. Yilda klinik sinovlar, GLDH dori xavfsizligi uchun o'lchov bo'lib xizmat qilishi mumkin.
Uchun EIA (ferment immunoassay) Clostridioides difficile psevdomembranoz kolit bilan og'rigan bemorlarda tashxis sifatida toksin yoki glutamat dehidrogenaza ishlatilishi mumkin.
Kofaktorlar
NAD+(yoki NADP+) a kofaktor a-ketoglutarat va ishlab chiqaradigan glutamat dehidrogenaza reaktsiyasi uchun ammoniy yon mahsulot sifatida.[4][7]
Qaysi kofaktor ishlatilishiga qarab glutamat dehidrogenaza fermentlari quyidagi uchta sinfga bo'linadi:
- EC 1.4.1.2: L-glutamat + H2O + NAD+ 2-oksoglutarat + NH3 + NADH + H+
- EC 1.4.1.3: L-glutamat + H2O + NAD (P)+ 2-oksoglutarat + NH3 + NAD (P) H + H+
- EC 1.4.1.4: L-glutamat + H2O + NADP+ 2-oksoglutarat + NH3 + NADPH + H+
Azot oqimidagi roli
Hayvonlar va mikroblarga ammiak qo'shilishi glutamat dehidrogenaza va ta'sirida sodir bo'ladi glutamin sintetaza. Glutamat markaziy rol o'ynaydi sutemizuvchi va azot donori ham, azot akseptori sifatida ham xizmat qiladigan mikrob azot oqimi.
Glutamat dehidrogenazning regulyatsiyasi
Odamlarda glutamat dehidrogenaza faolligi orqali boshqariladi ADP-ribosilyatsiya, gen tomonidan amalga oshiriladigan kovalent modifikatsiya sirt4. Ushbu tartibga solish javoban yumshatilgan kaloriya cheklovi va past qon glyukoza. Bunday sharoitda, ishlab chiqarilgan a-ketoglutarat miqdorini ko'paytirish uchun glutamat dehidrogenaza faolligi ko'tariladi, bu esa energiya bilan ta'minlashda ishlatilishi mumkin. limon kislotasining aylanishi oxir-oqibat ishlab chiqarish ATP.
Mikroblarda faollik ammoniy va shunga o'xshash o'lchamdagi rubidiy ioni bilan boshqariladi, bu GLDHdagi allosterik joy bilan bog'lanib, K ni o'zgartiradi.m (Mayklis doimiy ) fermenti.[8]
ADP-ribosilyatsiya orqali GLDH ni boshqarish ayniqsa muhimdir insulin - ishlab chiqarish β hujayralar. Beta hujayralar ATP ning ko'payishiga javoban insulin ajratadi:ADP nisbati va aminokislotalar GLDH tomonidan a-ketoglutaratga bo'linib ketganligi sababli, bu nisbat ko'tariladi va ko'proq insulin ajralib chiqadi. SIRT4 insulin sekretsiyasini boshqarish va qonni boshqarish usuli sifatida aminokislotalarning metabolizmini tartibga solish uchun zarurdir glyukoza darajalar.
Qoramol jigari glutamat dehidrogenazasi 50-yillarning oxiri va 60-yillarning boshlarida Karl Friden tomonidan nukleotidlar tomonidan tartibga solinishi aniqlandi.[9][10][11][12] ADP, ATP va GTP kabi nukleotidlarning ta'sirini tavsiflash bilan bir qatorda u NADH va NADPHning turli xil kinetik xatti-harakatlarini batafsil bayon qildi. Shunday qilib, keyinchalik allosterik xulq-atvor deb ta'riflangan narsani ko'rsatadigan dastlabki fermentlardan biri edi.[13]
GTP ning allosterik bog'lanish joyini o'zgartiradigan mutatsiyalar glutamat dehidrogenazning doimiy faollashishiga olib keladi va giperinsulinizm-giperammonemiya sindromi.
Tartibga solish
Ushbu oqsil morfeyn modeli allosterik regulyatsiya.[7][14]
Allosterik inhibitörleri:
- Guanozin trifosfat (GTP)
- Adenozin trifosfat (ATP)
- Palmitoyl-CoA
- Zn2+
Faollashtiruvchilar:
Boshqa ingibitorlar:
Bundan tashqari, sichqonlar GLDH yuqori glutamat konsentratsiyasida GLDH faolligi pasayib ketadigan substrat inhibisyonini ko'rsatadi.[7]
Izozimlar
Odamlar quyidagi glutamat dehidrogenazani ifoda etadi izozimlar:
|
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Shuningdek qarang
Adabiyotlar
- ^ McKenna & Ferreira (2016) Glutamat-glutamin tsikli uchun muhim ferment komplekslari. Glutamat / GABA-Glutamin tsikli. Springer Int.
- ^ Lightfoot DA, Baron AJ, Wootton JC (may 1988). "Synechococcus PCC6301 siyanobakteriyasida Escherichia coli glutamat dehidrogenaza genining ekspressioni ammoniy bardoshligini keltirib chiqaradi". O'simliklar molekulyar biologiyasi. 11 (3): 335–44. doi:10.1007 / BF00027390. PMID 24272346. S2CID 21845538.
- ^ Mungur R, Glass AD, Goodenow DB, Lightfoot DA (iyun 2005). "Escherichia coli glutamat dehidrogenaza geni tomonidan o'zgartirilgan transgenik Nikotiana tabakumidagi metabolit barmoq izlari". Biomeditsina va biotexnologiya jurnali. 2005 (2): 198–214. doi:10.1155 / JBB.2005.198. PMC 1184043. PMID 16046826.
- ^ a b Grabowska A, Nowicki M, Kwinta J (2011). "Urug'lanadigan tritikale urug'larining glutamat dehidrogenazasi: genlarning ekspressioni, faolligining tarqalishi va kinetik xususiyatlari". Acta Physiol. O'simlik. 33 (5): 1981–90. doi:10.1007 / s11738-011-0801-1.
- ^ Lightfoot DA, Bernhardt K, Mungur R, Nolte S, Ameziane R, Colter A, Jones K, Iqbal MJ, Varsa E, Young B (2007). "E. coli glutamat dehidrogenaza genini (gdhA) ifoda etadigan transgen Zea mays o'simliklarining qurg'oqchilikka chidamliligi yaxshilandi". Evfitika. 156 (1–2): 103–116. doi:10.1007 / s10681-007-9357-y. S2CID 11806853.
- ^ Lightfoot DA (2009). "Ekinlarda azotdan foydalanish samaradorligini oshirishda foydalanish uchun genlar". Vudda, Endryu; Metyu A. Jenks (tahrir). O'simliklar abiotik stress uchun genlar. Villi-Blekvell. 167-182 betlar. ISBN 978-0-8138-1502-2.
- ^ a b v Botman D, Tigchelaar V, Van Noorden CJ (2014 yil noyabr). Sichqoncha to'qimalarida glutamat dehidrogenaza faolligini va uning kinetikasini metabolik xaritalash yordamida aniqlash (gistoximiya miqdoriy fermenti) ". Gistoximiya va sitokimyo jurnali. 62 (11): 802–12. doi:10.1369/0022155414549071. PMC 4230541. PMID 25124006.
- ^ Wootton JC (1983 yil fevral). "NADPga xos glutamat dehidrogenazalarning ammoniy-ionli affinitlarini qayta baholash. Neurospora crassa fermentining ammoniy va rubidiy ionlari bilan faollashishi". Biokimyoviy jurnal. 209 (2): 527–31. doi:10.1042 / bj2090527. PMC 1154121. PMID 6221721.
- ^ Friden S (1959 yil aprel). "Glutamik dehidrogenaza. II. Turli xil nukleotidlarning assotsiatsiya-dissotsiatsiya va kinetik xususiyatlariga ta'siri". Biologik kimyo jurnali. 234 (4): 815–20. PMID 13654269.
- ^ Friden S (1962 yil may). "Guanosin di- va trifosfat tomonidan glutamat dehidrogenazaning g'ayrioddiy inhibatsiyasi". Biochimica et Biofhysica Acta. 59 (2): 484–6. doi:10.1016/0006-3002(62)90204-4. PMID 13895207.
- ^ Friden S (1963). L-Glutamat dehidrogenaza, Fermentlarda, VII jild. Akademik matbuot. 3-24 betlar.
- ^ Friden S (1965 yil may). "Glutamat dehidrogenaza. VI. Purin nukleotidini o'rganish va turli manbalardan olingan fermentga boshqa ta'sirlari". Biologik kimyo jurnali. 240: 2028–35. PMID 14299621.
- ^ Monod J, Vayman J, Changeux JP (1965). "Allosterik o'tishlarning tabiati to'g'risida: maqbul model". J Mol Biol. 12: 88–118. doi:10.1016 / s0022-2836 (65) 80285-6. PMID 14343300.
- ^ Selwood T, Jaffe EK (2012 yil mart). "Dinamik ajraladigan homo-oligomerlar va oqsillar faoliyatini boshqarish". Biokimyo va biofizika arxivlari. 519 (2): 131–43. doi:10.1016 / j.abb.2011.11.020. PMC 3298769. PMID 22182754.
- ^ Pournourmohammadi S, Grimaldi M, Stridh MH, Lavallard V, Waagepetersen HS, Wollheim CB, Maechler P (iyul 2017). "Epigallocatechin-3-gallate (EGCG) AMPKni mushak va oshqozon osti bezi ß-hujayralarida glutamat dehidrogenaza inhibatsiyasi orqali faollashtiradi: diabetgacha bo'lgan holatda potentsial foydali ta'sir?". Xalqaro biokimyo va hujayra biologiyasi jurnali. 88: 220–225. doi:10.1016 / j.biocel.2017.01.012. PMID 28137482.
Tashqi havolalar
- Glutamat + dehidrogenaza AQSh Milliy tibbiyot kutubxonasida Tibbiy mavzu sarlavhalari (MeSH)
